Doktorand inom leukemibiologi och precisionsmedicin

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Det yttersta målet är att bedriva utbildning och forskning av högsta kvalitet och relevans för att göra långsiktig skillnad i samhället. Vår viktigaste tillgång är alla de individer som med sin nyfikenhet och sitt engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser. Uppsala universitet har drygt 54 000 studenter, mer än 7 500 anställda och en omsättning på cirka 8 miljarder kronor.




Institutionen för medicinska vetenskaper är en stor klinisk institution med ca 250 anställda och över 300 personer som är anknutna via Akademiska Sjukhuset.

Institutionen har en bred forskningsprofil med starka forskargrupper inom en rad områden. Forskningen äger rum i nära anslutning till den kliniska verksamheten vid Akademiska sjukhuset och omfattar såväl grundläggande studier kring sjukdomsorsaker som utveckling och utvärdering av förbättrad diagnostik och nya behandlingsmetoder. Mer om institutionens verksamhet finns på www.medsci.uu.se

https://uu.varbi.com/center/tool/position/585082/edit/tab:2/Läs mer om våra förmåner och hur det är att jobba inom Uppsala universitet

Arbetsuppgifter
Vi söker en doktorand med bioinformatisk bakgrund som vill jobba i ett translationellt och dynamiskt team bestående av basala och translationella forskare samt kliniskt verksamma läkare och bioinformatiker. Doktorandprojektet avser att karaktärisera epigenetiska förändringar på helgenomnivå i celler från patienter med akut leukemi med ”cutting edge” metoder och utifrån dessa analyser utveckla nya precisionsmedicinska verktyg vid behandling av patienter med akut myeloisk leukemi (AML). Den epigenetiska profilen skall även relateras till förändringar i cellernas genom, transkriptom och proteom samt cellernas känslighet för olika antileuekmiska behandlingar.

Sekvenseringarna i projektet är till stor del redan är genomförda, d v s datan är redan genererad vilket betyder att doktoranden i detta projekt omedelbart kan börja med analyserna. Analyserna omfattar bl a RNA-sekvensering, DNA-sekvensering, proteomikstudier samt epigenetiska analyser i form av ATAC-seq, ChIP-seq för flera histonmodifieringar samt analyser av DNA metylering. Dessa analyser är genomförda på svenska AML kohorter vilka hör till de mest välkaraktäriserade och största i världen. I utvalda fall kommer prover även att analyseras med avseende på organisation av genomet 3 dimensioner med hjälp av HiC teknik. Multiomic data analyseras var för sig samt integreras med hjälp av bioinformatiska verktyg som t ex MOFA (multiomic factor analysis) och artificiell intelligens.

Projektet genomförs inom Sören Lehmanns grupp vid Uppsala Universitet och Karolinska institutet i samarbete med andra grupper vid SciLifeLab, Karolinska Institutet och Uppsala Universitet. Gruppen har omfattande nationella och internationella samarbeten. Förutom egen bioinformatiker samarbetar gruppen med andra bioinformatiker som stödjer studierna i detta projekt.

Kvalifikationer
Sökande bör ha en examen inom områdena bioinformatik, statistik eller matematik, alternativt en biologisk examen men där sökande tillägnat sig avancerad bioinformatisk kunskap under utbildningen. Viss erfarenhet av analys av genomövergripande sekvenseringsdata är ett krav. Vi förväntar oss att sökande har förmåga att driva projektet med energi och entusiasm samt har vilja och förmåga att tillgodogöra sig nya kunskaper om olika typer av data och analysverktyg. Sökande bör vara noggrann och uppvisa god samarbetsförmåga.

Bestämmelser för doktorander återfinns i Högskoleförordningen 5 kap §§ 1-7 samt i universitetets regler och riktlinjer.

Om anställningen 
Anställningen är tidsbegränsad, enligt HF 5 kap § 7. Omfattningen är heltid. Tillträde enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala

Upplysningar om anställningen lämnas av: professor Sören Lehmann, soren.lehmann@medsci.uu.se

Välkommen med din ansökan senast den 9 februari 2023, UFV-PA 2022/4148.

Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp.


Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem.