Doktorand inom simulering av sammansättning av biomolekyler med pH

KTH är ett av Europas ledande tekniska universitet och en viktig arena för kunskapsutveckling. Som Sveriges största universitet för teknisk forskning och utbildning samlar vi studenter, forskare och fakultet från hela världen. Vår forskning och utbildning omfattar såväl naturvetenskap som alla grenar inom teknik samt arkitektur, industriell ekonomi, samhällsplanering, historia och filosofi.




Projektbeskrivning

Forskarutbildningsämne: Biologisk fysik.

Biobaserade material är en lovande klass av material på grund av deras hållbarhet och mängd utbud, till exempel träd och avfallsprodukter. Men för att få attraktiva materialegenskaper, såsom draghållfasthet, måste de involverade molekylerna sammansättas på ett kontrollerat sätt till ordnade strukturer såsom fibrer. Både i naturen och inom industrin används ofta förändringar i pH som drivas av förändringar i lösningsmedelskomposition, vilket ändrar laddningen av ytgrupper och därigenom signifikant modifierar interaktioner mellan molekyler. För industriella tillämpningar kan detta kombineras med flöde för att få orientering och riktning av molekyler. Eftersom det inte är möjligt att mäta protonationstillstånd för ytgrupper i flöde experimentellt är optimeringen av dessa processer för närvarande mestadels prövning och fel med varierande framgång. I detta projekt kommer vi att använda atomistiska molekylärdynamik simuleringar för att studera aggregering av biomolekyler både utan och med flöde. En nyutvecklad dynamisk protonationsalgoritm, som vi implementerade i det populära molekylära simuleringspaketet GROMACS, ger rätt genomsnittlig protonering för grupper beroende på deras lokala miljö. Detta möjliggör både grundläggande förståelse av processerna såväl som en väg att rationellt optimera pH och flödesförhållanden.

Projektet blir kopplat till INTERFACE, en forskningsmiljö som finansieras av Vetenskapsrådet med multiscale metoder för att studera kokning, friktion och syntes av biomaterial. INTERFACE-miljön är ett samarbete mellan flera grupper vid avdelningarna för tillämpad fysik och mekanik och Wallenbergs trävetenskapscenter vid KTH. Miljön är tvärvetenskaplig, internationell och innehåller huvudutvecklare av det populära molekylsimuleringspaketet GROMACS, som kommer att användas i detta projekt.

Handledning: Doktoranden kommer att handledas av: Professor Berk Hess

Vi erbjuder

- Möjligheten att doktorera i en dynamisk, internationell forskarmiljö i samarbete med industrin och framstående universitet världen över https://www.kth.se/en/studies/phd/why-1.521017
- En arbetsplats med https://www.kth.se/om/work-at-kth/en-arbetsplats-med-manga-formaner-1.467932 och månadslön enligt https://intra.kth.se/anstallning/anstallningsvillkor/lon/doktorandstegen-1.572915
- Forskarutbildning vid ett lärosäte som är aktivt och stöttande i frågor som rör t.ex. arbetsvillkor, jämställdhet och mångfald samt studiemiljö.
- Arbete och studier i Stockholm, en av Europas snabbast växande huvudstäder som samtidigt har närhet till naturen och havet.

Behörighet för antagning

För att bli antagen till forskarutbildning (kap 7 39 § högskoleförordningen) krävs att den sökande har grundläggande behörighet:

- avlagt en examen på avancerad nivå,
- fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller
- på något annat sätt inom eller utom landet förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.
- https://www.kth.se/en/studies/phd/admission-requirements-1.520175

Lämplig bakgrund är en masterexamen inom fysik, biofysik eller fysikaliskt chemie. Sökande ska ha ett starkt intresse av datorsimuleringar. Förutom sedvanliga är erfarenhet med statistik mekanik och strömningsmekanik.

Urval

För att lyckas med dina doktorandstudier på KTH behöver du vara målinriktad och ihärdig i ditt arbte. Vid urval av de sökande bedöms förmågan att:

- självständigt driva sitt arbete framåt,
- kunna samarbeta med andra,
- ha ett professionellt förhållningssätt och
- analysera och arbeta med komplexa frågor.

Efter behörighetskraven kommer stor vikt läggas vid personliga egenskaper och personlig lämplighet.

Målexamen: Doktorsexamen.

Information om antagning och anställning 

Endast den som antagits till forskarutbildning får anställas som doktorand. Den sammanlagda anställningstiden får inte vara längre än vad som motsvarar utbildning på forskarnivå på heltid under fyra år. En anställd doktorand kan i begränsad omfattning (högst 20 %) utföra vissa arbetsuppgifter inom t.ex. utbildning och administration. En ny anställning som doktorand gäller för högst ett år, anställningen får därefter förnyas med högst två år i taget

Fackliga representanter

Du hittar kontaktuppgifter till fackliga representanter på https://www.kth.se/om/work-at-kth/fackrepresentanter-1.500898.

Doktorandsektionen (Tekniska högskolans studentkår)

Du hittar kontaktuppgifter till doktorandsektionen på https://www.dr.kth.se/.

Ansökan 

Du ansöker via KTH:s rekryteringssystem. Du som sökande har huvudansvaret för att din ansökan är komplett när den skickas in.

Ansökan ska vara KTH tillhanda senast sista ansökningsdagen vid midnatt, CET/CEST (Central European Time/Central European Summer Time). 

Ansökan ska ha följande innehåll

- CV med relevanta professionella erfarenheter och kunskaper.
- Ansökningsbrev med en kortfattad redogörelse om varför du vill bedriva forskarstudier, om dina akademiska intressen och hur de relaterar till dina tidigare studier och framtida mål. (Max 2 sidor)
- Betygsavskrift, kopior av examensbevis och betyg från tidigare universitetsstudier och intyg på uppfyllda https://www.kth.se/en/studies/phd/admission-requirements-1.520175. Översättningar till engelska eller svenska om originaldokumentet inte är utfärdade på ett av dessa språk.
- Representativa publikationer eller tekniska rapporter. För längre dokument, bifoga gärna en sammanfattning (abstract) och en webblänk till den fullständiga texten

Övrigt

Jämställdhet, mångfald och avståndstagande från alla former av diskriminering är både en kvalitetsfråga och en självklar del av KTH:s värdegrund.

För information om behandling av personuppgifter i samband med rekrytering https://www.kth.se/om/work-at-kth/processing-of-personal-data-in-the-recruitment-process-1.823440

Vi undanber oss direktkontakt med bemannings- och rekryteringsföretag samt försäljare av platsannonser.