Doktorand inom strukturbioinformatik

Vi har kraften från över 40 000 studenter och medarbetare. Studenter som ger framtidshopp. Medarbetare som varje dag bidrar till att Linköpings universitet tar sig an samtidens utmaningar. Vår värdegrund vilar på trovärdighet, tillit och trygghet. Genom att vara modiga, tänka fritt och göra nytt skapar vi tillsammans, med stora och små handlingar, en bättre framtid. Välkommen att söka jobb hos oss!
Vi söker nu en engagerad doktorand inom strukturbioinformatik med passion för strukturbiologi, beräkningar och artificiell intelligens.

Dina arbetsuppgifter

Vi fokuserar på att förstå biomolekylära strukturer, deras dynamik och ensembler på molekylär nivå. Som en del av vårt team kommer du att utveckla beräkningsmetoder för att analysera och förutsäga proteinstrukturer, genom att integrera experimentella data för att förbättra våra modeller. En nyckelkomponent i detta projekt är att använda AI, särskilt AlphaFold, för att optimera och förbättra våra strukturförutsägelser och förstå biomolekylers dynamiska natur.

Som doktorand kommer du att:


• Använda datormetoder, AI-tekniker och verktyg som AlphaFold för att analysera och modellera biomolekylära strukturer, dynamik och ensembler.
• Bygga vidare på vårt arbete som uppnådde topplacering i CASP15 och förbättra dess prestanda med hjälp av samplingsmetoder.
• Utveckla algoritmer och programvara för att förutsäga proteinstrukturer, protein-protein-interaktioner, protein-ligandbindning och integrera experimentella data för att förbättra modellerna.
• Samarbeta med tvärvetenskapliga team av experter inom beräkningsbiologi, biofysik, biokemi, strukturbiologi och artificiell intelligens.
• Dela dina forskningsresultat genom vetenskapliga publikationer och konferenser.

Som doktorand ägnar du dig åt din forskarutbildning och forskningsprojekt där du ingår. I ditt arbete kan även ingå att undervisa eller att delta i andra institutionsuppdrag, upp till 20% av heltid.


Din arbetsplats
Tjänsten är placerad i Strukturbioinformatik-gruppen vid Bioinformatikavdelning, IFM (Institutionen för fysik, kemi och biologi) vid Linköpings universitet. Gruppen består av engagerade och motiverade forskare, inklusive doktorander, postdoktorer och seniora forskare, alla engagerade i att främja området för strukturbioinformatik. Teamet betonar mentorskap och professionell utveckling, vilket ger personlig vägledning och stöd för att hjälpa forskare att nå sin fulla potential.

Dina kvalifikationer

Du har avlagt examen på avancerad nivå inom Bioinformatik, Biofysik, Kemisk Biologi eller annan relaterad inriktning genom att ha minst 240 högskolepoäng varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå. Alternativt kan motsvarande kunskap i huvudsak blivit förvärvat på annat sätt.


• Mycket goda kunskaper om AI och maskininlärningstekniker, med erfarenhet av deras tillämpning på strukturell bioinformatik eller relaterade områden.
• Mycket god kunskap om AlphaFold-plattformen och dess tillämpningar för förutsägelse av proteinstruktur.
• Kunskaper i programmeringsspråk, gärna Python och/eller C++.
• Erfarenhet av BASH och kommandorad.
• Erfarenhet av molekylär modellering och simuleringsprogram, såsom GROMACS, NAMD eller Rosetta.
• Bakgrund i strukturbiologi, molekylär modellering, proteindynamik och förståelse för ensembler.
• Mycket god analytisk och problemlösningsförmåga.
• Mycket goda kunskaper skriftlig och muntlig kommunikationsförmåga på engelska.

Om anställningen
I samband med tillträde till anställningen kommer du att antas till forskarutbildningen. Läs mer om respektive fakultets forskarutbildning här.

Anställningen är tidsbegränsad till fyra år heltid. Du anställs till en början på ett år, och därefter förnyas anställningen med högst två år i taget, utifrån uppnådd studieplan. Förlängning av anställning upp till fem år sker utifrån grad av undervisnings- och institutionsuppdrag. Vid särskilda skäl kan ytterligare förlängning ske. 

Tillträde enligt överenskommelse.

Lön och förmåner
Doktorandlönen regleras utifrån en lokalt avtalad lönestege. Läs mer om förmåner för anställda här.

Fackliga kontaktpersoner

Information om fackliga kontaktpersoner, se Hjälp för sökande.

Ansökan

Du söker denna anställning genom att klicka på knappen ”Ansök” nedan. Din ansökan ska vara Linköpings universitet tillhanda senast den 26 maj 2023. Ansökan som inkommer efter sista ansökningsdag beaktas inte.

Vi välkomnar sökande med olika bakgrund, erfarenheter och perspektiv, det berikar och utvecklar vår verksamhet. För oss är det självklart att värna om allas lika värde, rättigheter och möjligheter. Läs om vårt arbete med Lika villkor.

Välkommen med din ansökan!


Linköpings universitet har upphandlade avtal och undanber oss direktkontakt från bemannings- och rekryteringsföretag samt försäljare av platsannonser.