Doktorand inom strukturbioinformatik

Vi har kraften från över 40 000 studenter och medarbetare. Studenter som ger framtidshopp. Medarbetare som varje dag bidrar till att Linköpings universitet tar sig an samtidens utmaningar. Vår värdegrund vilar på trovärdighet, tillit och trygghet. Genom att vara modiga, tänka fritt och göra nytt skapar vi tillsammans, med stora och små handlingar, en bättre framtid. Välkommen att söka jobb hos oss!
Björn Forsbergs forskargrupp söker en doktorand inom strukturbioinformatik.

Dina arbetsuppgifter

Du kommer att utveckla beräkningsverktyg för att karakterisera och kvantifiera heterogenitet i makromolekylära kryo-EM-rekonstruktioner med hjälp av nya ramverk i moderna programmeringsspråk. Du kommer att få möjlighet att lära dig och utveckla högpresterande datorlösningar med hjälp av nationell superdatorinfrastruktur och tillämpa dessa metoder i stor skala för att undersöka ny biologi. Det finns också möjligheter till nationellt och internationellt samarbete inom både mjukvaruutveckling och tillämpad biologisk forskning.

Som doktorand ägnar du dig åt din forskarutbildning och forskningsprojekt där du ingår. I ditt arbete kan även ingå att undervisa eller att delta i andra institutionsuppdrag, upp till 20% av heltid.


 

Dina kvalifikationer

Du har avlagt examen på avancerad nivå eller slutfört kurser om minst 240 högskolepoäng varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå antingen inom ett beräknings- eller matematiskt ämnesområde, eller med visad erfarenhet av strukturbiologi eller bioinformatik, eller på något annat sätt förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.

I din roll förväntas du självständigt skriva och utvärdera programvara i python och C++, och använda git för versionshantering, kollaborativ utveckling, testning och deployment. Bevis på erfarenhet (t.ex. via GitHub-profil) är fördelaktigt för din ansökan. Du förväntas vara påhittig och självständig, men också transparent och öppen för att både ge och ta emot feedback. Du förväntas leta efter möjligheter att utveckla dina egna färdigheter och intressen och uppmuntras att delta i internationella konferenser, workshops och samarbeten. Utmärkt muntlig och skriftlig kommunikationsförmåga på engelska är avgörande.  

Det är fördelaktigt för din applikation att visa färdigheter eller erfarenhet av datavisualiseringsmetoder (t.ex. klustring, klassificering, djupinlärning, ...), programvaruutveckling (särskilt med hjälp av pytorch, C++, CUDA eller andra HPC-orienterade lösningar), användning av storskaliga data och erfarenhet av en UNIX-miljö. Kunskap om makromolekylär strukturanalys såsom kryo-EM, kristallografi, molekyldynamik eller liknande är fördelaktigt men inte nödvändigt.

Motivera varför du är intresserad av rollen i din ansökan.

Din arbetsplats
Strukturell bioinformatik betraktar molekylär struktur genom data, vilket omfattar maskininlärningsverktyg som AlphaFold, informationen i storskaliga databaser över DNA-sekvenser och genetisk evolution, samt utvinning av mikroskopidata genom bildanalys. Forskargruppen som leds av Björn Forsberg vid Linköpings universitet fokuserar sina ansträngningar på elektronmikroskopidata (cryo-EM och cryo-ET), som rekonstruerar 3D-modeller av molekylärt liv. Specifikt utvecklas och implementeras nästa generations verktyg för rigorösa och systematiska metoder för att kvantifiera heterogenitet i 3D-kryo-EM-rekonstruktioner. Detta ämnesområde innebär att vi använder en mängd olika metoder för statistik, datavetenskap och maskininlärning. Vi arbetar med samarbetspartners över hela världen för att tillämpa våra metoder på innovativa forskningsprojekt och experimentella data och tror på att utveckla allmänt tillämpliga öppna verktyg och paket som kan användas av det bredare vetenskapliga samfundet.

Teamet är baserat på avdelningen för bioinformatik vid Institutionen för fysik, kemi och biologi (IFM) vid Linköpings universitet, och har stöd av programmet för datadriven life science (DDLS) genom Science for Life Laboratory (SciLifeLab). Detta är ett 12-årigt initiativ finansierat med totalt 3,1 miljarder kronor (~300 miljoner euro) från Knut och Alice Wallenbergs Stiftelse för att rekrytera och utbilda nästa generations datadrivna biovetare och för att skapa globalt ledande beräknings- och datavetenskapsförmågor inom biovetenskap i Sverige. Programmet är ett nav för tvärvetenskaplig biovetenskap, tvärvetenskapligt arbete och engagemang med industri, hälso- och sjukvård och andra nationella och internationella partners. Teamet stöder och utnyttjar också den nationella anläggningen för kryo-EM-mikroskopi vid SciLifeLab Solna och Umeå, och använder den modernaste superdatorinfrastrukturen i Sverige (Berzelius@NSC). Nära samarbeten finns inom institutionen med Nicholas Pearce för makromolekylär variabilitetsanalys, och Björn Wallner och Claudio Mirabello för struktur- och ensembleprediktionsmetoder. Internationella samarbeten sträcker sig till bl.a. Chan-Zuckerberg Imaging Institute i San Francisco och University of Oxford. 

Om anställningen
I samband med tillträde till anställningen kommer du att antas till forskarutbildningen. Läs mer om respektive fakultets forskarutbildning här.

Anställningen är tidsbegränsad till fyra år heltid. Du anställs till en början på ett år, och därefter förnyas anställningen med högst två år i taget, utifrån uppnådd studieplan. Förlängning av anställning upp till fem år sker utifrån grad av undervisnings- och institutionsuppdrag. Vid särskilda skäl kan ytterligare förlängning ske. 

Tillträde enligt överenskommelse.

Lön och förmåner
Doktorandlönen regleras utifrån en lokalt avtalad lönestege. Läs mer om förmåner för anställda här.

Fackliga kontaktpersoner

Information om fackliga kontaktpersoner, se Hjälp för sökande.

Ansökan

Du söker denna anställning genom att klicka på knappen ”Ansök” nedan. Din ansökan ska vara Linköpings universitet tillhanda senast den 2 oktober 2024. Ansökan som inkommer efter sista ansökningsdag beaktas inte.

Vi välkomnar sökande med olika bakgrund, erfarenheter och perspektiv, det berikar och utvecklar vår verksamhet. För oss är det självklart att värna om allas lika värde, rättigheter och möjligheter. Läs om vårt arbete med Lika villkor.




Välkommen med din ansökan!





Linköpings universitet har upphandlade avtal och undanber oss direktkontakt från bemannings- och rekryteringsföretag samt försäljare av platsannonser.