Doktorand inom växtbiologi med fokus på barrträdsgenomik

Doktorand inom växtbiologi med fokus på barrträdsgenomik
Institutionen för fysiologisk botanik (Umeå universitet, Umeå Plant Science Centre) söker en doktorand i växtbiologi med förväntat startdatum under hösten 2023.

Umeå Plant Science Centre (UPSC) är en av de starkaste forskningsmiljöerna för växtbiologisk grundforskning i Europa. Forskningen vid UPSC omfattar ett brett spektrum inom växtbiologi inkluderande ekologi, beräkningsbiologi, genetik, fysiologi, biokemi, cellbiologi och molekylärbiologi (se www.upsc.se). Institutionen för fysiologisk botanik, som är en del av Umeå Plant Science Centre, utlyser en doktorandanställning inom växtbiologi. Sista ansökningsdag är 2023-06-19.

Projektbeskrivning
Transposomer utgör en större del av växternas genom. De är aktiva och bidrar till en stor del av variationen mellan populationer och arter. Dagens utveckling inom molekylärbiologi, genomik och genetik har visat på transposomernas många viktiga roller. Däremot saknas fortfarande effektiva verktyg för klassificering, bestämning av deras rörelse i genomet, rekombinering och evolution. Detta gäller speciellt för komplexa genom som barrträdens. 

Detta doktorandprojekt är fokuserat på transposomernas biologi och på utvecklandet av bioinformatiska verktyg för att studera dessa. Projektet fokuserar på:

(1) Utvecklandet av ny transposom klassificering och annotering med hjälp av ”alignment”-frisekvensanalys och nätverksanalys. 

(2) Använda detta verktyg för att beskriva grangenomet med avseende på transposomernas klassificering och fylogenetiska relationer, och undersöka hur deras replikation förflyttningsmönster i genomet och sekvens infångande påverkar transposomerans diversifiering och nybildande. 

(3) Undersöka hur transposomerna regenereras både spatialt i genomet och över tid med hjälp av matematisk eller statistik modellering. 

Projektet kommer använda det nyligen färdigställda grangenomet och andra växt genom tillsammans med de utvecklade verktygen för att beskriva transposomernas roll under evolutionen av komplexa genom.

Detta projekt är centrerat kring skapandet av digitala verktyg för studier av transposomer i växt genom. Kandidaten kommer att arbeta i gränslandet mellan systembiologi, datavetenskap och molekylärbiologi och kommer samarbeta med både experimentalister och bioinformatiker inom vitt skilda delar av växtbiologin.

Kvalifikationer
Grundläggande behörighet har den som har avlagt en examen på avancerad nivå, fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå eller på något annat sätt inom eller utom landet förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.

För att uppfylla kravet på särskild behörighet att antas till utbildning på forskarnivå i växtbiologi vid Umeå Plant Science Centre krävs att den sökande fullgjort kursfordringar om minst 90 högskolepoäng på avancerad nivå från kurser relevant för forskningsområdet. Av dessa måste minst 30 högskolepoäng vara från kurser med direkt relevans för projektet, eller på något annat sätt inom eller utom landet förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.

För den här anställningen söker vi en person med akademisk bakgrund inom växtbiologi, agronomi, bioteknik eller ett relaterat område. Följande färdigheter krävs:

- Erfarenhet av standardiserade molekylärbiologiska tekniker.
- Mycket goda kunskaper i engelska i tal och skrift.
- Avancerad datorerfarenhet och programmering tex Linux Shell, R, Python, Julia, etc. 

Som doktorand förväntas du spela en aktiv roll i utvecklandet av både ditt egna projekt och i institutionens arbete. Du förväntas ha ett vetenskapligt, välstrukturerat, resultatorienterat och flexibelt arbetssätt. Kandidaterna bedöms utifrån den visade förmågan att tillgodogöra sig utbildningen.

Anställningsvillkor
Anställningen förväntas resultera i doktorsexamen och huvuduppgiften för studenten är således att ingå i forskarutbildningen, vilket innefattar deltagande i forskning men även genomgång av relevanta kurser. Undervisning och annan institutionstjänstgöring (upp till max 20 % tid) ingår vanligtvis också. Anställningen är begränsad till fyra år på heltid eller upp till fem år om undervisning och annat institutionsarbete utförs. Lönen är fast enligt fastställd lönenivå för doktorander.

Ansökan
Du ansöker senast 19 juni 2023. Ansökan ska vara skriven på engelska (företrädesvis) eller svenska och ska innehålla:

- Ett motiveringsbrev (max. två sidor) som sammanfattar dina kvalifikationer, vetenskapliga intressen och motiv för att söka.
-  C.V.
- Styrkta kopior av intyg från högre utbildning
- Master uppsats eller motsvarande samt kopia av eventuella publikationer 
- Styrkta kopior av intyg från högre utbildning
- Lista över avslutade universitetskurser och betyg.
Dokument ska skickas elektroniskt, i MS Word- eller PDF-format, genom vårt rekryteringssystem Varbi. Rekryteringsförfarandet för anställningen är i enlighet med högskoleförordningen (12, 2 §) och beslut angående anställningen kan inte överklagas.

Kontakt
Om du har frågor, vänligen kontakta D. Jian-Feng Mao (jianfeng.mao@umu.se). 

 

Vi ser fram emot din ansökan!

 

 

Institutionen för fysiologisk botanik är en del av Umeå Plant Science Centre med cirka 200 medarbetare som består av bland annat av 40 gruppledare och representerar för närvarande 48 olika nationaliteter (för mer information, se http://www.upsc.se eller http://www.plantphys.umu.se/english/). Vår huvudsakliga verksamhet är akademisk forskning och utbildning som innefattar områden som ekologi, biokemi, plant fysiologi samt genomik.