Doktorand till doktorsexamen vid avd Bioinformatik vid IFM

Kunniga och engagerade medarbetare med goda förutsättningar är en av de absolut viktigaste framgångsfaktorerna för Linköpings universitet. Lärare och forskare är vår kärnkompetens, men ett framgångsrikt universitet behöver erfarna och motiverade medarbetare inom många områden. Alla roller är viktiga. Vi har ett stort rekryteringsbehov bland annat tack vare av en forskningsverksamhet i expansion. Du behövs här. Välkommen att söka jobb hos oss!

Institutionen för fysik, kemi och biologi (IFM) bedriver såväl grundutbildning som forskning och forskarutbildning. Forskning är den dominerande verksamheten och den sker ofta i samverkan med företag och internationella partners. Vi är en av universitetets äldsta, mest välkända och största institutioner och omfattar fem samverkande vetenskapliga områden: biologi, kemi, materialfysik, tillämpad fysik samt teori och modellering.
Läs mer: https://liu.se/organisation/liu/ifmVi söker nu en doktorand inom strukturell bioinformatik.

Dina arbetsuppgifter
I projektet kommer du att utveckla statistiska och maskininlärningsmetoder för att karakterisera och kvantifiera flexibilitet i makromolekylära atommodeller bestämt av kryo-EM och kristallografiexperiment. Med hjälp av nationell superdatorinfrastruktur kommer du att tillämpa dessa metoder i stor skala på strukturer i PDB:en, för att bygga en allmänt tillgänglig öppen databas och studera experimentell flexibilitet i relation till molekylär funktion.

Som doktorand ägnar du dig åt din forskarutbildning och forskningsprojekt där du ingår. I ditt arbete kan även ingå att undervisa eller att delta i andra institutionsuppdrag, upp till 20% av heltid.


Din arbetsplats
I gruppen Data-Driven Determination of Macromolecular Structures (d3ms) vid Linköpings universitet utvecklar vi datadrivna metoder för att bestämma och analysera makromolekylära strukturer, med fokus på strukturell oordning och dynamik i samband med biomedicinska tillämpningar. Ett av våra primära fokus är att utveckla metoder för hantering av multidataset och för att integrera data från kristallografi och cryo-EM som drar fördel av den ständigt ökande datainsamlingskapaciteten för dessa tekniker. Detta ämnesområde innebär att vi använder en mängd olika metoder för statistisk, datavetenskap och maskininlärning. Vi arbetar med samarbetspartners över hela världen för att tillämpa våra metoder på spetsforskningsprojekt och experimentella data, och tror på att utveckla allmänt tillämpliga öppna verktyg och paket som kan användas av det bredare forskarsamhället. Som en del av d3ms-gruppen kommer du att ingå i en multidisciplinär och kollaborativ forskargrupp som bryter ny mark inom strukturbiologi. 

Vi är baserade på bioinformatikavdelningen inom Institutionen för fysik, kemi och biologi (IFM) vid Linköpings universitet. Vår forskargrupp är en del av programmet Data-Driven Life Sciences (DDLS) och det nationella nätverket SciLifeLab, som ger tillgång till nationella beräkningsresurser, expertis och utbildningsmöjligheter. Det svenska nationella superdatorcentret som är placerad på Linköpings universitetscampus ger ytterligare tillgång till beräkningsresurser.

SciLifeLab och Wallenbergs nationella program för datadriven livsvetenskap (DDLS) är ett 12-årigt initiativ finansierat med totalt 3,1 miljarder SEK (~300 M€) från Knut och Alice Wallenbergs Stiftelse. Syftet med programmet är att rekrytera och utbilda nästa generations datadrivna forskare inom livsvetenskaper och att skapa globalt ledande beräknings- och datavetenskapliga förmågor inom livsvetenskaper i Sverige. Programmet koordineras av SciLifeLab, en rikstäckande forskningsinfrastruktur och ett nav för tvärvetenskaplig livsvetenskap. DDLS-programmet främjar interdisciplinärt samarbete och engagemang med industri, sjukvård och andra nationella och internationella partners, såsom WASP, i syfte att överbrygga livs- och datavetenskaperna.

Dina kvalifikationer
Du har avlagt examen på avancerad nivå i maskininlärning, statistik eller datavetenskap eller slutfört kurser om minst 240 högskolepoäng varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå eller på något annat sätt förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.

Du ska för denna position ha: utmärkta programmeringskunskaper, inklusive användning av storskalig beräkningsinfrastruktur; visad erfarenhet av webbapplikations- och databasdesign och utveckling; och erfarenhet av att tillämpa standardmetoder för maskininlärning och datavisualisering (t.ex. klustring, klassificering, djupinlärning, dashboarding). Kunskaper om makromolekylär strukturanalys är meriterande.

Vetenskaplig nyfikenhet och förmåga att tänka självständigt är väsentliga personliga egenskaper hos dig. Du förväntas samarbeta med kollegor och samarbeta för att stödja forskargruppens verksamhet. Du ska också ha en god muntlig och skriftlig kommunikationsförmåga på engelska. Du ska tycka om att arbeta som en del av ett team och vara villig att lära av dina kollegor och att i gengäld dela din kunskap och erfarenhet med dem.

Om anställningen
I samband med tillträde till anställningen kommer du att antas till forskarutbildningen. Läs mer om respektive fakultets forskarutbildning här.

Anställningen är tidsbegränsad till fyra år heltid. Du anställs till en början på ett år, och därefter förnyas anställningen med högst två år i taget, utifrån uppnådd studieplan. Förlängning av anställning upp till fem år sker utifrån grad av undervisnings- och institutionsuppdrag. Vid särskilda skäl kan ytterligare förlängning ske. 

Tillträde
Enligt överenskommelse.

Lön och förmåner
Doktorandlönen regleras utifrån en lokalt avtalad lönestege. Läs mer om förmåner för anställda här.

Fackliga kontaktpersoner
Information om fackliga kontaktpersoner, se Hjälp för sökande.

Ansökan
Du söker denna anställning genom att klicka på knappen ”Ansök” nedan. Din ansökan ska vara Linköpings universitet tillhanda senast den 6 mars 2023. Ansökan som inkommer efter sista ansökningsdag beaktas inte.

Vi välkomnar sökande med olika bakgrund, erfarenheter och perspektiv, det berikar och utvecklar vår verksamhet. För oss är det självklart att värna om allas lika värde, rättigheter och möjligheter. Läs om vårt arbete med Lika villkor.

Välkommen med din ansökan!


Linköpings universitet har upphandlade avtal och undanber oss direktkontakt från bemannings- och rekryteringsföretag samt försäljare av platsannonser.