Doktorandplats i Medicinsk vetenskap

Doktorandplats i Medicinsk vetenskap inom området medicinsk genetik och genomik vid Institutionen för genetik och patologi, Rudbecklaboratoriet.

Institutionen för genetik och patologi vid Uppsala universitet (http://www.genpat.uu.se) har en bred forskningsprofil med starka forskargrupper inom en rad områden. En av grundtankarna vid institutionen är att stimulera närmare samarbete mellan kliniska och prekliniska forskare. Forskning bedrivs inom medicinsk och klinisk genetik, bioinformatik, immunologi, patologi, tumörbiologi samt vaskulärbiologi. Delar av verksamheten är integrerad med avdelningarna för klinisk genetik och patologi-cytologi, Akademiska sjukhuset, Uppsala. Rudbecklaboratoriet erbjuder en mycket välutvecklad infrastruktur för forskning med tillgång till spetsteknologi och ett antal serviceverksamheter, såsom cellanalys, konfokalmikroskopi, DNA-sekvensering och genotypning.

Vi söker dig som vill studera på forskarnivå inom området Icke-kodande RNA och Epigenetics. Innehavare av doktorandplats skall främst ägna sig åt egen forskarutbildning. Inom denna utbildning kommer du huvudsakligen att studera den molekylära mekanismen för hur långa, icke-kodande RNA-molekyler kontrollerar nedtystningen av gener. De senaste årens undersökningar av däggdjurs RNA har visat att en stor del av DNAt ger upphov till RNA som inte kodar för något protein. Sådant icke-kodande RNA (ncRNA) har även visat sig ha reglerande funktioner. En del av dessa ncRNA är mycket långa och de läses av i motsatt riktning (anti-sense) från en proteinkodande gen. Uttrycket av långa anti-sense ncRNA har kunna kopplas ihop med nedtystningen av proteinkodande gener i ett stort område på båda sidor om platsen där ncRNAt läses av. Vår forskargrupp studerar vilken betydelse långa anti-sense ncRNA har för nedtystningen av gentranskription. Vi har använt Kcnq1ot1 som ett exempel. Produktionen av Kcnq1ot1 RNA har kunnat kopplas samman med nedtystningen av tio till tolv proteinkodande gener i ett mycket stort område i anslutning till Kcnq1. Men det är fortfarande oklart hur Kcnq1ot1 kan tysta ner både överlappande och icke överlappande gener. I det planerade arbetet kommer du att kartlägga den molekylära mekanismen för hur Kcnq1ot1 medverkar i nedtystningen av Kcnq1-regionen. Du kommer bland annat att använda en transgen mus-modell för att avgöra när under musens utveckling som nedtystningen inleds och om nedtystningen är irreversibel när den väl har etablerats.

Metoder som tillämpas är hantering av djur, DNA-teknik, "Chromatin immunoprecipitation" (ChIP), "RNA immunoprecipitation" (RIP) och andra RNA-relaterade metoder.

Övrig tjänstgöring vid institutionen, som avser undervisning och administrativt arbete ingår inom ramen för doktorandplatsen (max 20 %). Information om gruppens forskning finns på fyll i webbadress http://www.genpat.uu.se/node228

Ansökningar tas emot från mycket motiverade kandidater med en naturvetenskaplig examen på magisternivå, t.ex. biomedicinar-, apotekar-, kemiteknik- eller läkarprogrammet. Tidigare erfarenhet inom laborativ forskning är meriterande. God muntlig och skriftlig färdighet i engelska krävs. Information om utbildning på forskarnivå, behörighetskrav och antagningsbestämmelser finner du på www.medfarm.uu.se/forskarutbildning/index.shtml

Urval av sökande görs av handledaren i samråd med institutionens forskarutbildningsgrupp och fastställs av institutionsstyrelsen. Fakultetens forskarutbildningskommitté antar doktoranden.