Doktorandplats i metagenomik

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Det yttersta målet är att bedriva utbildning och forskning av högsta kvalitet och relevans för att göra långsiktig skillnad i samhället. Vår viktigaste tillgång är alla de individer som med sin nyfikenhet och sitt engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser. Uppsala universitet har drygt 54 000 studenter, mer än 7 500 anställda och en omsättning på cirka 8 miljarder kronor.




Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi (IMBIM) vid Uppsala universitet utgör en bred internationell miljö för forskning och undervisning.

Institutionens forskning bedrivs inom tre samverkande och delvis interagerade sektioner; cancer, infektioner och immunitet samt genetik och genomik. En närmare beskrivning finns på http://www.imbim.uu.se/forskningsomraden/.

https://uu.se/om-uu/jobba-hos-oss/

Vi söker en mycket motiverad person med ett stort intresse som vill studera på forskarnivå inom ämnesområdet metagenomik med inriktning på barn och kvinnohälsa. 

Projektsammanfattning och arbetsuppgifter
Forskargruppen inom smittspridning och infektionsbiologi undersöker symbiosen mellan bakterier och människor - både hur mikrobiotan påverkas av värden och hur värden i sin tur blir påverkad. Vi fokuserar på kvinnor i olika stadier av livet, framförallt under och efter graviditet. I det här projekt använder vi fekalieprover tagna under en graviditet eller kort efter förlossningen för att förstå och förutspå graviditetskomplikationer, somatiska såsom psykologiska.

Studierna bygger på en kombination av DNA sekvensering, bioinformatiska analyser och maskininlärning. Kandidaten kommer vara en del av ett tvärdisciplinärt samarbete mellan mikrobiomforskare, biostatistiker, bioinformatiker och kliniska experter.  Den här tjänsten är en del av SciLifeLabs och Knut och Alice Wallenberg Stiftelsens nationella program ”https://www.scilifelab.se/data-driven/". Målet med programmet är att rekrytera och träna nästa generation av datadriven forskare och därmed skapa världsledande kapacitet till att främja utvecklingen av livsvetenskaper i Sverige.

Kvalifikationer
Personen vi söker har en akademisk examen på magisternivå eller motsvarande (240 högskolepoäng) inom bioinformatik, biomedicin, molekylärbiologi eller liknande och därmed en grundläggande teoretisk kunskap inom molekylärbiologi, mikrobiologi och biostatistik. Erfarenhet av programmering och/eller bioinformatiska färdigheter, från tidigare forskningsprojekt eller programutveckling med öppen källkod, såsom Github eller Bitbucket krävs.

God muntlig och skriftlig färdighet i engelska krävs. Kandidaten förväntas ta egna initiativ och driva projektet framåt, men även samverka med gruppens övriga medlemmar samt nationella och internationella samarbetspartners. Stor vikt läggs vid personliga egenskaper, såsom analytisk förmåga, initiativkraft, noggrannhet, flexibilitet och samarbetsförmåga.

Meriterande eller önskvärt
Helst ska kandidaten kunna programmera i R eller python och ha erfarenhet av Unix. Tidigare erfarenhet med multidimensionella dataset, t.ex. RNA-seq, är meriterande.

Bedömning sker enligt följande kriterier
Uppfyllande av behörighetskrav, betyg på kurser, hur väl kurserna passar projektet, samt tidigare erfarenhet av arbete och/eller forskning inom områden som relaterar till projektet enligt beskrivningen ovan. En sammantagen bedömning görs för att anställa den person som anses mest lämpad att klara forskarutbildningen och att bidra till en positiv utveckling av programmet.

För anställning som doktorand krävs att innehavaren är antagen eller kommer att antas till forskarutbildning, där graden av förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildning är avgörande. Information om utbildning på forskarnivå, behörighetskrav och antagningsbestämmelser finner du på https://mp.uu.se/web/info/forska/forskarutbildning/medicin-och-farmaci

Studietiden (på heltid) är maximalt fyra år. Bestämmelser för doktorander återfinns i Högskoleförordningen 5 kap §§ 1-7 samt i https://regler.uu.se/?languageId=3. 

Ansökan
Ansökan mottages via Uppsala Universitets ansökningsportal och förväntas innehålla CV,
relevanta publikationer (artiklar, examensarbeten eller liknande), ett personligt brev där du beskriver dig själv, dina kunskaper och forskningsintresse, namn och e-post/tel.nr. till två referenspersoner.

Om anställningen
Anställningen är tidsbegränsad, enligt HF 5 kap § 7. Omfattningen är heltid. Tillträde snarast eller enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala.

Upplysningar om anställningen lämnas av: Luisa Hugerth, mailto:luisa.hugerth@imbim.uu.se

Välkommen med din ansökan senast den 31 oktober 2022, UFV-PA 2022/3487.

Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp.


Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem.