Doktorandplats inom området bioinformatik

Institutionen för farmaceutisk biovetenskap bedriver forskning och undervisning i biokemi, farmakologi, farmakoterapi, farmakokinetik och toxikologi.Mer information om institutionen och dess verksamhet finns på www.farmbio.uu.se

Doktorandplats inom området bioinformatik
vid Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.Tillträde under 2008.

Doktorandplats: Den nu utlysta doktorandplatsen är knuten till den proteokemometriska forskningsgruppen vid avdelningen för farmaceutisk farmakologi, vid Institutionen för farmaceutisk biovetenskap.Doktorandprojektet omfattar området e-Science med specifik inriktning på utveckling och implementering av metoder för integrativ bioinformatisk och kemoinformatisk analys under Bioclipse.

Projektbeskrivning: Biovetenskaplig och kemisk forskning idag karakteriseras av produktion av stora mängder heterogena data vilka blir tillgängliga från en allt ökande mängd olika källor.Inom bioinformatiken använder man sig i allt ökande omfattning av stora mängder heterogena data från många olika källor och utför därpå integrativa analyser.Tyvärr utgör brist på datastandarder och avsaknad av effektiva system för sammanlänkning av olika datakällor ett stort problem; för den praktiskt arbetande forskaren resulterar detta i avsevärda tidsförluster vid t ex datainsamling, manuell kurering av data och interkonverteringar mellan olika dataformat.Problem uppkommer därvid ofta så till den grad att integrativa analyser blir omöjliga att genomföra i praktiken.e-Science är den vetenskap vilken studerar och utvecklar metoder för effektiv åtkomst och utnyttjande av beräkningsmässiga resurser, databaser, e-tjänster och databaserade verktyg, och detta är ett område som kommer att leda till ett totalt paradigmskifte inom vetenskaperna där målet är att all information som producerats inom alla vetenskaper är omedelbart tillgänglig för alla i maskinbearbetningsbar form för integrativ analys.När detta ödmjuka mål nåtts suddas gränserna ut mellan de traditionella vetenskaperna och det "gamla" sättet att bedriva vetenskap, med dessas inomvetenskapliga problem, begränsningar och låsningar kommer att förefalla något föråldrat.Bioclipse är ett integrationsverktyg för bio- och kemoinformatik vilket syftar till att göra allt detta möjligt genom att på ett standardiserat och användarvänligt sätt länka samman alla de verktyg och metoder som utvecklas inom e-Science.Detta projekt kommer att inriktas på utveckling av ett nytt skriptspråk för Bioclipse samt att utveckla visualiseringsmetoder för biodata, databaser och interface för struktur- och sekvensdatabaser, samt delta i utveckling av ett
laboratorieinformationssystem för högkapacitetsscreening av läkemedel, samt utveckling metoder för att integrera sådana screeningdata med genexpressionsdata.

Kvalifikationer: Meriterande är genomgången civilingenjörsutbildning i bioinformatik, kunskaper i Java-programmering samt erfarenheter av Bioclipse.
För anställning som doktorand krävs att innehavaren är antagen eller kommer att antas till utbildning på forskarnivå.Bestämmelser för doktorander återfinns i Högskoleförordningen 5 kap 1-7.Information om utbildning på forskarnivå, behörighetskrav och antagningsbestämmelser finner du på www.medfarm.uu.se/forskarutbildning/index.shtml .

Upplysningar om doktorandplatsen fås genom huvudhandledaren: Professor Jarl Wikberg.