Forskare

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Det yttersta målet är att bedriva utbildning och forskning av högsta kvalitet och relevans för att göra långsiktig skillnad i samhället. Vår viktigaste tillgång är alla de individer som med sin nyfikenhet och sitt engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser. Uppsala universitet har drygt 45 000 studenter, mer än 7 000 anställda och en omsättning på cirka 7 miljarder kronor.




Institutionen för medicinska vetenskaper är en stor klinisk institution med ca 250 anställda och över 300 personer som är anknutna via Akademiska Sjukhuset.

Institutionen har en bred forskningsprofil med starka forskargrupper inom en rad områden. Forskningen äger rum i nära anslutning till den kliniska verksamheten vid Akademiska sjukhuset och omfattar såväl grundläggande studier kring sjukdomsorsaker som utveckling och utvärdering av förbättrad diagnostik och nya behandlingsmetoder. Mer om institutionens verksamhet finns på http://www.medsci.uu.se.

Forskargruppen för molekylär precisionsmedicin (http://molmed.medsci.uu.se) studerar akut barnleukemi med hjälp av storskaliga genetiska metoder. Genom nära samarbete med kliniska forskare vid Akademiska sjukhuset i Uppsala har vår forskargrupp tillgång till unika provsamlingar och klinisk patientinformation.

Gruppen för molekylär precisionsmedicin söker nu en forskare för utveckling och implementering av nya protokoll för biblioteksberedning för RNA/DNA-sekvensanalyser av enskilda celler. Tjänsten utgör en unik och spännande möjlighet för dig som vill arbeta inom precisionsmedicin och single-cell genomik med toppmodern utrustning inom en avancerad forskningsmiljö.

Arbetsuppgifter
De huvudsakliga arbetsuppgifterna är att utveckla och implementera sekvenseringsteknologier för genomikstudier av enskilda celler i forskningsprojekt där kliniska patientprover analyseras. En framgångsrik kandidat förväntas utföra både experimentellt laboratoriearbete samt bioinformatiska analyser, såsom att använda bioinformatiska arbetsflöden vid kvalitetskontroll av data, samt analys och sammanställning av genomikdata från olika applikationer av single-cellanalyserna. I arbetsuppgifterna ingår även att skriva vetenskapliga rapporter samt att presentera metodiken och resultat från forskningsprojekt vid vetenskapliga konferenser och möten.

Kvalifikationskrav
Forskarutbildning med inriktning inom medicinsk vetenskap samt minst fem års dokumenterad erfarenhet av forskning inom genomik och/eller cancerdiagnostik. Vi söker en kreativ person med brett intresse för teknologier inom genomik, som har publicerat eget forskningsdata inom genomik- eller NGS-områdena. Vi söker en forskare med mycket goda muntliga och skriftliga kunskaper i båda engelska och svenska, som är ansvarstagande och har förmåga att arbeta i en miljö med högt tempo och är bekväm med att arbeta både självständigt och i grupp. Stor vikt kommer att läggas vid personliga egenskaper, såsom god samarbetsförmåga.

Specifika krav för tjänsten är:

- Praktisk erfarenhet av laborativt arbete med single-cellprotokoll från 10x Genomics.
- Praktisk erfarenhet av laborativt arbete med TCR/BCR sekvensering.
- Praktisk erfarenhet av laborativt arbete med ”cell hashing”.
- Erfarenhet av arbete med storskalig DNA- eller RNA-sekvensering.
- Dokumenterad erfarenhet av bioinformatik analys av NGS-data, specifikt 10x Genomics single-cell RNA-seq och bulk RNA-seq data.
- Erfarenhet av programmering i R för NGS-dataanalys.
- Gedigen erfarenhet i hantering av stora dataset i LINUX/UNIX miljö och med ”slurm workflow manager” (UPPMAX/HPC).
- Erfarenhet i hantering av känsliga patientdata.
- Erfarenhet av användning bioinformatikpipelines, e.g. Nextflow och Snakemake.
- Dokumenterad erfarenhet av forskning inom hematologisk/B-cellforskning.
- Utmärkt kommunikations- och samarbetsförmåga.

Lön: Individuell lönesättning tillämpas.

Tillträde: 1 november, 2021.

Anställningsform: Tidsbegränsad anställning 12 månader.

Anställningens omfattning: 100 %

Upplysningar om anställningen lämnas av: Dr Jessica Nordlund (mailto:jessica.nordlund@medsci.uu.se), forskargruppsledare i molekylär precisionsmedicin.

Välkommen med din ansökan senast den 26 oktober 2021, UFV-PA 2021/3865.

Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp.


Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem.