Forskare i Beräkningsvetenskap/Systembiologi

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Uppgiften är att bedriva forskning och utbildning av högsta kvalitet och att på olika sätt samverka med samhället. Vår viktigaste tillgång är alla de individer som med sin nyfikenhet och sitt engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser. Uppsala universitet har 40 000 studenter, 7 000 anställda och en omsättning på 6,5 miljarder kronor.



Institutionen för informationsteknologi bedriver forskning och utbildning i ett spektrum av områden inom datavetenskap och IT.

Forskningen är organiserad i fem avdelningar. Forskningen vid avdelningen för beräkningsvetenskap har sina rötter i numerisk analys för partiella differentialekvationer. Numera omfattar den även matematisk modellering, algoritmer, analys, utveckling av programvara, högprestandaberäkningar och beräkningsmodeller för dataanalys baserad på observationer inom många olika applikationsområden.

Forskaren kommer att jobba i ett projekt som finansieras av eSSENCE, ett strategiskt forskningsprogram i e-vetenskap i ett samarbete mellan tre svenska universitet med en lång tradition av framstående e-vetenskap: Uppsala universitet, Lunds universitet och Umeå universitet. E-vetenskap innebär beräkningsintensiv och dataintensiv forskning i samarbete över ämnesgränserna. I Uppsala stöds ett stort antal projekt i programmet. De flesta handlar om datorsimulering och dataanalys i biologi, kemi och fysik. Mera information om eSSENCE finns på hemsidan http://essenceofescience.se/.

Forskningsprojektet: Projektet syftar till att utveckla ny eScience-metodik och mjukvara för modellering och simulering av biologiska system. Utvecklingen drivs av data från avancerad mikroskopi där individuella stamceller och dess dotterceller kan särskiljas i s.k. konfettiembryon. Simuleringar har stor potential att bidra till ny kunskap om hur komplicerade cellulära processer koordineras mellan individuella celler och hur denna reglering ger upphov till fenomen på en makroskopisk skala, men idag finns inte metoder som klarar att överbrygga de stora skalskillnaderna mellan processer på cellnivå och uppskalning av större strukturer i ett embryo under utveckling. Vi kommer utveckla nya multiskalmetoder för att möta denna utmaning. Vi kommer använda de nya metoderna för att studera hur cell-cell interaktioner ger upphov till robust tillväxt och skalning av strukturerna i ansiktsregionen i musembryon med hjälp av experimentell data från Adameykos labb. Projektet syftar också till att bidra till utvecklandet av en molntjänst, ett s.k. Virtuellt laboratorium, för modellering och simulering av biologiska processer. En mer detaljerad beskrivning av projektet finns på: http://essenceofescience.se/wp-content/uploads/2017/01/eSSENCE_Postdoc_Hellander_Adameyko.pdf .   

Kvalifikationskrav: Kandidaten ska vid anställningens början ha en doktorsexamen inom beräkningsvetenskap, matematisk biologi, beräkningsbiologi, tillämpad matematik eller ett annat relevant område. Utmärkta kunskaper i muntlig och skriftlig engelska är ett krav.

Bedömningsgrunder: Vid urval bland behöriga sökande kommer stor vikt att fästas vid vetenskaplig skicklighet. Här kommer särskilt stor vikt att fästas vid dokumenterad forskningserfarenhet inom modelleringsramverk för flercellulära system (såsom stokastiska cellulära automata, överlappande sfärer och centerbaserade metoder, vertex-metoder och cellulär Potts), och vid goda programmeringsfärdigheter. Tidigare erfarenhet av molnberäkningar eller högprestandaberäkningar är en merit, men inte en nödvändig kunskap. Högkvalitativa publikationer i internationella, peer-reviewgranskade tidskrifter är en viktigt merit. Forskaren förväntas bidra konstruktivt i forskargruppens aktiviteter, och bevis på god samarbetsförmåga är meriterande.    

Ansökan: Ansökan ska innehålla en detaljerad (max 2 sidor) beskrivning av forskningsintressen, relevanta kvalifikationer för anställningen, den sökandes motivering till att välja att arbeta med detta projekt, och beskrivning av hur den sökande är självmotiverad och kan jobba i ett team. Ansökan ska också innehålla en meritförteckning (CV), kopia på relevanta betygshandlingar (översatta till svenska eller engelska), en kopia eller länk till doktorsavhandlingen (åtminstone ett utkast), en publikationslista med de fem viktigaste publikationerna markerade och beskrivning av kandidatens specifika insats, samt ev. andra relevanta dokument. Dessutom kan sökanden tillhandahålla referenser (med kontaktinformation) och maximalt två rekommendationsbrev.

Uppsala universitet värdesätter de kvaliteter som jämn könsfördelning och mångfald tillför verksamheten. Vi ser därför gärna sökande av alla kön och med olika födelsebakgrund, funktionalitet och livserfarenhet. Institutionen strävar efter att nå en jämnare fördelning mellan könen, varför vi gärna ser kvinnor som sökande.

Lön: Individuell lönesättning tillämpas.

Tillträde: snarast eller efter överenskommelse.

Anställningsform: Tidsbegränsad anställning

Anställningens omfattning: 100 %. Anställningen är tvåårig och kan omfatta undervisning upp till 20 % av heltid beroende på tillgång och intresse. Du förväntas kunna undervisa på svenska eller engelska.

Upplysningar om anställningen lämnas av Docent Andreas Hellander, tel 0703950447 andreas.hellander@it.uu.se, eller Dr. Igor Adameyko, igor.adameyko@ki.se.

Välkommen med din ansökan senast den 7 maj 2017, UFV-PA 2017/1197

Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp. Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem.