Forskare i biodiversitetsinformatik

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Det yttersta målet är att bedriva utbildning och forskning av högsta kvalitet och relevans för att göra långsiktig skillnad i samhället. Vår viktigaste tillgång är alla de individer som med sin nyfikenhet och sitt engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser. Uppsala universitet har drygt 45 000 studenter, mer än 7 000 anställda och en omsättning på cirka 7 miljarder kronor.




Institutionen för ekologi och genetik är en internationell miljö med medarbetare och studenter från hela världen.

Vid institutionen bedrivs forskning och undervisning i skärningspunkten mellan ekologi, evolution och genomik. Se vidare www.ieg.uu.se.

Projektbeskrivning: Studier av marksvampar sker idag genom massive parallell sekvensering av markörgener från miljö DNA prover, men steget från sekvenser till en lista på artförekomst är kantad av bioinformatiska utmaningar. I projektet kommer du analysera tillgänglig sekvensdata för att uppskatta artförekomst och inom artsvariation och utvärdera taxonomisk klassificering genom att kombinera information från referensdatabaser med fylogenetiskaanalyser. 

Arbetsuppgifter: Bioinformatisk analys av miljösekvensdata från svampar och protister.

Kvalifikationskrav: Sökande ska ha god förmåga att arbeta självständigt med metabarcodingdata, ha dokumenterad förmåga att hantera dataflödet från rådata till ASV och OTU samt taxonomisk klassificering av sekvenser baserat på olika relevanta databaser. God kännedom om svampars taxonomi och fylogenetiskanalys är en förutsättning. Sökande måste vara väl bevandrad i R. Stor vikt läggs vid personliga egenskaper såsom god samarbetsförmåga och intresse för att utveckla datavisualisering. Kandidaten ska ha mycket bra förmåga att uttrycka sig på engelska, i såväl tal som i skrift.

Önskvärt/meriterande i övrigt: Egenutvecklade paket i R är starkt meriterande. Det är bra om kandidaten har erfarenhet av data från olika teknikplattformar.

Lön: Individuell lönesättning.

Tillträde: 2021-05-27 eller enligt överenskommelse.

Anställningsform: Tidsbegränsad anställning t.o.m. 2021-08-26.

Anställningens omfattning: 100%

Upplysningar om anställningen lämnas av: Universitetslektor Anna Rosling, Anna.Rosling@ebc.uu.se, 018-471 6444.

Välkommen med din ansökan senast den 29 april 2021, UFV-PA 2021/1410.

Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp.


Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem.