Forskare i bioinformatik vid Umeå Plant Science Centre

Forskare i bioinformatik vid Umeå Plant Science Centre Koppla samman transkriptom från gran och rotassocierat metatranskriptom med trädhälsa och kolfördelning. En kombinerad strategi som integrerar ett förädlat genetiskt material med metodutveckling inom skogsbruket, för att maximalt kunna utnyttja den förbättrade råvaran, är något som behövs för att kunna möta framtidens krav på våra skogar - producenter av fiberbaserat material och råmaterial för bioenergi, samtidigt som en försämring av befintliga ekosystem måste förhindras. Även nya produktionsmetoder för att maximera etableringen och den initiala tillväxten hos plantor kommer att behövas.
Inom detta projekt kommer vi att identifiera de viktigaste, och i stort sett outforskade, rollerna som de trädassocierade mikroorganismerna spelar för plantors hälsa och överlevnad, samt för tillväxten och fördelningen av biomassa inom skogsbestånd.


För fullständig annons se: www.slu.se/lediga-tjanster
Arbetsuppgifter: Att utveckla och implementera en metatranskriptomisk pipeline vilket gör det möjligt för den anställde forskaren att utforska en stor mängd svamptranskript, i huvudsak biprodukter från RNA sekvenseringsexperiment av tall- och granvävnader. Detta kommer inte bara att generera ny information, det ökar även vår förståelse av träd som holobionter i kontakt med det komplexa markekosystemet, än som enskilda individer vilka svarar på förändringar i miljön eller förvaltningspraxis. Den anställde forskarens uppgift är även att kombinera analyserna av växt- och svamptranskriptom, i syfte att utveckla en samlad bild av hur detta växt-svamp biota-jord kontinuum svarar på säsongs- och miljövariation.

Kvalifikationer: Mycket motiverad, van att arbeta i team, med erfarenhet av växt- och svampgenomik samt bioinformatik. Du bör ha en doktorsexamen i ämnen som är relevanta till positionen, såsom växtmolekylärbiologi eller mikrobiologi. Forskaren som anställs bör ha kompetens inom både växt-sekvensanalys och växt-svamp interaktioner, företrädesvis med direkt kunskap och erfarenhet av att analysera växt och mykorrhiza samspel. Goda bioinformatiska färdigheter är väsentliga och den sökande bör vara bekväm med att analysera data från ?next generation sequencing?, kunna utnyttja en infrastruktur av högpresterande datorer för att göra analyser, kunna utföra fylogenetisk analys samt att tolka resultaten från differentiella uttrycksanalyser. Mycket goda muntliga och skriftliga kunskaper i engelska är ett krav.