Forskare om genomisk anpassning hos fisk

Institutionen för akvatiska resurser
Institutionen för akvatiska resurser bedriver miljöanalys, rådgivning, forskning och utbildning i akvatisk ekologi med fokus på fisk och skaldjur. Institutionen är SLU:s största och har drygt 180 anställda vid tre huvudorter: Lysekil, Öregrund och Stockholm (Drottningholm), samt fyra fältstationer.

Vår verksamhet är starkt profilerad mot datainsamling och analys av fisk och fiske och ekosystem. Institutionen präglas av en intensiv samverkan med det omgivande samhället. Detta skapar en vital forskningsmiljö och ger oss unika möjligheter att ta fram kunskap som är förvaltningsnära och direkt tillämpbar i praktiken. Besök oss på: www.slu.se/aquaticresources! 

Bakgrund: Denna tjänst fokuserar på molekylära mekanismer som driver anpassningen till humusrikt (mörkt) vatten hos abborre och genomiken hos parasitsjukdomar hos laxfisk. Vi kommer att kombinera hel-genom- och transkriptom-sekvensering, skattningar av relevant ekologisk fenotypisk variation samt fiskarindividers tillväxt, överlevnad, etc. i s.k. common-garden-försök. Inom ramen för denna tjänst kommer du att hjälpa till med att analysera tillgängliga helgenomdata och bidra till det arbetet med de pågående försöken. Arbetet kommer att utföras i Anti Vasemägis forskargrupp vid Sötvattenslaboratoriet, Institutionen för akvatiska resurser, Sveriges Lantbruksuniversitet. Forskningen inom Vasemägi-gruppen fokuserar på att förstå sambanden mellan genotyp och fenotyp, genetisk grund för anpassning och hur kombinationen av naturligt och mänskligt inducerat urval fungerar på ekologiska tidsskalor.

Publikationer som är relevanta för denna tjänst, se: https://internt.slu.se/en/cv-originals/anti-vasemagi/ 

Arbetsuppgifter:
Du kommer att ingå i vårt team som arbetar med molekylär ekologi och populationsgenomik hos vattenlevande organismer. Du kommer att utföra analyser på bioinformatisk data från nästa generations sekvenseringsdata (RADseq, WGS, CNV), strukturell variation, populationsgenetiska analyser och laboratoriearbete. De huvudsakliga arbetsuppgifterna omfattar analyser av nästa-generations sekvenseringsdata, skriva manuskript och föra detaljerad loggbok över analyserna. Du kommer också att delta i mindre projekt som inte nödvändigtvis är direkt relaterad forskning, men hjälper medarbetare i gruppen med deras projekt och kommer även att hjälpa till med att generera pilotdata för framtida forskningsansökningar. Arbetet kan också inkludera handledning för studenter inom grundutbildningen, såväl som inom forskarutbildningen, samt att hjälpa labb- och arbetskollegor.

Kvalifikationer:
Vi söker en starkt motiverad kandidat som har en doktorsexamen i bioinformatik, evolutionsbiologi, genomik eller närliggande forskningsområde. Sökande med en stark bakgrund inom nästa generations sekvenseringsdataanalys (SNP:er och strukturell variation), transkriptomik, populationsgenomik och/eller värd-parasitinteraktioner som kan styrkas av publikationer inom relevanta områden kommer att rankas högre än de som inte har denna bakgrund. Dessutom är det önskvärt att kandidaterna är bekanta med ett eller flera programmeringsspråk (som Python, Perl eller R). Sökande måste ha goda kunskaper i engelska, både i tal och skrift, samt ha god kommunikationsförmåga. Sökande förväntas också kunna arbeta självständigt och som en del av en arbetsgrupp. Efter behörighetskraven kommer stor vikt att läggas vid personliga egenskaper och personlig lämplighet. 

Följande dokument ska bifogas ansökan: (1) Cv och kopia av intyg på avlagd doktorsexamen, (2) beskrivning av huvudintressen inom vetenskapen och personlig motivering för att söka tjänsten, (3) beskrivning av forskningsbakgrund och erfarenheter och annan relevant information kopplat till denna tjänst.

Placering:
Drottningholm, Sweden

Anställningsform:
Tillfällig anställning 24 månader.

Omfattning:
100%

Tillträde:
1 mars 2022

Ansökan:
Välkommen med din ansökan via ansökningsknappen nedan senast den 2022-01-31

Fackliga kontaktpersoner:
https://internt.slu.se/min-anstallning/facket/kontaktpersoner/



Sveriges lantbruksuniversitet (SLU) är ett universitet i internationell toppklass med forskning, utbildning och miljöanalys inom vetenskaper för hållbart liv. Huvudorter är Alnarp, Umeå och Uppsala, men verksamhet bedrivs också på forskningsstationer, försöksparker och utbildningsorter i hela landet. Hos oss samlas människor med olika perspektiv men med det gemensamma målet att skapa de bästa förutsättningarna för en hållbar, levande och bättre värld.

SLU har drygt 3000 medarbetare, 5000 studenter och forskarstuderande och en omsättning på över tre miljarder kronor. Universitetet satsar på attraktiva miljöer på sina campusområden.

www.slu.se