Forskningsassistent

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Det yttersta målet är att bedriva utbildning och forskning av högsta kvalitet och relevans för att göra långsiktig skillnad i samhället. Vår viktigaste tillgång är alla de individer som med sin nyfikenhet och sitt engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser. Uppsala universitet har drygt 54 000 studenter, mer än 7 500 anställda och en omsättning på cirka 8 miljarder kronor.




Institutionen för medicinska vetenskaper är en stor klinisk institution med ca 250 anställda och över 300 personer som är anknutna via Akademiska Sjukhuset.

Institutionen har en bred forskningsprofil med starka forskargrupper inom en rad områden. Forskningen äger rum i nära anslutning till den kliniska verksamheten vid Akademiska sjukhuset och omfattar såväl grundläggande studier kring sjukdomsorsaker som utveckling och utvärdering av förbättrad diagnostik och nya behandlingsmetoder. Mer om institutionens verksamhet finns på http://www.medsci.uu.se

https://www.uu.se/om-uu/jobba-hos-oss/

Arbetsuppgifter
Projektet avser etablera nya diagnostiska verktyg, biomarkörer och behandlingsterapier för komplexa hjärnsjukdomar, med inriktning på epilepsi, neurokognitiva sjukdomar (såsom Alzheimers sjukdom) och sömnstörningar. Individerna kommer att undersökas vid flera tidpunkter då olika typer av prover och beteendedata samlas in, inom ramen för ett större EU-samarbete.

Komplexa hjärnsjukdomar representeras bl.a. av neurokognitiva sjukdomar (t.ex. Alzheimers demens), sömnstörningar och krampanfall (epilepsi). Dessa kroniska tillstånd har en globalt hög prevalens och leder därmed till funktionshinder som stör aktiviteter av dagligt liv (ADL), de försämrar livskvaliteten (QoL), ökar risken för förtida död, samt bidrar till en ökad socioekonomisk börda för patienter, deras familjer och deras samhällen i stort. Därtill interagerar dessa tillstånd (Komplexa hjärnsjukdomar leder via komplexa patofysiologiska mekanismer till en försämring av hjärnans neurobiologi och funktion. Detta förklarar deras höga ko-morbiditet, och leder ofta till ett behov av livslång medicinsk behandling, som ofta är suboptimal.

Målet med det nuvarande projektet är att använda så kallad ”Big data” för att dels förbättra diagnostik och prognos, samt att kunna förutsäga behandlingssvar, dvs. delar av så kallad precisionsmedicin, för ovannämnda neurokognitiva tillstånd. Detta omfattar en skräddarsydd utredning och behandling utifrån individers kliniska presentation, och kräver en bred kartläggning av biologisk data, så kallad djup fenotypning. Ett av delmålen i projektet är att använda artificiell intelligens för att kunna analysera Big data från flera källor/modaliteter för att kunna anpassa terapier till en specifik individ. Vi kommer även att samla in data om ämnesomsättningen och om hur sömnen ser ut hos dessa individer, för att kartlägga ifall dessa fenotypdata kan förutsäga olika sjukdomsvariabler. Samtidigt kommer vi att använda interventionsstudier för att förstå hur livsstilsfaktorer interagerar med sömn och vanliga folkhälsosjukdomar som typ 2-diabetes. Även här kommer ett av målen vara att finna nya biomarkörer, t.ex. molekyler i blod eller egenskaper i tarmens mikrobiom.

I projektet kommer du att få medverka i ett bioinformatiskt arbete med samarbetspartners från flera länder (ffa. EU-länder). Projektet kommer ge ny insikt för viktiga sjukdomar som drabbar hjärnan, med fokus på sömn och neurodegenerativa sjukdomar, dvs. några av vår tids stora hälsoutmaningar.

Kvalifikationskrav
Masterexamen inom molekylärbiologi och bioinformatik. Erfarenhet av att medverka i projektarbeten och större samarbetsprojekt Extensiva kunskaper inom bioinformatik och beräkningsbaserad modellering (computational modelling), med särskilt fokus på big data och metagenomik, dvs. bioinformatik som rör tarmflorans sammansättning och funktion. Inom metagenomikområdet bör personen besitta kunskaper som rör normal uppsättning och funktion av tarmfloran, liksom hur denna störs vid metabola och neurodegenerativa sjukdomar såsom typ 2-diabetes och Parkinsons sjukdom. Kunskaperna bör relatera till hur metagenomisk data kan jämföras med annan ”big data” såsom metabolomikdata. De bioinformatiska kunskaperna bör omfatta förmågan att analysera storskaliga datamängder med lämpliga statistiska verktyg, samt kunskap inom programmeringsmiljöerna/språken Pyton, Matlab, samt skriptspråken R, Bash och Shell. Inom dessa programmeringsmiljöer ska personen ha erfarenhet om hur man bygger biologiska nätverk genom integrering av metadata med metagenomisk data, hur man laddar ner data från externa databaser, samt visualisering av data (t.ex. i principalkomponentanalyser eller motsvarande) och metoder för att finna signifikant skilja parametrar. Kunskaper inom Word, PowerPoint och Excel, samt förmåga till grafisk visualisering av större datamängder förutsätts också.

Önskvärt/meriterande i övrigt
Kunskaper inom bioinformatisk genuttrycksanalys och integrering av flera datatyper, ELISA-metoder, programmering i andra (skript)språk, erfarenhet av större forskningssamarbeten och sådan projektorganisation.

Om anställningen 
Anställningen är tidsbegränsad, 4 månader. Omfattningen är heltid %. Tillträde 220501. Placeringsort: Uppsala.

Upplysningar om anställningen lämnas av: Jonathan Cedernaes, mailto:jonathan.cedernaes@medsci.uu.se

Välkommen med din ansökan senast den 11 april 2022, UFV-PA 2022/1169.

Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp.


Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem.