Forskningsassistent i beräkningsbiokemi

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Uppgiften är att bedriva forskning och utbildning av högsta kvalitet och att på olika sätt samverka med samhället. Vår viktigaste tillgång är alla de individer som med sin nyfikenhet och sitt engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser. Uppsala universitet har 46.000 studenter, 7.300 anställda och en omsättning på 7,3 miljarder kronor.




Institutionen för Cell och Molekylärbiologi vid Uppsala universitet är en tvärvetenskaplig och framgångsrik forskningsinstitution som bedriver forskning inom Strukturbiologi, Molekylärbiologi, Mikrobiologi, Beräkningsbiologi, Molekylär systembiologi, Biofysik och molekylär evolution.

Läs mer på http://www.icm.uu.se.

Tjänsten kommer att placeras i professor Johan Åqvists grupp (ICM), som arbetar med beräkningsbiokemi och datorsimuleringar inom problemområden som enzymkatalys, ligandbindning och proteinstabilitet. Se gruppens hemsida för mer information: http://www.icm.uu.se/cbbi/aqvist-lab/.

Arbetsuppgifter: Den anställde kommer att arbeta inom ett projekt som handlar om att validera olika protokoll för fria energiberäkningar med den molekyldynamikbaserade FEP-metoden, som utvecklats i forskargruppen. Den vanligaste typen av beräkningar handlar om att uppskatta skillnader i bindningsaffinitet mellan olika par av proteinligander och detta är oftast flaskhalsen vad gäller tillämpningar av FEP inom läkemedelsdesign. Projektet syftar till att undersöka och implementera självlärande moduler och AI-metoder för att definiera molekylpar som täcker hela datamängden. Härvid kommer olika testdataset att användas och arbetet omfattar också att extrahera och preparera olika proteiner för MD-simulering, analys av ligandernas kemiska molekylrymd, samt optimering av fria energi-beräkningsvägar. Uppskalning av metodiken till hundratals protein-ligandkomplex blir också aktuellt.

Kvalifikationer: Mastersexamen inom kemi, farmaci, biomedicin eller annat närliggande område som arbetsgivaren bedömer som likvärdigt. Du skall ha dokumenterad erfarenhet av beräkningsbiokemi och strukturbiologi, speciellt vad gäller simulering av ligandbindning med FEP-metoder. Du skall även ha erfarenhet av programmering i Python, och erfarenhet av maskinlärande och Unix-miljöer. Stor vikt kommer även att läggas vid personliga färdigheter såsom kommunikations- och samarbetsfärdigheter, förmåga att arbeta självständigt samt vetenskaplig mognad och kreativitet. En förutsättning för tjänsten är att du är flytande i engelska, både i tal och skrift.

Meriterande: Erfarenhet av strukturbioinformatik.

Lön: Fast.

Tillträde: 2021-01-01.

Anställningsform: Tidsbegränsad anställning om 6 månader.

Anställningens omfattning: 100 %.

Upplysningar om anställningen lämnas av: Johan Åqvist: johan.aqvist@icm.uu.se.

Välkommen med din ansökan senast den 23 december 2020 till UFV-PA 2020/4597.

Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp.


Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem.