Forskningsassistent i bioinformatik

Detta är en tidsbegränsad anställning vid Institutionen för Cell- och Molekylärbiologi (ICM) som har finansierats genom ett EU-initiativ för forskning och innovation med bidrag till projektet "Embedded storage elements on next MCU generation ready for AI on the edge" och med ett bidrag från VINNOVA.

Institutionen för cell- och molekylärbiologi är indelad i sju forskningsprogram som alla fokuserar på olika områden inom cell- och molekylärbiologi: beräkningsbiologi och bioinformatik, mikrobiologi och immunologi, molekylärbiologi, molekylär biofysik, molekylär evolution, molekylär systembiologi och strukturbiologi. Den vetenskapliga grunden till vad vi gör ligger i biologi, men vår forskning överlappar med andra områden såsom medicin, datavetenskap, matematik, kemi, ingenjörsvetenskaper och fysik. Institutionen har över 200 anställda med runt 60 doktorander. Läs gärna mer om verksamhetens arbete på https://icm.uu.se.  Anställningen är placerad i professor Jan Komorowskis forskningslaboratorium vid programmet Beräkningsbiologi och bioinformatik.

Arbetsuppgifter 
Professor Komorowskis laboratorium deltar i ett stort europeiskt projekt som samlar experter inom ett brett spektrum av områden från maskininlärning via sensorteknik, till design av energieffektiv hårdvara körbara på mobila enheter. Målet med delprojektet vid professor Komorowskis laboratorium är att utveckla maskininlärningslösningar för beslutsstöd vid patientens säng.  Den ledande maskininlärnings metod (ML) för att bygga klassificerare är neurala nätverk (NN).  De erbjuder hög noggrannhet men är mycket svåra om ens möjliga att ge förklaringar hur prediktionerna uppnås.  Förklaringar krävs numera inom flera ML-tillämpningar. Projektet syftar att vidare utveckla en förklaringsmetod som går ut på att bygga en regel- eller beslutsträdsbaserad spegel av NN och tillämpa den i flera olika tillämpningsområden inom livsvetenskaperna.  I arbetsuppgifterna ingår även deltagande i undervisningen samt administrativa uppgifter bundna till forskningen. 

Kvalifikationskrav
Mastersexamen i bioinformatik, beräkningsbiologi eller andra relevanta områden. Tidigare erfarenhet av att arbeta med biomedicinska data och expertis inom ML krävs.  Det krävs hög kompetens inom ML och i synnerhet inom regel- och beslutsträdsbaserade metoder samt goda kunskaper i NN metoder.  Tidigare erfarenhet med analys av patient och genomiska data är nödvändiga.  Featureselektions metoder såsom Monte Carlo Feature Selection, Boruta eller Random Forests och med regelbaserade system såsom ROSETTA ger företräde vid anställningen.  Den sökande måste ha en utmärkt förmåga att arbeta självständigt och i tvärvetenskapliga grupper. Stark kommunikationsförmåga på engelska, både skriftligt och muntligt, krävs, eftersom arbetet sker i en multiinternationell miljö.

Om anställningen 
Anställningen är tidsbegränsad, 5 månader. Omfattningen är 100 %. Tillträde snarast eller enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala

Upplysningar om anställningen lämnas av: Jan Komorowski, Jan.Komorowski@icm.uu.se, 018-471 6692 

Välkommen med din ansökan senast den 25 januari 2024, UFV-PA 2024/147.

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Det yttersta målet är att bedriva utbildning och forskning av högsta kvalitet och relevans för att göra skillnad i samhället. Vår viktigaste tillgång är alla 7 500 anställda och 54 000 studenter som med nyfikenhet och engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser.


Läs mer om våra förmåner och hur det är att jobba inom Uppsala universitet
https://uu.se/om-uu/jobba-hos-oss/


Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp.


Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem.