Forskningsassistent - metagenomik-analys av svamp och virus-samhällen

Institutionen för vatten och miljö
Institutionen för vatten och miljö (www.slu.se/vatten-miljo) är ett kompetenscentrum för tillämpad miljöforskning med ett nationellt ansvar för övervakning av miljötillståndet i svenska sjöar och vattendrag med avseende på vattenkemi, miljöförorening och akvatisk biota. Forskningen vid institutionen fokuserar på geokemiska och hydrologiska processer, akvatisk ekologi och biodiversitet, samt akvatisk ekotoxikologi och miljökemi. Institutionen har drygt 130 anställda varav ca hälften utgörs av forskare/doktorander och den andra hälften av teknisk och administrativ personal.
Arbetsuppgifter:
Vi avser att anställa en forskningsassistent med bakgrund inom molekylärbiologi och mikrobiologi som även har betydande kompetens och färdigheter inom bioinformatik för att utföra odlingsoberoendesvamp och virussamhällen i arktiska sötvatten. I arbetsuppgifterna ingår bioinformatisk och statistisk analys av svampgenom, ribosomala RNA sekvenser,  metagenom, samt akvatiska viriom. Innehavaren av tjänsten förväntas även bidra till presentation av resultaten i en vetenskaplig artikel. I det bioinformatiska arbetet ingår kvalitetskontroll, kartläggning och funktionell tolkning av metagenom med verktyg som Trimmomatic, Megahit, Spades, IDBA-UD, BBMap, Kaiju, MetaEuk, eggNOG and HTSeq. Statistisk analys och visualisering av resultat förväntas ske med moduler i plattformen R.

Kvalifikationer:
Sökanden ska vara ha en högre universitetsexamen (MSc eller högre) inom biovetenskap och ska vidare ha betydande forskningserfarenhet inom mikrobiell ekologi. Sökanden ska vidare kunna visa på stor kunskap och erfarenhet av att utföra bioinformatisk analys av mikrobiella samhällen där eukaryoter och virus ingår och kopplad statistisk analys med de bioinformatiska verktyg/mjukvaror som anges i arbetsbeskrivningen. Vi förväntar oss att innehavaren av tjänsten ska kunna arbeta självständigt med dessa arbetsuppgifter utan vidare träning och utbildning. Erfarenhet av att leda eller bidra till vetenskapliga publikationer är meriterande och detsamma gäller för kunskap om arktiska smältvatten-system. Sökanden ska kunna arbeta strukturerat och noggrant och dokumentera arbetet på tillförlitligt sätt. Vi förutsätter att du har goda kunskaper i engelska.

Placering:
Uppsala

Anställningsform:
Tidsbegränsad anställning 5 månader med ev. möjlighet till förlängning.

Omfattning:
50%

Tillträde:
Januari 2022 eller enligt överenskommelse

Ansökan:
Välkommen med din ansökan via ansökningsknappen nedan senast den 2021-10-19.

Fackliga kontaktpersoner:
https://internt.slu.se/min-anstallning/facket/kontaktpersoner/



Sveriges lantbruksuniversitet (SLU) utvecklar kunskapen om de biologiska naturresurserna, och hur vi kan förvalta och nyttja dem på ett hållbart sätt. Detta sker genom utbildning, forskning och miljöanalys, i nära samverkan med näring och samhälle. SLU är ett internationellt och forskningsintensivt universitet, men erbjuder också unika utbildningar som agronom, veterinär, jägmästare, miljöekonom och landskapsarkitekt.

SLU har drygt 3000 medarbetare, 5000 studenter och forskarstuderande och en omsättning på över tre miljarder kronor. Universitetet satsar på attraktiva miljöer på sina campusområden i Alnarp, Umeå och Uppsala.

www.slu.se

SLU eftersträvar mångfald och jämn könsfördelning.