Forskningsingenjör

Forskningsingenjör
vid Institutionen för genetik och patologi.Visstidsanställning 1 år med tillträde snarast.

Institutionen för genetik och patologi vid Uppsala universitet (http://www.genpat.uu.se) har en bred forskningsprofil med starka forskargrupper inom en rad områden.En av grundtankarna vid institutionens tillkomst var att stimulera närmare samarbeten mellan kliniska och prekliniska forskare.Du kommer att arbeta i en av våra forskargrupper, som med hjälp av storskalig sekvensering av gener i tumörer forskar om vilka muterade gener som orsakar vanliga former av cancer.Du kommer även att förstärka vår gemensamma genotypnings- och sekvenseringsgrupp (Uppsala Genome Center).

Arbetsuppgifter:
Ansvara för uppbyggnad och drift av DNA-biobank, utföra och analysera storskaliga genotypnings- och sekvenseringsprojekt samt att bygga upp produktions- och analysmetoder för storskalig sekvensanalys.
Metoder som används:
Isolering av genomiskt DNA:
Samverkan med vävnadsbiobank.Lasermikrodissektion.Extraktion och kvalitetskontroll av genomiskt DNA från tumörer och normala vävnader.
Genotypning med mikrosatellitmarkörer:
Uppsättning av PCR i 384-hålsplattor.Förberedning av prover för elektrofores i ABI3730.PCR och poolning av PCR-produkter görs automatiserat.De instrument som används är EpMotion, Hydra, Biomek 2000/FX.Analys och sammanställning av data görs i GeneMapper v4.0 och egenutvecklade programvaror.Sammanställning och editering av data i tabellform i Microsoft Excel.
Sekvensering:
Primerdesign för PCR och sekvensering med PrimerExpress, Primer3.Optimering av PCR- och sekvensreaktioner.Editering och alignments av sekvensdata i Sequencher.Genomskalesekvensering med hjälp av ABI SOLiD-instrument.

Kvalifikationskrav:
Högskoleutbildning inom biologi, molekylärbiologi eller bioteknik.Erfarenhet av de laborativa metoder som ingår i arbetsuppgifterna, i första hand isolering av DNA från vävnadsprover, uppsättning av PCR för storskalig analys av mikrosatellitmarkörer, uppsättning av sekvensreaktioner för storskalig sekvensanalys.Vana vid hantering av instrument som används; främst Hydra, ABI3730, Biomek 2000, Biomek FX.Erfarenhet av de programvaror som används för analys av data, främst GeneMapper v4.0 för fragmentsdata och Sequencher för sekvensdata.God erfarenhet av Excel som används för editering och sammanställning av storskalig data i tabellform.

Arbetet sker i samverkan med svenska och internationella forskargrupper varför goda kunskaper i engelska krävs.Eftersom arbetet bedrivs i projektform och medför täta interaktioner med kunder och andra medarbetare, behöver du vara öppen som person och ha lätt att kommunicera med andra människor.Hög serviceanda, noggrannhet samt förmåga att arbeta självständigt krävs.Egenskaper som flexibilitet och anpassningsförmåga är nödvändiga eftersom variationen av arbetsuppgifter periodvis kommer att vara betydande.

Stor vikt kommer att fästas vid personlig lämplighet.

Önskvärt och/eller meriterande i övrigt: Se universitetets hemsida www.uu.se under rubriken Lediga anställningar.