Forskningsingenjör

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Uppgiften är att bedriva forskning och utbildning av högsta kvalitet och att på olika sätt samverka med samhället. Vår viktigaste tillgång är alla de individer som med sin nyfikenhet och sitt engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser. Uppsala universitet har 45 000 studenter, 6 800 anställda och en omsättning på 6,3 miljarder kronor.



Tidsbegränsad anställning t.

o.m. 2015-12-31 med tillträde snarast.

Institutionen för immunologi, genetik och patologi vid Uppsala universitet (http://www.igp.uu.se) har en bred forskningsprofil med starka forskargrupper inriktade på cancer, diabetes och molekylär diagnostik. En av grundtankarna vid institutionen är att stimulera närmare samarbete mellan kliniska och prekliniska forskare. Forskning bedrivs inom medicinsk och klinisk genetik, klinisk immunologi, bioinformatik, patologi, tumörbiologi samt vaskulärbiologi. Delar av verksamheten är även integrerad med avdelningarna för klinisk genetik, immunologi och patologi-cytologi vid Akademiska sjukhuset, Uppsala. Institutionen har undervisningsuppdrag på ett antal programutbildningar inom den medicinska fakulteten samt ett antal utbildningar inom teknisk-naturvetenskaplig fakultet. Institutionen omsätter omkring 277 mkr och har ca 340 personer i sin arbetsstyrka, varav ca 90 är doktorander.

Vi söker nu en forskningsingenjör till HPA-projektet. 

HPA-projektet syftar till att skapa en Proteinatlas (www.proteinatlas.org), som kartlägger människans alla proteiner genom att generera antikroppar mot dessa. Antikropparna används för att färga humana vävnadssnitt med immunohistokemi. Vi arbetar främst med vävnader från normala organ samt de vanligaste cancertyperna och tillverkar vävnadsarrayer (tissue microarrays, TMAs) som används för färgning med immunohistokemi. De immunohistokemiskt färgade snitten digitaliseras för att kunna lagras i en webbaserad databas. Innan bilderna publiceras online på www.proteinatlas.org måste proteinuttrycket i olika celler och vävnader utvärderas och kvalitetsgranskas, samt jämföras med tidigare publicerad litteratur kring proteinet. Den primära arbetsuppgiften för denna anställning är att bedöma, kvalitetsgranska och rapportera färgningen i vävnadsbilder med avseende på förväntat färgningsmönster, samt göra en slutgiltig bedömning av trovärdigheten och ta beslut ifall ytterligare optimeringar behöver göras innan sammanställningen av den immunohistokemiska färgningen publiceras online. Alla arbetsmoment innefattar dataarbete samt läsa och skriva på engelska.

Arbetsuppgifter: Utvärdera immunohistokemiska färgningar i syfte att ta ett slutgiltigt beslut rörande proteinets uttryck i 44 olika normala organ samt de 20 vanligaste cancertyperna och 46 olika cellinjer. Kritiskt granska immunohistokemiska färgningar i syfte att optimera och förbättra färgningsprotokoll samt kvalitetskontrollera tidigare gjorda bedömningar av färgningsmönstret.Söka befintlig och adekvat bioinformatisk data och tidigare publicerad litteratur för validering av färgningsmönster, kritiskt granska den bioinformatiska informationen och litteraturen med avseende på vetenskaplig signifikans och utifrån den inhämtade informationen gradera immunfärgningarnas biologiska trovärdighet.

Göra en jämförelse av proteinets uttrycksmönster i cellinjer med internt genererat RNA-sekvenseringsdata och dra slutsatser kring detta.

Registrera och sammanfatta fynd, iakttagelser och teknisk validering i LIMS. Välja representativa bilder och ta slutgiltigt beslut om antikroppen ska skickas vidare till publicering. Initiativtagande inom kvalitetsförbättringar och initiera färgning med annat protokoll, bedöma och ta beslut om slutgiltigt färgningsprotokoll.

Praktiskt utföra funktionella analyser av genfunktion i cellinjer, tolka och sammanställa data, samt bidra till teknisk utveckling inom detta område. Arbetet innefattar bland annat siRNA transfektion, odling under hypoxi, MTS-analys, RNA-extraktion, Bioanalyser samt q-RT-PCR.

Kvalifikationskrav: Fullgjord examen på magisternivå inom molekylärbiologi, eller annan inriktning som kan bedömas som likvärdig. Mycket goda histopatologiska kunskaper från utbildningen och/eller från praktiskt arbete. Erfarenhet av att bedöma komplexa immunohistokemiska färgningar, samt bred kunskap om och erfarenhet av molekylärbiologiska metoder som används både inom och utanför HPA-projektet, för att på tillfredställande sätt kunna tolka och inhämta information från dessa. Arbetet kräver förmåga att snabbt inhämta och bearbeta information samt att formulera sig i text på ett klart och koncist sätt. Den sökande måste därför ha goda kunskaper i engelska (tal och skrift). Vidare krävs god datavana med kunskap om de vanligaste kontorsprogrammen samt tidigare erfarenhet av att inhämta information från publika databaser på nätet (UniProt, Ensembl, PubMed).

Önskvärt och/eller meriterande: Tidigare erfarenhet från storskaliga projekt och arbete med LIMS-system. Erfarenhet av praktiskt arbete med cellinjer och human vävnad eller antikroppsbaserade tekniker. Lagkänsla och god samarbetsförmåga, samt förmåga att hantera deadlines och periodvis högst arbetstempo. Stor vikt läggs vid personlig lämplighet.

Lön: individuell lönesättning tillämpas. 

Upplysningar om anställningen lämnas av Cecilia Lindskog Bergström, tel. 018-471 50 32. 

Välkommen med din ansökan senast den 15 juni, 2015. UFV-PA 2015/1369. Klicka på länken nedan för att komma till ansökningsformuläret.

Forskningsingenjör

Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp. Vi tar enbart emot ansökan på det sätt som beskrivs i annonsen.