Forskningsingenjör med bioinformatiska arbetsuppgifter

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Det yttersta målet är att bedriva utbildning och forskning av högsta kvalitet och relevans för att göra långsiktig skillnad i samhället. Vår viktigaste tillgång är alla de individer som med sin nyfikenhet och sitt engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser. Uppsala universitet har drygt 54 000 studenter, mer än 7 500 anställda och en omsättning på cirka 8 miljarder kronor.




Forskningsingenjör med bioinformatiska arbetsuppgifter till NGI-Uppsala, SNP&SEQ-teknologiplattformen

Är du nyfiken på det snabbt växande området bioteknik? Vill du arbeta i en dynamisk och kreativ miljö vid en av Europas största verksamheter för DNA-analyser? Som forskningsingenjör hos oss kommer du arbeta med att bearbeta sekvensdata från storskaliga sekvensinstrument, kvalitetskontroll av bearbetat sekvensdata, samt leverans av data till uppdragsgivare.

Arbetsuppgifterna kan också komma att omfatta utvecklings-, förbättrings- och valideringsarbete i befintliga system för dataprocessning och analys.

SNP&SEQ-teknologiplattformen är en del av den Nationella Infrastrukturen för Genomik (NGI) vid SciLifeLab i Uppsala. SNP&SEQ erbjuder service med moderna storskaliga metoder och applikationer inom sekvensering (NGS), SNP-genotypning och proteomik till uppdragsgivare inom svensk akademi och industri, och även till internationella uppdragsgivare. Verksamheten består av en multidisciplinär grupp av forskare, projektkoordinatorer, forskningsingenjörer, bioinformatiker, systemutvecklare och systemadministratörer. Årligen genererar plattformen >300 terabaser av sekvensdata från >20 000 prover och levererar >25 miljarder genotyper från 50 000 prover till uppdragsgivarna. Mer information om SNP&SEQ:s verksamhet finns att läsa på vår hemsida: https://snpseq.medsci.uu.se/

SNP&SEQ tillhör formellt Institutionen för medicinska vetenskaper som är en stor klinisk institution med ca 250 anställda och över 900 personer som är anknutna via Akademiska Sjukhuset. Mer om institutionens verksamhet finns på: http://www.medsci.uu.se

https://www.uu.se/om-uu/jobba-hos-oss/

Arbetsuppgifter
SNP&SEQ-teknologiplattformen söker nu en forskningsingenjör som under en begränsad tidsperiod ska arbeta med basal kvalitetskontroll av sekvensdata från våra olika sekvensinstrument, storskalig processning och kvalitetskontroll av bearbetat sekvensdata, samt leverans av data till uppdragsgivare via datakluster. Arbetsuppgifterna kan också komma att omfatta utvecklings-, förbättrings- eller valideringsarbete i befintliga system för dataprocessning och analys.

Kvalifikationskrav

- Universitets- eller högskoleexamen med inriktning mot molekylärbiologi, bioteknik eller bioinformatik.
- Mycket god datorvana.
- Erfarenhet av arbete i Linux/Unix-miljö.
- Erfarenhet av användande av datorkluster för storskaliga beräkningar och dataanalys.
- Erfarenhet av dataanalys med hjälp av R-paket.
- Erfarenhet av programmering i Python.
- Erfarenhet av programmering och shell-skriptande i Linuxmiljö.
- Erfarenhet av versionskontroll med GitHub.
- Erfarenhet från analys av data från storskalig sekvensering (tex helgenom, exon eller RNA-seq).
- Erfarenhet av analys av data från storskalig sekvensering från single cell-applikationer.
- Mycket goda kunskaper i svenska i tal och skrift.
- Mycket goda kunskaper i engelska i tal och skrift.

Önskvärt/meriterande i övrigt:

- Erfarenhet av arbete i ackrediterad miljö.
- Erfarenhet av arbete i LIMS-system (Laboratory information management system).
- Kunskap i metoder och tillämpningar inom molekylärbiologi och genetik (tex PCR, DNA/RNA-sekvensering, SNP-genotypning etc).

Vi söker en person med initiativförmåga, noggrannhet, ansvarskänsla samt god förmåga till både självständigt arbete och arbete i grupp. Stor vikt kommer att läggas vid personliga egenskaper, såsom positiv attityd till serviceverksamhet och god samarbetsförmåga. Då verksamheten är ackrediterad är noggrann dokumentation av det dagliga arbetet en viktig del av arbetsuppgifterna.

Om anställningen
Anställningen är ett vikariat tom 2023-08-31. Omfattningen är heltid. Tillträde enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala

Upplysningar om anställningen lämnas av: Gruppchef Johanna Lagensjö, Johanna.Lagensjo@medsci.uu.se

Välkommen med din ansökan senast den 27 februari 2023, UFV-PA 2023/468.

Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp.


Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem.