Forskningsingenjör till Institutionen för fysiologisk botanik

Umeå universitet är ett av Sveriges största lärosäten med över 37 000 studenter och cirka 4 700 anställda. Vid universitetet finns en mångfald av utbildningar av hög kvalitet och världsledande forskning inom flera vetenskapsområden, och här gjordes den banbrytande upptäckten av gensaxen CRISPR-Cas9 som tilldelats Nobelpriset i kemi.


Vid Umeå universitet är allt nära. Våra sammanhållna campus gör det lätt att mötas, samarbeta och utbyta kunskap, något som gynnar en dynamisk och öppen kultur där vi gläds åt varandras framgångar. Är du intresserad av att veta mer om Umeå universitet som arbetsplats läs mer https://www.umu.se/jobba-hos-oss/




Forskningsingenjör till Institutionen för fysiologisk botanik 
Projektets namn
Bioinformatiker till UPSCs Bioinformatikplattform


Finansiering
Bioinformatikplattform (50%) & KAW barrträdsgenom projekt (50%)


Beskrivning av arbetsuppgifter
Umeå Plant Science Centre (UPSC) är världsledande inom växtfysiologi och skogsgenetik, där forskningen producerar stora mängder data som kräver bioinformatiska resurser och mjukvaror för analys.

I din roll på UPSC:s bioinformatikplattform kommer du att ge stöd och service inom bioinformatik till forskargrupper och delta i olika typer av projekt.

Arbetsuppgifterna omfattar analys av High Throughput Sequencing (i huvudsak RNA-seq) data – det vill säga användning av vår pipeline för dataförbehandling, kvalitetskontroll, resultatframställning och presentation. I vissa fall blir du mer delaktig i vissa forskningsprojekt, till exempel genom att vid analysen samarbeta med forskare med mindre bioinformatikkompetens. I arbetsuppgifterna ingår också att utveckla pipelines för analys av NGS data, liknande vår RNA-Seq pipeline, med hjälp av nextflow, men också att utveckla machine learning. Du kommer att hjälpa biologer med att till exempel söka sekvenshomologer, annotera gener, utföra ”genome enrichment” analyser samt att hålla dig uppdaterad med de senaste teknikerna inom programvaror och verktyg. 


Kompetenskrav
Mastersexamen inom beräkningsbiologi, bioinformatik eller motsvarande krävs. Du är väl bekant med Unix/Linux och minst ett programmeringsspråk såsom Python, R, C eller C++. God samarbetsförmåga samt mycket goda kunskaper i engelska krävs. Du måste vidare ha mycket god förmåga att självständigt organisera och rapportera arbetet.


Övriga önskvärda kvalifikationer
Erfarenhet av NGS teknik, särskilt RNA-Seq och proteomik, samt kunskap inom datavetenskap och statistik är meriterande.


Villkor
Anställningen avser heltid och är tidsbegränsad till och med 2023-06-30. Tillträde 2023-01-02 eller enligt överenskommelse.


Ansökan
Ansökan skall innehålla (1) ett personligt brev (2) CV med full publikationslista och kopior på relevanta examen. 
 
Ansökan ska göras via e-rekryteringssystemet Varbi och vara inkommen senast 2022-11-24

För mer information var vänlig kontakta plattformsansvarig Dr. Nicolas Delhomme, nicolas.delhomme@slu.se alternativt Dr. Nathaniel Street nathaniel.street@umu.se   

 

Välkommen med din ansökan!

                                                                          

Institutionen för fysiologisk botanik är en del av Umeå Plant Science Centre med cirka 200 medarbetare som består av bland annat av 40 gruppledare och representerar för närvarande 48 olika nationaliteter (för mer information, se http://www.upsc.se eller http://www.plantphys.umu.se/english/). Vår huvudsakliga verksamhet är akademisk forskning och utbildning som innefattar områden som ekologi, biokemi, plant fysiologi samt genomik.

Umeå universitet vill erbjuda en jämställd och jämlik miljö där öppna samtal mellan människor med olika bakgrund och perspektiv lägger grunden för lärande, skaparkraft och utveckling. Vi välkomnar därför personer med olika bakgrunder och erfarenheter att söka den aktuella anställningen.


Till bemannings- och rekryteringsföretag och till dig som är försäljare: Vi undanber oss vänligen men bestämt direktkontakt med bemannings- och rekryteringsföretag samt försäljare av ytterligare jobbannonser.