Första forskningsingenjör inom bioinformatik

Umeå universitet är ett av Sveriges största lärosäten med drygt 35 000 studenter och 4 200 anställda.  Här finns en mångfald av utbildningar av hög kvalitet och världsledande forskning inom flera vetenskapsområden. Umeå universitet är också platsen för den banbrytande upptäckten av gensaxen CRISPR-Cas9 – en revolution inom gentekniken som tilldelats Nobelpriset i kemi.

Vid Umeå universitet är allt nära. Våra sammanhållna campus gör det lätt att mötas, samarbeta och utbyta kunskap, något som gynnar en dynamisk och öppen kultur där vi gläds åt varandras framgångar.




Projektbeskrivning 

Umeå Plant Science Centre (UPSC) är ett internationellt erkänt centrum inom området växtgrundforskning.

UPSCs forskning på modellorganismen Arabidopsis thaliana och träd såsom gran och asp innebär små- och storskaliga sekvenseringsprojekt. UPSC har en bioinformatikplattform som är specialiserad i dataanalysen av dessa sekvenseringsprojekt. Att arbeta vid Bioinformatikplattformen innehåller att vara involverad i att processa och analysera sekvenseringsdata genom att använda våra befintliga analyspipelines och utveckla nya pipelinar.

Arbetsuppgifter

Arbetsuppgifterna omfattar (i) analys av High Throughput Sequencing (i huvudsak RNA-seq) data - det vill säga användning av vår pipeline för dataförbehandling, kvalitetskontroll, resultatframställning och presentation. I vissa fall blir du mer delaktig i vissa forskningsprojekt, till exempel genom att vid analysen samarbeta med forskare med mindre bioinformatikkompetens; (ii) att hjälpa biologer med att till exempel söka sekvenshomologer, utföra fylogenetiska analyser osv; (iii) att hålla dig uppdaterad med de senaste teknikerna inom programvaror och verktyg; (iv) samt att utveckla pipelines för analys av NGS data, liknande vår RNA-Seq pipeline, t.ex. för ChIP-Seq, sRNA-Seq, ncRNA-Seq eller metagenomik.

Kvalifikationer

Vi söker dig som har doktorsexamen inom beräkningsbiologi, bioinformatik eller motsvarande. Goda kunskaper inom Unix/Linux och minst ett programmeringsspråk såsom Python, R, C eller C++ är nödvändigt. God samarbetsförmåga samt mycket god kunskap i muntlig och skriftlig engelska krävs. Du har god förmåga att självständigt organisera och rapportera arbetet.

Det är meriterande med erfarenhet av NGS teknik, särskilt RNA-Seq och ChIP-Seq, samt kunskap av small och lncRNA biology och statistik.

Villkor

Anställningen avser halvtid (50 %) och är tidsbegränsad till och med 30 juni 2022. Tillträde 19 oktober 2021 eller enligt överenskommelse.

Ansökan

Ansökan skall innehålla (1) ett personligt brev (2) CV med full publikationslista och kopior på relevanta examen (3).

Sista ansökningsdag är 2021-09-24. Du ansöker via vårt e-rekryteringssystem. Ansök via knappen längst ner på sidan.

Kontakt

Vid frågor om anställningen, vänligen kontakta Stefan Jansson: stefan.jansson@umu.se eller telefonnummer 090-786 53 54.

Välkommen med din ansökan!

Institutionen för fysiologisk botanik är en del av Umeå Plant Science Centre med cirka 200 medarbetare som består av bland annat av 40 gruppledare och representerar för närvarande 48 olika nationaliteter (för mer information, se http://www.upsc.se eller http://www.plantphys.umu.se/english/). Vår huvudsakliga verksamhet är akademisk forskning och utbildning som innefattar områden som ekologi, biokemi, plant fysiologi samt genomik.

Umeå universitet vill erbjuda en jämställd och jämlik miljö där öppna samtal mellan människor med olika bakgrund och perspektiv lägger grunden för lärande, skaparkraft och utveckling. Vi välkomnar därför personer med olika bakgrunder och erfarenheter att söka den aktuella anställningen.


Till bemannings- och rekryteringsföretag och till dig som är försäljare: Vi undanber oss vänligen men bestämt direktkontakt med bemannings- och rekryteringsföretag samt försäljare av ytterligare jobbannonser.