Permanent bioinformatiker med expertis i maskininlärning

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Det yttersta målet är att bedriva utbildning och forskning av högsta kvalitet och relevans för att göra långsiktig skillnad i samhället. Vår viktigaste tillgång är alla de individer som med sin nyfikenhet och sitt engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser. Uppsala universitet har drygt 54 000 studenter, mer än 7 500 anställda och en omsättning på cirka 8 miljarder kronor.




Institutionen för cell- och molekylärbiologi är indelad i sju forskningsprogram som alla fokuserar på olika områden inom cell- och molekylärbiologi: beräkningsbiologi och bioinformatik, mikrobiologi och immunologi, molekylärbiologi, molekylär biofysik, molekylär evolution, molekylär systembiologi och strukturbiologi.

Den vetenskapliga grunden till vad vi gör ligger i biologi, men vår forskning överlappar med andra områden såsom medicin, datavetenskap, matematik, kemi, ingenjörsvetenskaper och fysik. Institutionen har över 200 anställda med runt 60 doktorander. Läs gärna mer om verksamhetens arbete på https://www.icm.uu.se/.

Den person vi nu söker kommer att vara placerad vid Institutionen för cell- och molekylärbiologi och knuten till National Bioinformatics Infrastructure Sweden (NBIS) och Science for Life Laboratory (SciLifeLab).

SciLifeLab, Science for Life Laboratory, är ett nationellt center för molekylära biovetenskaper i Sverige, som utvecklar och underhåller unik forskningsinfrastruktur, tjänster och dataresurser för livsvetenskaplig forskning. SciLifeLabs främsta mål är att möjliggöra banbrytande, mångvetenskaplig forskning och främja att forskningen tillämpas till nytta för samhället. Cirka 200 forskargrupper, 1 500 forskare och 40 nationella infrastrukturenheter är kopplade till SciLifeLab. De två huvudnoderna är placerade i Stockholm och Uppsala, men SciLifeLab har nationella faciliteter vid alla större svenska lärosäten. Läs mer här: https://www.scilifelab.se/

SciLifeLab och Wallenbergs nationella program för datadriven livsvetenskap (DDLS) är ett 12-årigt initiativ som fokuserar på datadriven forskning, inom områden som är grundläggande för att förbättra människors liv, upptäcka och behandla sjukdomar, skydda biologisk mångfald och bidra till hållbar utveckling. Programmet avser att utbilda och rekrytera nästa generation av forskare inom datadriven livsvetenskap samt att skapa starka och internationellt konkurrenskraftiga beräknings- och datavetenskapliga forskningskapaciteter inom svensk livsvetenskap. Programmet avser även att stärka nationella samarbeten mellan lärosäten, överbrygga klyftan mellan de data- och livsvetenskapliga forskarområdena, samt etablera partnerskap med industri, hälso- och sjukvård och andra nationella och internationella aktörer. Läs mer här: https://www.scilifelab.se/data-driven

DDLS-programmet etablerar nu en nationell nod inom evolution och biodiversitet vid Uppsala Universitet tillsammans med Naturhistoriska Riksmuséet. Noden kommer att ha ett nationellt ansvar för att utveckla datatjänster och tillhandahålla bioinformatikstöd. Bioinformatikerna kommer att integreras med SciLifeLab bioinformatikplattform (NBIS), en unik nationell infrastruktur med över 100 medarbetare, som tillhandahåller avancerad support, infrastruktur och utbildning till svenska forskare inom livsvetenskap och deltar i internationella samarbeten. Vi söker nu enastående kandidater med kompetens inom maskininlärning tillämpad på biologiska data, för att tillhandahålla avancerat bioinformatikstöd till vetenskapligt framstående datadrivna svenska forskningsprojekt inom evolution och biodiversitet. Positionen utgör en unik möjlighet att delta i arbete av vikt för ökad förståelse för organismers utbredning och bevarande av biologisk mångfald med deltagande i projekt specifikt utvalda för hög vetenskaplig kvalitet. Läs mer här: https://www.nbis.se/

Läs mer om våra förmåner och hur det är att jobba inom Uppsala universitet: https://www.uu.se/om-uu/jobba-hos-oss/

Arbetsuppgifter
De huvudsakliga arbetsuppgifterna är att:

- Utföra avancerade dataanalyser inom nationellt prioriterade datadrivna projekt. Beroende på projekt kan olika datatyper förekomma, inklusive sekvensdata, utbredningsdata, bilddata och andra typer.
- Potentiellt utveckla verktyg och arbetsflöden för sådana analyser, och tillgängliggöra dessa för användning av andra forskare.
- Lära ut bioinformatik till andra forskare genom att samarbeta inom projekt, undervisa på nationella kurser och delta i konsultationer.
- Bidra till den löpande utvecklingen av DDLS-programmet och SciLifeLabs bioinformatikplattform på en nationell nivå.

Kvalifikationskrav
Vi söker en driven forskare med gedigen erfarenhet och intresse av maskininlärning tillämpad på biologiska och genetiska projekt. Den sökande bör ha;

- Doktorsexamen inom beräkningsbiologi eller annat relaterat område arbetsgivaren finner relevant för anställningen
- Gedigen erfarenhet (3+ år) av prediktiva analyser av biologiska bilddata, tabulära data och/eller genomiska data
- Erfarenhet av Python-skriptning
- Flytande talad och skriven engelska
- Utmärkt kommunikations- och samarbetsförmåga. Stor vikt kommer att läggas vid personlig lämplighet

Önskvärt/meriterande i övrigt
Postdoktorala studier är en stark merit. Kunskap inom maskininlärning och “deep learning” tillämpad på evolutionära projekt är en stark merit. Erfarenhet av utveckling av pipelines i Nextflow eller Snakemake anses värdefullt för positionen.

Om anställningen
Anställningen är tillsvidare, provanställning kan tillämpas. Omfattningen är 100 %. Tillträde enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala

Upplysningar om anställningen lämnas av: Professor Bengt Persson, prefekt, bengt.persson@icm.uu.se och Henrik Lantz, avdelningschef, henrik.lantz@imbim.uu.se.

Välkommen med din ansökan senast den 16 januari 2023, UFV-PA 2022/4672.

Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp.


Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem.