Postdoctoral researcher in data science and genomics

Institutionen för medicinsk epidemiologi och biostatistik (MEB) är bland de största institutionerna inom epidemiologi i Europa och har ett särskilt fokus på att fördjupa vår kunskap om olika sjukdomars orsak. Vår institution består av forskare, doktorander, biostatistiker, datainsamlare, databasadministratörer och administrativ personal, totalt cirka 250 anställda. Institutionen är belägen på campusområdet i Solna. Mer information finns på: ki.se/meb



Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?
Vi söker en postdoktor som kommer att arbeta på KI Psychiatric Genomics Institute (KI-PGI), som leds av Professor Patrick Sullivan.

KI-PGI är ett forskningsprogram på Institutionen för medicinsk epidemiologi och biostatistik (MEB), som tilldelats ett 10-årigt forskningsanslag från Vetenskapsrådet. KI-PGI utgår från grundläggande forskningsresultat inom genomik och kartlägger sedan dess implikationer för patienter, läkare och hjärnforskare. Vi har starka och aktiva samarbeten med ett 10-tal framstående forskargrupper inom genetik, psykiatri, neurovetenskap och funktionell genomik. Vi har etablerat långsiktiga samarbeten såväl inom KI som med forskningsinstitut i Europa, USA och Australien. Vi har flera stora nya dataset. Dessa nyligen publicerade artiklar beskriver våra insatser inom psykiatrisk genomik, funktionell genomik, identifiering av specifika celltyper i hjärnan som är associerade med schizofreni (initial studie och replikation) (Nat. Genet. https://www.nature.com/articles/s41588-018-0129-5, https://www.nature.com/articles/s41588-020-0610-9), PGC:s arbete och en genomgång av forskningområdet (Cell, https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867419300480?via=ihub). Dessa är bara en del av de forskningsprojekt som pågår.

De övergripande målen för KI-PGI är: att på populationsnivå, förstå hur gener och miljö agerar och samverkar för att påverka risken för allvarliga psykiatriska störningar. Med vilka molekylära och cellulära mekanismer verkar dessa gener? Vi har data från stora fall-kontrollstudier om schizofreni, där alla deltagare har utvärderats med omfattande genomvid SNP-array-analys, analys av kopienummervarianter (CNVs), samt helexom- och helgenomsekvensering. Större studier pågår som inbegriper bl.a. en utvidgning av den svenska schizofrenistudien (S3), Genomic Aggregation Project in Sweden (GAPS) och TRYGGVE2 (en satsning på att samordna psykiatrisk genomik i Danmark, Norge och Sverige).

Postdoktorer som har arbetat för professor Sullivan har givits goda förutsättningar för att avancera i sin akademiska karriär. Nyligen har två av hans KI postdoktorer etablerat egna forskargrupper och under de senaste 15 åren har mer än 10 postdoktorer avancerat till biträdande lektor eller lektor med egen finansiering. Kontakta Patrick Sullivan för mer information. Se e-postadress nedan.

Din roll
Vi söker en exceptionell och innovativ postdoktor till vårt team. Vi har en stor mängd data och behöver en data scientist på professionell nivå för att maximera vår förståelse för den data vi har samlat in och för att identifiera nya data som vi behöver skapa. Du bör ha ett starkt intresse och vilja att bidra till ökad kunskap om allvarliga psykiatriska sjukdomar och hur vi kan förbättra människors liv. Du kommer att vara en del av KI-PGI-teamet och bedriva forskning inom genomik och funktionsgenomik inom ramen för allvarliga psykiatriska sjukdomar, genom att dra nytta av "multi-omic"-metoder och/eller maskininlärning vid analys av högdimensionella och komplexa registerdata.

Detta är en position på 2 år med möjlighet till förlängning.

Vem är du?
Behörig att anställas som postdoktor är den som har avlagt doktorsexamen eller har motsvarande vetenskaplig kompetens. Även sökande som inte avlagt doktorsexamen vid ansökningstidens utgång kan söka under förutsättning att alla krav för fullgjord examen uppfylls innan (avsett) anställningsdatum. Detta ska styrkas av sökandes huvudhandledare, studierektor eller motsvarande.

- Sökande ska ha en doktorsexamen i datavetenskap, fysik, matematik, ingenjörsvetenskap/teknik, biostatistik eller genetik. Vi kommer även att överväga de med doktorsexamen inom andra områden men som har avancerade och relevanta datavetenskapliga färdigheter (t.ex. maskininlärning).
- Sökande bör ha betydande tidigare erfarenhet av professionell analys av flera typer av moderna genomiska och funktionell genomiska dataset. Dessa kan inkludera: GWAS, exom-sekvensering, helgenomsekvensering, RNA-sekvensering.
- Modern genomik kräver avancerade färdigheter i programmering (t.ex. R, python, SAS), användning av standardprogram (t.ex. PLINK, GATK), flexibelt kunna hantera stora dataset, bioinformatisk integration och pathway-analys.
- Kunskap om genomik för komplexa tillstånd/sjukdomar är mycket viktigt. Kunskap om psykiatrisk genomik (särskilt schizofreni eller depression) är meriterande men inte ett krav.
- Sökande ska vara kollegial och erfaren i att arbeta effektivt i ”team science” -sammanhang.
- För att vara en framgångsrik Sullivan-postdoktor behöver du ha exceptionella organisatoriska färdigheter och vara bra på att göra många saker samtidigt.
- Sökande kommer under rekryteringen att ombes att beskriva tidigare exempel på hur hen utvecklat strukturerade metoder för att lösa oförutsedda och komplexa problem.
- Utmärkt muntlig och skriftlig kommunikationsförmåga på engelska krävs samt god erfarenhet av vetenskapligt skrivande. Ansökan på engelska är önskvärd men inget krav. 

Placering: Solna 



Ansökan
Ansökan ska bestå av följande handlingar, skrivna på engelska eller svenska:

- En komplett CV inkluderande disputationsdatum, avhandlingens titel, tidigare akademiska befattningar, akademisk titel, nuvarande befattning, akademiska utmärkelser samt kommittéarbete
- En komplett publikationslista
- En sammanfattning av nuvarande arbete (maximalt en sida)

Ansökan ska göras via rekryteringssystemet Varbi. 


Vill du göra skillnad – och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök jobb hos oss