Postdoctoral researcher in Single cell and Spatial sequencing

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Det yttersta målet är att bedriva utbildning och forskning av högsta kvalitet och relevans för att göra långsiktig skillnad i samhället. Vår viktigaste tillgång är alla de individer som med sin nyfikenhet och sitt engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser. Uppsala universitet har drygt 54 000 studenter, mer än 7 500 anställda och en omsättning på cirka 8 miljarder kronor.




Institutionen för immunologi, genetik och patologi vid Uppsala universitet har en bred forskningsprofil med starka forskargrupper inriktade på bl.

a cancer, autoimmuna och genetiska sjukdomar. En av grundtankarna vid institutionen är att stimulera translationell forskning och därmed en närmare samverkan mellan medicinsk forskning och sjukvården. Forskning bedrivs inom medicinsk och klinisk genetik, klinisk immunologi, patologi, neuroonkologi, vaskulärbiologi, strålningsvetenskap samt molekylära verktyg. Delar av verksamheten är även integrerad med avdelningarna för onkologi, klinisk genetik, klinisk immunologi, klinisk patologi och sjukhusfysik vid Akademiska sjukhuset. Institutionen har undervisningsuppdrag på ett antal programutbildningar och masterprogram inom den medicinska fakulteten samt ett antal utbildningar inom teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet. Institutionen omsätter omkring 450 miljoner kronor, varav drygt hälften är externa forskningsbidrag. Antalet anställda är ca 500, varav ca 100 är doktorander, och det finns totalt över 700 verksamma i arbetsstyrkan. Läs gärna mer om institutionens verksamhet här: www.igp.uu.se

https://uu.se/om-uu/jobba-hos-oss/.

Vickovic Lab vid Uppsala universitet söker en dynamisk, självmotiverad, teamorienterad postdoktor beräkningsforskare för att utöka beräkningsinsatser för att förstå sjukdomsmekanismer. Vi är intresserade av att utveckla integrerande multimodala dataanalysverktyg som inkluderar enkelcellsdata och rumsligt upplösta omicsdata, bilddata, kliniska fenotyper, varianter och genotyper. Den framgångsrika kandidaten kommer att ha den unika möjligheten att arbeta i skärningspunkten mellan matematisk modellering, omics dataanalys, arbetsflödesoptimering och resursbyggande. Den postdoktorala forskaren kan också föreslå och driva egna idéer som passar labbets allmänna forskningsprogram
(se https://www.vickovictechinnovation.com/).

Vickovic Lab är fokuserat på att utveckla nya verktyg för "digital patologi" för att spåra sjukdomsprogression med syftet att identifiera översättbara läkemedel och terapeutiska mål i humana vävnadskohorter. Teamet utnyttjar teknologier inklusive rumslig transkriptomik, encellssekvensering och maskininlärning. Ett särskilt område av sjukdomsfokus för labbet är att utveckla verktyg för rumslig genomik som kommer att möjliggöra störande mycket komplexa interaktioner i människans tarm-till-hjärna-axel. Dr. Vickovic är också chef för teknologiinnovationslabbet vid New York Genome Center (NYGC). Personen som väljs ut för denna roll skulle också ha ett nära samarbete med NYGC-teamet, och det finns möjlighet att tillbringa en längre period i New York som gästforskare.

Arbetsuppgifter  

- Utveckla nya molekylärbiologiska analysmetoder för att integrera och analysera storskalig, spatiellt upplöst RNA-seq och genotypisk data med hjälp av den senaste tekniken;
- Utveckla resurser för samhället som ger tillgång till insamlad data;
- Arbeta nära forskare med dataanalys bakgrund och inom core-faciliteter och förstå arbetet med den data som genereras;
- Samordna insatser mellan flera organisationer (Uppsala University, Flatiron Institute, Columbia University and New York Genome Center);
- Aktivt delta i utförandet av manuskript inför publicering och presentera vid vetenskapliga konferenser;
- Assistera i mentorskap av studenter;

Vid behov, dela expertis och ge utbildning och vägledning till gruppmedlemmar.

Kvalifikationskrav
För anställning som postdoktor ska du ha doktorsexamen med avhandlingsarbete på en internationell nivå av hög kvalitet inom ett ämne som är relaterat till. Examen ska ha avlagts högst tre år före ansökningstidens utgång. Om det finns särskilda skäl kan examen vara äldre än tre år. Med särskilda skäl avses ledighet på grund av sjukdom, föräldraledighet, förtroendeuppdrag inom fackliga organisationer etc.

- Minst PhD i molekylär biologi, bioteknik, genteknik, kemiteknik eller liknande;
- Fördjupad konceptuell eller teknisk förståelse av moderna molekylära tekniker av hög kapacitet inom biovetenskap (RNA-seq, spatiellt upplöst RNA-seq, immunohistokemi);
- Tidigare erfarenhet av mikrofluidik, mikroskopi, automatisk instrument hanteering, scRNA-seq och spatiellt upplöst RNA-seq
- Tidigare erfarenhet av teknik utveckling
- Krav på att vara duktig på muntlig och skriftlig kommunikation, dokumentation av data och på att presentera;
- Krav på att ha erfarenhet av att skriva vetenskapliga artiklar för publicering;

Önskvärt/meriterande i övrigt


- Tekniska och professionella färdigheter: Konsekvent uppvisande av förmågor och kunskaper som är relevanta för nuvarande roll; strävar efter att utöka sina tekniska och professionella färdigheter både på djupet och bredden; arbetar med en hög nivå av integritet; uppvisar fokus och disciplin; prioriterar på lämpligt sätt; hanterar förväntningar och levererar åtaganden.
- Samarbetsförmåga och kommunikativ: Bra på samarbeten och lagarbete; tar fram det bästa i andra; arbetar effektivt på alla nivåer, både internt och externt; respekterar och omfamnar mångfald; kommunicerar tydligt och lyssnar noga; använder ett gott omdöme om vad som ska kommuniceras och när det ska göras.
- Anpassningsbar och innovativ: Anpassningsbar och omfamnar förändring; utvecklar nya insikter och strävar efter förbättringar och effektivitet; främjar utbyte av nya idéer och är villig att utmana status quo; tar initiativ och är lösningsorienterad; arbetar med passion och nyfikenhet.

Om anställningen 
Anställningen är tidsbegränsad  i minst 2, högst 3 år. Omfattningen är 100 %. Tillträde 2023-04-01 eller enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala.

Upplysningar om anställningen lämnas av: Sanja Vickovic, 018-471 0000, sanja.vickovic@igp.uu.se

Välkommen med din ansökan senast den 1 mars 2023, UFV-PA 2022/4972.

Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp.


Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem.