Postdoktor 2 år, metodutveckling för skalbar fenotyping av malariaparasiter

Umeå universitet är ett av Sveriges största lärosäten med drygt 35 000 studenter och 4 200 anställda.  Här finns en mångfald av utbildningar av hög kvalitet och världsledande forskning inom flera vetenskapsområden. Umeå universitet är också platsen för den banbrytande upptäckten av gensaxen CRISPR-Cas9 – en revolution inom gentekniken som tilldelats Nobelpriset i kemi.



Vid Umeå universitet är allt nära. Våra sammanhållna campus gör det lätt att mötas, samarbeta och utbyta kunskap, något som gynnar en dynamisk och öppen kultur där vi gläds åt varandras framgångar.


Medicinska fakulteten är platsen för forskning och utbildning inom vetenskapsområdet medicin. Här finns 12 grundutbildningsprogram, 13 institutioner och ett 80-tal ämnesinriktningar inom forskarutbildningen.



Institutionen för molekylärbiologi har runt 200 anställda.

Institutionens huvuduppgifter är forskning, forskarutbildning och grundutbildning samt interaktioner med samhället. Institutionens forsknings- och utbildningsverksamhet omfattar flera molekylärbiologiska områden inom vetenskap och medicin: cellbiologi, mikrobiologi, infektionsbiologi, tumörbiologi och neurobiologi i samband med användning av genetiska modellorganismer.

Institutionen för molekylärbiologi söker en postdoktor till projektet ”djup fenotypning på genom-skala av malariaparasitgener som influerar parasit-värdinteraktioner”. Anställningen finansieras av Molecular Infection Medicine Sweden (MIMS). Anställningen är heltid i två år med tillträde juni 2021 eller efter överenskommelse.

Arbetsuppgifter
Malariaparasiten orsakar sjukdom genom att invadera och replikera i röda blodkroppar. Samspelet mellan parasiten och värden bestämmer resultatet av infektion och sjukdom. I vårt labb utvecklar och tillämpar vi genetiska screeningverktyg för att identifiera och karakterisera nya molekylära determinanter för interaktioner mellan malariaparasiten och dess värd.

Med hjälp av en skalbar gen-knock-out metod som vi kallar streckkodssekvensering (Barcode sequencing (barseq), har vi tidigare kartlagt vilka av gnagarmalariaparasiten Plasmodium bergheis gener som är nödvändiga för tillväxt i blodet i möss (Bushell et al, Cell 2017). Barseq mäter tillväxten av mutanter och kan därmed kartlägga vilka genprodukter som är viktiga för de olika stadier av parasitens livscykel. Emellertid avslöjar tillväxtmätningar inte mer komplexa fenotyper, och den erbjuder inte heller information om molekylär funktion av individuella gener. I motsats, single cell RNA-sekvensering möjliggör avläsning av transkriptomet av enskilda parasiter och gör det därmed möjligt att exakt beskriva de stadium under den intraerythrocytiska cykeln som en mutant uppvisar en fenotyp.

Genom att koppla ihop single cell RNA-sekvensering med barseq (Perturb-seq, Dixit et al, Cell 2017) är det möjligt att fenotypa ett stort antal muterade parasiter parallellt. Syftet med detta projekt är att för första gången anpassa och utveckla en perturb-seq-strategi för studien av P. berghei in vivo-genfunktion i en rad olika värdbakgrunder.

Du kommer att vara baserad i Ellen Bushells (http://www.bushelllab.com) laboratorium, med biträdande handledning av Johan Henriksson (http://www.henlab.org), vid institutionen för molekylärbiologi, Umeå universitet. Bushell labb och Henriksson labb är en del av The Laboratory of Molecular Infection Medicine Sweden (MIMS, http://www.mims.umu.se//), som är den svenska noden inom det nordiska EMBL-partnerskapet för Molekylär medicin.

Kvalifikationer
För behörighet krävs doktorsexamen eller utländsk examen som bedöms motsvara doktorsexamen. I första hand bör den komma ifråga som avlagt examen högst tre år före ansökningstidens utgång. Om det finns särskilda skäl kan den komma ifråga som avlagt doktorsexamen tidigare. Med särskilda skäl avses ledighet på grund av sjukdom, föräldraledighet eller klinisk tjänstgöring, förtroendeuppdrag inom fackliga organisationer eller andra liknande omständigheter.

Du ska vara mycket motiverad och kunna arbeta produktivt i ett team såväl som självständigt. Det krävs utmärkta kommunikationsförmågor för att interagera effektivt med dina kollegor. Mycket goda kunskaper i skriftlig och muntlig engelska krävs också. Stor vikt läggs vid personlig lämplighet.

Den framgångsrika kandidaten bör ha erfarenhet av avancerad molekylärbiologi, stor uppmärksamhet på detaljer och intresse för att utveckla komplexa molekylärbiologiska protokoll. Erfarenhet av eller läggning för lärande, av bioinformatik och programmering är viktigt.

Andra önskvärda kvalifikationer
Erfarenhet av preparation av sekvenseringsbiblioteks och analys av transkriptomiska / epigenetiska / andra omiska data är önskvärt. Kunskap inom moderna kloningsprotokoll är också meriterande.

Key words:
Single-cell, Malaria, RNA-seq, ATAC-seq, high-throughput, molecular biology, methods development

Ansökan
Du ansöker via vårt rekryteringssystem Varbi. Ansökan ska skrivas på engelska (helst) eller svenska. Sista ansökningsdag är 10 Maj 2021. Ansökan ska innehålla:

- Ett personligt brev som förklarar varför du är intresserad av tjänsten, hur du kan bidra till projektet och i vilken riktning du kanske vill utveckla det (högst en A4-sida).
- Ett curriculum vitae (CV) som dokumenterar akademisk utbildning och tidigare anställningar.
- Din publikationslista.
- Styrkt kopia av doktorsexamensbevis,
- Namn och kontaktuppgifter med e-postadresser till två eller tre akademiska referenser.
- Annan relevant dokumentation som du vill inkludera till stöd för din ansökan, till exempel en länk till ditt github-konto om du har tidigare erfarenhet av programmering.

Vi välkommnar din ansökan!

Mer information
För mer information kontakta Dr Ellen Bushell (http://www.mims.umu.se/groups/ellen-bushell.html). För mer information om Institutionen för Molekylärbiologi vänligen besök vår hemsida http://www.umu.se/molbiol.

Umeå universitet vill erbjuda en jämställd och jämlik miljö där öppna samtal mellan människor med olika bakgrund och perspektiv lägger grunden för lärande, skaparkraft och utveckling. Vi välkomnar därför personer med olika bakgrunder och erfarenheter att söka den aktuella anställningen.


Till bemannings- och rekryteringsföretag och till dig som är försäljare: Vi undanber oss vänligen men bestämt direktkontakt med bemannings- och rekryteringsföretag samt försäljare av ytterligare jobbannonser.