Postdoktor beräkningsanalys - rumsligt upplösta transkriptomikdata

KTH är ett av Europas ledande tekniska universitet och en viktig arena för kunskapsutveckling. Som Sveriges största universitet för teknisk forskning och utbildning samlar vi studenter, forskare och fakultet från hela världen. Vår forskning och utbildning omfattar såväl naturvetenskap som alla grenar inom teknik samt arkitektur, industriell ekonomi, samhällsplanering, historia och filosofi.




Skolan för kemi, bioteknologi och hälsa (CBH) är en av KTH:s fem skolor och en stark konstellation för forskning och utbildning inom de bredare ämnesområdena hälsa, miljö, material och energi.

Skolan för kemi, bioteknologi och hälsa bedriver forskning och utbildning inom områden som rör flera globala samhällsutmaningar. Bland dem finns hållbar energi, hälsa och åldrande befolkningar, klimatförändringar, hållbar produktion och arbetsliv, livsmedelsproduktion och rent vatten.

Science for Life Laboratory (https://www.scilifelab.se/) är ett nationellt centrum för storskalig livsvetenskaplig forskning med en avancerad teknologisk infrastruktur.För mer information om verksamheten, se hemsidan www.scilifelab.se

Postdoktoren är placerad vid SciLifeLab.

Arbetsuppgifter
Forskningsaktiviteten för postdoc är att fokusera på studien av hur celllokalisering påverkar vävnadsrumslig genuttryck. Arbetet involverar beräkningsanalys av banbrytande tekniker, såsom rumslig transkriptomik, encells RNA-sekvensering och encells ATAC-sekvensering.

Inom ramen för detta projekt kommer vi att samarbeta med forskare runt om i Europa och USA. Dessutom kommer vi att samarbeta med läkare vid Hvidovre Hospital i Danmark för att få tillgång till unika humana prover och interagera med expertforskare på Novo Nordisk med det slutliga målet att utföra translationella studier.

Uppgifter och ansvar

- Tillhandahålla bioinformatikanalys för omiska projekt och huvudansvarig för dataanalys och mjukvarukompilering inklusive nästa generations sekvensinriktning, uttrycksanalys och visualiseringsverktyg och webbläsare.
- Dataanalys, integration och tolkning av data.
- Identifiera, utvärdera och införliva relevanta algoritmer och programvarurörledningar genom att granska relevanta litteraturer inom bioinformatik och beräkningsbiologi.
- Sammanfatta dataanalysresultaten.
- Utveckling, testning och underhåll av modulära programvarurörledningar för sekvenseringsanalys.
- Interagera med samarbetspartners för att initiera och vägledning av nya experiment.
- Delta och presentera forskningsresultat i möten och seminarier.

Vi erbjuder
- En anställning på ett ledande tekniskt universitet som skapar kunskap och kompetens för en hållbar framtid
- Engagerade och ambitiösa kollegor samt en kreativ, internationell och dynamisk miljö



https://www.kth.se/om/work-at-kth/kth-your-future-workplace-1.49050

Kvalifikationer
Krav

- Avlagd doktorsexamen eller utländsk examen, inom relevant område, som bedöms motsvara en doktorsexamen, och som har avlagts högst tre år före ansökningstidens utgång (med vissa undantag för särskilda skäl såsom perioder av sjuk- eller föräldraledighet, vänlige ange om sådant skäl föreligger i ditt CV).


- Stark bakgrund i beräkningsanalys av in situ-tekniker som används för att studera nukleinsyror i vävnader på transkriptom/genomnivå och erfarenhet av bilddataanalys och djupinlärningsalgoritmer.
- Goda kunskaper i engelska, både i tal och skrift


- Erfarenhet av att skriva vetenskapliga rapporter


- Minst en publicerat en artikel i vetenskapliga tidskrift eller på annat sätt uppvisad förmåga att skriva vetenskapliga artiklar.



Meriterande

- Kunskap om R, Python och Unix (Linux) -miljön, C / C ++ är ett plus
- Erfarenhet av analys av genomik / transkriptomik / encelliga transkriptomik / rumsliga transkriptomikdata
- Behärskar högpresterande databehandling och analys av data med hög kapacitet
- Bakgrunds- och arbetskunskap inom algoritmer, vetenskaplig databehandling och maskininlärning eller statistik
- Erfarenhet av att manipulera, analysera och analysera stora genomiska datamängder.
- Erfarenhet av bilddataanalys är ett plus.
- Medvetenhet om mångfalds- och likabehandlingsfrågor med särskilt fokus på jämställdhet.

Personliga egenskaper

För att trivas och lyckas i rollen är du som person ambitiös, driven och samarbetsvillig. Du har förmåga att arbeta självständigt. Vidare har du vetenskaplig skicklighet och pedagogisk förmåga.

Vi kommer att lägga stor vikt vid personliga egenskaper.

Fackliga representanter
Du hittar kontaktuppgifter till fackliga representanter på https://www.kth.se/om/work-at-kth/fackrepresentanter-1.500898.

Ansökan
Du ansöker via KTH:s rekryteringssystem. Du som sökande har huvudansvaret för att din ansökan är komplett när den skickas in.

Din ansökan ska innehålla:

- CV inklusive relevant yrkeserfarenhet och kunskap.
- Kopia av examensbevis och betyg från dina tidigare universitetsstudier. Översättningar till engelska eller svenska om orginalet inte utfärdas på något av dessa språk.
- Kortfattad redogörelse för varför du vill bedriva forskning, dina akademiska intressen och hur de relaterar till dina tidigare studier och framtida mål, max 2 sidor lång.
- Exempel på en programmeringskod du har skrivit.

Ansökan ska vara KTH tillhanda senast sista ansökningsdagen vid midnatt, CET/CEST (Central European Time/Central European Summer Time).

Om anställningen
Anställningen gäller tillsvidare dock längst två år.

En anställning som postdoktor är en tidsbegränsad meriteringsanställning med huvudinriktning mot forskning avsedd som ett första karriärsteg efter disputation.

Övrigt
Strävan efter jämställdhet, mångfald och lika villkor är både en kvalitetsfråga och en självklar del av KTH:s värdegrund.

För information om behandling av personuppgifter i samband med rekrytering läs mer här.


Vi undanber oss direktkontakt med bemannings- och rekryteringsföretag samt försäljare av platsannonser.