Postdoktor bioinformatik i metabolomik/lipidomik - fokus precisionsmedicin

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Det yttersta målet är att bedriva utbildning och forskning av högsta kvalitet och relevans för att göra långsiktig skillnad i samhället. Vår viktigaste tillgång är alla de individer som med sin nyfikenhet och sitt engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser. Uppsala universitet har drygt 45 000 studenter, mer än 7 000 anställda och en omsättning på cirka 7 miljarder kronor.




Institutionen för medicinska vetenskaper är en stor klinisk institution med ca 250 anställda och över 300 personer som är anknutna via Akademiska Sjukhuset.

Institutionen har en bred forskningsprofil med starka forskargrupper inom en rad områden. Forskningen äger rum i nära anslutning till den kliniska verksamheten vid Akademiska sjukhuset och omfattar såväl grundläggande studier kring sjukdomsorsaker som utveckling och utvärdering av förbättrad diagnostik och nya behandlingsmetoder. Mer om institutionens verksamhet finns på http://www.medsci.uu.se

Projektbeskrivning: Vi söker en mycket motiverad postdoktor till Kim Kultimas forskargrupp. Fokus för projektet är att utveckla och tillämpa metoder för att analysera storskaliga masspektrometridata för tillämpning inom precisionsmedicin. Detta kommer att inkludera analys av data från fall-kontroll-studier vid multipel skleros och studier av molekylära mekanismer för smärta och trötthet vid fibromyalgi kopplad till autoimmunitet. Fokus kommer att ligga på hur cirkulerande metaboliter och lipider, i kombination med kunskap om livsstil, riskgener och andra faktorer kopplade till sjukdomsprogression och terapiresultat, i slutändan kan leda till förbättrade behandlingsstrategier anpassade för den enskilda patienten. Detta inkluderar användning och utveckling av övervakade och oövervakade maskininlärningsmetoder (AI/ML). Arbetet inkluderar också planering, sammanställning och presentation av vetenskapliga arbeten, forskningsansökningar och viss handledning (max 20%) av mastersstudenter och doktorander.

Du kommer att arbeta nära tillsammans med bioinformatiker, tekniker, kemister, experter på masspektrometri och prekliniska och kliniska forskare. Projekten finansieras genom anslag från FOREUM, FORMAS, Marianne och Marcus Wallenbergs Foundation och Svenska Sällskapet för Medicinsk Forskning (SSMF).

Mer information om forskargruppernas verksamhet finns på:
http://www.caramba.clinic

Kvalifikationer:

- För anställning som postdoktor ska du ha doktorsexamen eller en utländsk examen motsvarande doktorsexamen i bioinformatik, molekylärbiologi, datavetenskap eller närliggande område.
- Doktorsexamen ska ha avlagts högst tre år före ansökningstidens utgång. Treårsperioden kan förlängas på grund av omständigheter som sjukledighet, föräldraledighet, arbetsuppgifter i fackföreningar etc.
- Dokumenterad praktisk erfarenhet av statistiska och bioinformatiska analyser av masspektrometridata, särskilt metabolomik, lipidomik och/eller proteomik data
- Mycket goda kunskaper i R eller Python
- Kännedom om molnbaserade och / eller HPC-system för bearbetning och analys av storskaliga data
- Dokumenterad erfarenhet av att sammanställa och publicera vetenskapliga artiklar inom ett relaterat område
- Mycket goda kunskaper i muntlig och skriftlig engelska
- Positiva rekommendationer från tidigare handledare/lärare är också ett krav
- Vi kommer att lägga stor vikt vid personlig lämplighet. Hänsyn kommer att tas till god samarbetsförmåga, driv och självständighet samt hur den sökande genom sin erfarenhet och kompetens bedöms komplettera och stärka det pågående forskningsarbetet inom forskargruppen samt bidra till dess framtida utveckling.

Meriterande i övrigt: Kunskap eller forskningserfarenhet inom multipel skleros, inflammatoriska sjukdomar eller smärtsignalering.

Lön: Individuell lönesättning.

Tillträde: 2021-05-01 eller enligt överenskommelse.

Anställningsform: Tidsbegränsad anställning 2 år enligt centralt kollektivavtal.

Anställningens omfattning: 100 %.

Upplysningar om anställningen lämnas av: Kim Kultima, kim.kultima@medsci.uu.se.

Välkommen med din ansökan senast den 22 april 2021, UFV-PA 2021/1021.

Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp.


Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem.