Postdoktor i bedömning av biodiversitet med hjälp av DNA från miljön

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Det yttersta målet är att bedriva utbildning och forskning av högsta kvalitet och relevans för att göra långsiktig skillnad i samhället. Vår viktigaste tillgång är alla de individer som med sin nyfikenhet och sitt engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser. Uppsala universitet har drygt 54 000 studenter, mer än 7 500 anställda och en omsättning på cirka 8 miljarder kronor.




Postdoktor i bedömning av biodiversitet med hjälp av DNA från miljön

Vid institutionen för organismbiologi bedriver vi undervisning och forskning om evolution, utveckling och funktion på organismnivå.

För mer information sehttps://www.iob.uu.se/

Tjänsten är placerad vid Biodiversitet inom programmet för Systematisk biologi på Institutionen för Organismbiologi (Evolutionsbiologiskt centrum, Uppsala Universitet). Anställningen ingår i SciLifeLabs nätverk för Data-Driven Life Science (DDLS) (https://www.scilifelab.se/data-driven/about/), med unika möjligheter till utveckling och utbildning inom ramen för DDLS verksamhet.

Läs mer om våra förmåner och hur det är att jobba inom Uppsala universitet: https://uu.se/om-uu/jobba-hos-oss/

Vi arbetar interdisciplinärt mellan beräkningsbiologi och forskning om biologisk mångfald genom att utveckla nya beräkningsmetoder och arbetsflöden för fält- och labbarbete för att kvantifiera mångfaldens komplexitet. Vår vision är att en dag kunna tillförlitligt fånga hela den biologiska mångfalden i ett givet område på ett standardiserat och reproducerbart sätt. För att uppnå detta samlar vi mångfaldsdata via sekvensering av eDNA (environmental DNA) och använder Datat för att träna maskininlärningsmodeller att modellera biodiversitetspotentialen på okända platser. Vi är en ung och dynamisk forskargrupp med mål att genom vår forskning bidra med lösningar för att minska förlusten av biologisk mångfald. Vi värdesätter innovativa idéer, en kollegial anda utan hierarkier samt forskning av hög kvalitet och med stor påverkan. Men framförallt gillar vi det vi gör!

Arbetsuppgifter 
Fokus ligger på att tillämpa och vidareutveckla befintliga  metoder för att samla in och processa eDNA med mål att fånga in mångfalden i ett specifikt område. Till en början inriktar sig arbetet på en eller flera specifika taxonomiska grupper (t.ex. olika grupper av svampar, insekter) men utökas gradvis till att omfatta hela den biologiska mångfalden. Arbetet utförs i samarbete med andra forskargrupper som specialiserar sig på eDNA, både inom Uppsala universitet och vid andra nationella och internationella organisationer. I arbetsuppgifterna ingår bland annat att i) testa olika provtagningstekniker i fält, ii) tillämpa labbmetoder för att från eDNA extrahera och amplifiera genetiska markörer för flera organismgrupper, iii) bioinformatisk hantering av eDNA sekvensdata, och iv) katalogisera och lagra eDNA-data på SBDI ASV portal https://asv-portal.biodiversitydata.se/about

Kvalifikationskrav
Vi söker en starkt motiverad person som uppskattar utmaningar och självständigt kan undersöka nya idéer. Erfarenhet av arbete med genomiska data, företrädesvis i eDNA-sammanhang. Erfarenhet av fältarbete och/eller labbarbete värderas lika som erfarenhet av bioinformatiskt arbete. Mycket god kommunikativ förmåga i engelska i både tal och skrift.

Önskvärt/meriterande i övrigt
Meriterande är kunskaper i programmering i Python, R, eller liknande, samt erfarenhet av arbete i datorkluster. Erfarenhet av fylogenetiska metoder, rumslig analys samt metoder för lång- och kortläst sekvensering är ytterligare kunskaper som är meriterade för denna position.

Om anställningen 
Anställningen är tidsbegränsad  i 2 år, och kandidaten kommer huvudsakligen ägna tiden åt sin egen forskning. Andra arbetsuppgifter så som undervisning och administration kan förekomma (maximalt 20 % vilket förlänger positionens varaktighet med motsvarande).

Omfattningen är heltid 100%. Tillträde enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala.

Upplysningar om anställningen lämnas av: Tobias Andermann, tobias.andermann@ebc.uu.se 

Välkommen med din ansökan senast den 31 mars 2023, UFV-PA 2023/980

Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp.


Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem.