Postdoktor i biostatistik och genomik

Lunds universitet grundades 1666 och rankas återkommande som ett av världens 100 främsta lärosäten. Här finns 40 000 studenter och fler än 8 000 medarbetare i Lund, Helsingborg och Malmö. Vi förenas i vår strävan att förstå, förklara och förbättra vår värld och människors villkor.


Vid Naturvetenskapliga fakulteten bedrivs forskning och utbildning inom biologi, astronomi, fysik, geovetenskap, kemi, matematik och miljövetenskap. Verksamheten bedrivs vid nio institutioner samlade inom norra universitetsområdet. Fakulteten har ca 1 500 studenter, 330 forskarstuderande och 700 anställda.



Postdoktor i biostatistik och genomik: Utveckling av maskininlärningsverktyg hittills Viking-DNA och identifierande skyddsgener i växter

Särskild ämnesbeskrivning

Kandidater bör ha ett intresse för biologi, mänsklig historia och växter.

Kandidater måste ha starka datorkunskaper med bakgrund i matematik, statistik, fysik, datavetenskap eller ett relaterat område. Kandidater bör ha erfarenhet av maskininlärnings metoder. Kandidaten kommer att arbeta tillsammans med Dr. Eran Elhaik och professor Allan Rasmusson vid Biologiska institutionen, LU samt professor Laura Grenville-Briggs (vid Sveriges lantbruksuniversitet (SLU), Alnarp,) för att utveckla statistiska metoder för två olika projekt, ett inom populationsgenetik och ett inom funktionell genomik.

Arbetsuppgifter

I populationsgenetikprojektet strävar vi efter att utveckla en ML-metod som analyserar gamla genomer. Vårt mål är att datera uråldriga vikingargenom. Du kan läsa vårt utkast till manuskript https://www.biorxiv.org/content/10.1101/828962v5 och titta på vår YouTube-video https://www.youtube.com/watchv=LE98As7YwgY&ab_channel=EranElhaik.

I det andra projektet är vi intresserade av att utveckla ett optimeringssystem för användning av DNA och RNA NGS och kartdata för att identifiera gener associerade med hur en växt svarar på behandling för biokontroll och biostimulering.

Detta är ett tvärvetenskapligt projekt som involverar programmering och modellering. Projektet involverar också samarbeten med forskare inom andra discipliner, inklusive biomatematik, biostatistik, and molekylärbiologi. Kandidaten ska ha en stark grund i programmering inom R och matematik / statistik.

I arbetsuppgifterna som postdoktor ingår främst att bedriva forskning. Undervisning kan ingå i arbetsuppgifterna, dock högst 15% av arbetstiden. Inom ramen för anställningen ska det ges möjlighet till tre veckors högskolepedagogisk utbildning.

- Den framgångsrika kandidaten kommer att arbeta heltid på ovan beskrivna forskningsprojekt. Det förväntas att hen aktivt och kreativt kommer att utveckla och optimera de detaljerade metoderna för att fullfölja de övergripande projektmålen och, efter en träningsperiod, självständigt analysera genomdata med hjälp av ML och andra statistiska metoder.
- Allt arbete kommer att utföras inbäddat i ett samarbetsforskningsteam som kräver delning av expertis, öppen diskussion om resultat och underlättande av experiment av andra teammedlemmar.
- Aktivt deltagande i internationella konferenser förväntas samt spridning av resultat i peer review-publikationer.
- Kandidaten kan utföra undervisningsuppgifter som en del av Lund Bioinformatics MSc-program.
- Den framgångsrika kandidaten förväntas att aktivt söka oberoende forskningsfinansiering under anställningsperioden, vilket ger möjlighet att gå över till en oberoende forskarposition.
- Slutligen inkluderar befattningen begränsade uppgifter inom administration relaterade till ovan nämnda arbetsuppgifter.

Behörighet

Behörig att anställas som postdoktor är den som avlagt doktorsexamen, eller utländsk examen som bedöms motsvara doktorsexamen, inom anställningens ämnesområde och som avlagts högst tre år före ansökningstidens utgång. Om det finns särskilda skäl kan doktorsexamen ha avlagts tidigare.

Kandidaten ska ha en examen i matematik, biostatistik, statistisk genetik eller liknande relevant ämne och erfarenhet av att bedriva sådan forskning genom en tidigare forskarassistentpost eller genom att arbeta mot en doktorsexamen. Sökande ska ha förmågan att samarbeta väl och kommunicera vetenskapligt material till icke-forskare.

Övriga nödvändiga krav

- Mycket goda kunskaper i engelska, i tal och skrift
- Programmeringskunskaper i Python / R eller liknande språk
- Stark statistikförmåga och erfarenhet av ML-metoder
- Erfarenhet av att analysera kvalitativa och kvantitativa data och NGS-data
- En meritlista av publicering av vetenskapligt granskade vetenskapliga artiklar
- Bevis på förmåga att arbeta effektivt både självständigt och som medlem i ett litet team
- Bevis på förmåga att organisera resurser, planera och utveckla arbetsaktiviteter och uppfylla tidsfrister effektivt och konsekvent
- Erfarenhet av att anpassa egna färdigheter till nya omständigheter

Bedömningsgrunder

Detta är en karriärutvecklingsposition som främst är inriktad på forskning. Anställningen är tänkt som ett inledande steg i en karriär och bedömningen av de sökande kommer i första hand att baseras på deras forskarkvalifikationer och potential som forskare. Hänsyn kommer att tas till kvalificerade kandidater med god samarbetsförmåga, drivkraft och självständighet.

Villkor

Anställningen är tidsbegränsad till max 2 år och avser heltid. Anställningen tidsbegränsas enligt avtal, “Avtal om tidsbegränsad anställning som postdoktor”, mellan arbetsmarknadens parter daterat 2008-09-04 (Arbetsgivarverket, OFR:s, Saco-S och SEKO).

Universitetet tillämpar individuell lönesättning. Ange gärna löneanspråk i din ansökan.

Instruktioner för ansökan

Ansökan ska skrivas på engelska och sammanställas till en PDF-fil som innehåller:

- Meritförteckning/CV inklusive publikationslista
- En generell beskrivning av tidigare forskningsarbete och framtida forskningsintressen (max tre sidor)
- Kontaktuppgifter till minst tre referenser
- Kopia av examensbevis för doktorsexamen samt ev. andra intyg/betyg som du önskar åberopa

Lunds universitet välkomnar sökande med olika bakgrund och erfarenheter. Vi ser jämställdhet och mångfald som en styrka och tillgång. Välkommen med din ansökan! Vi undanber oss alla kontakter från annonsförsäljare, rekryterings- och bemanningsföretag på grund av statliga upphandlingsregler.