Postdoktor i Cancer Bioinformatik

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Uppgiften är att bedriva forskning och utbildning av högsta kvalitet och att på olika sätt samverka med samhället. Vår viktigaste tillgång är alla de individer som med sin nyfikenhet och sitt engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser. Uppsala universitet har 46.000 studenter, 7.300 anställda och en omsättning på 7,3 miljarder kronor.




Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi (IMBIM) vid Uppsala universitet utgör en bred internationell miljö för forskning och undervisning.

Institutionens forskning bedrivs inom tre samverkande och delvis integrerade sektioner; cancer, infektioner och försvar samt genetik och genomik. En närmare beskrivning finns på http://www.imbim.uu.se/forskningsomraden/

Professor Lindblad-Tohs grupp ingår i en kreativ miljö inom Uppsala Universitets medicinska fakultet och i SciLifeLab. Forskningens fokus ligger på att använda komparativ genomik för att förstå komplexa sjukdomar, från cancer till inflammatoriska sjukdomar, och neurobiologi. För att uppnå detta använder vi oss av populationsdata och genomvida associationer tillsammans med olika omics data och traditionell genetik och biokemiska och funktionella analyser av celllinjer och patientprover.

Vi söker en innovativ och energisk person som gärna arbetar som medlem i en grupp för att driva våra studier framåt till att få en bättre förståelse av cancer genomik. Dessa nya analyser kombinerar cancer genomik med att använda 200 mammals data för att hitta regulatoriska regioner hos både kända och nya cancergener och karaktärisera dessa i detalj.

Arbetsbeskrivning: Att använda genomik och bioinformatik för att studera genreglering i multipla cancers med hjälp av evolutionär konservering. Att samarbeta nära med en grupp av cancerforskare och bioinformatiker för att förstå rollen av evolutionär konservering på genreglering speciellt i cancer. I arbetsuppgifterna ingår att: identifiera gener som är statistiskt anrikade av protein förändringar i cancer inklusive glioblastom och osteosarkom hos hund och människa, samt för en stor pan-cancer studie. Du kommer även få etablera en pipeline för att identifiera reglerande mutation och gener som är anrikade för regulatoriska mutationer, samt annotera dessa mutationer ytterligare m.h.a. olika funktionella annoteringar nerladdade från olika databaser. Detta arbete kommer även innehålla selektion av kandidatmutationer för funkitonell analys samt analys av annat kompleterande data såsom metyleringdata och RNA-seq samt att jämföra mutations spektrum i tumörer och associerade cell-linjer. Viss undervisning kan ingå.

Kvalifikationskrav: 

- Doktorsexamen eller motsvarande erfarenhet i datavetenskap, bioinformatik, statistik, genomik. Stor vikt läggs på att bedöma sökandens lämplighet i gruppen.
- Erfarenhet av cancer genomik.
- Erfarenhet av UNIX/Linux och kommandoradsmiljöer.
- Erfarenhet av sekvensanalys och bioinformatik/genomik är nödvändigt.
- Erfarenhet av datalagring och backup.
- Erfarenhet av programmering i olika högnivåspråk (Java, C++, Python) och statistisk programmering i R.
- Erfarenhet av att med script eller motsvarande programmeringsspråk (Perl, Python) hantera nedladdning, tolkning och integrering av storskaliga datamängder i olika format.
- Erfarenhet av att använda högpresterande beräkningskluster (t ex UPPMAX)
- Mycket god förmåga att kommunicera muntligt och skriftligt, både på svenska och engelska är nödvändigt.

Behörighetskrav: Behörig att anställas som postdoktor är den som har avlagt doktorsexamen eller motsvarande utländsk examen högst tre år före ansökningstidens utgång. Om det finns särskilda skäl kan doktorsexamen ha avlagts tidigare. Med särskilda skäl avses ledighet på grund av sjukdom, föräldraledighet, förtroendeuppdrag inom fackliga organisationer etc.

Uppsala universitet värdesätter de kvaliteter som jämn könsfördelning och mångfald tillför verksamheten. Vi ser därför gärna sökande av alla kön och med olika födelsebakgrund, funktionalitet och livserfarenhet.

Lön: Individuell lönesättning.

Tillträde: snarast eller enligt överenskommelse.

Anställningsform: Tidsbegränsad anställning i två år.

Anställningens omfattning: 100 %

Upplysningar om anställningen lämnas av: Professor Kerstin Lindblad-Toh, mailto:kerstin.lindblad-toh@imbim.uu.se

Ansökan mottages via Uppsala universitets ansökningsportal och förväntas innehålla i) CV, ii) ett kortfattat brev som beskriver bakgrund, forskningsintresse och motivation till att söka den utlysta tjänsten, iii) kontaktinformation för två referenser (telefon och epostadress).

Välkommen med din ansökan senast den 24 juni 2020, UFV-PA 2020/1641.

Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp.


Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem.