Postdoktor i cancersystembiologi del av Data Driven Life Science-satsningen

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Det yttersta målet är att bedriva utbildning och forskning av högsta kvalitet och relevans för att göra långsiktig skillnad i samhället. Vår viktigaste tillgång är alla de individer som med sin nyfikenhet och sitt engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser. Uppsala universitet har drygt 45 000 studenter, mer än 7 000 anställda och en omsättning på cirka 7 miljarder kronor.




Institutionen för immunologi, genetik och patologi vid Uppsala universitet har en bred forskningsprofil med starka forskargrupper inriktade på bl.

a cancer, autoimmuna och genetiska sjukdomar. En av grundtankarna vid institutionen är att stimulera translationell forskning och därmed en närmare samverkan mellan medicinsk forskning och sjukvården. Forskning bedrivs inom medicinsk och klinisk genetik, klinisk immunologi, patologi, neuroonkologi, vaskulärbiologi, strålningsvetenskap samt molekylära verktyg. Delar av verksamheten är även integrerad med avdelningarna för onkologi, klinisk genetik, klinisk immunologi, klinisk patologi och sjukhusfysik vid Akademiska sjukhuset. Institutionen har undervisningsuppdrag på ett antal programutbildningar och masterprogram inom den medicinska fakulteten samt ett antal utbildningar inom teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet. Institutionen omsätter omkring 450 miljoner kronor, varav drygt hälften är externa forskningsbidrag. Antalet anställda är ca 345, varav ca 100 är doktorander, och det finns totalt över 700 verksamma i arbetsstyrkan. Läs gärna mer om institutionens verksamhet här: http://www.igp.uu.se

https://uu.se/om-uu/jobba-hos-oss/.

SciLifeLabs och Wallenbergs nationella program för datadriven livsvetenskap (Data-Driven Life Science, DDLS) är ett 12-årigt initiativ fokuserat på datadriven forskning inom områden som är nödvändiga för att förbättra människors liv, upptäcka och behandla sjukdomar, skydda biodiversitet och skapa hållbarhet. Programmet kommer att utbilda och stötta nästa generation av forskare inom livsvetenskap och skapa en stark datavetenskaplig bas. Programmet avser stärka nationella samarbeten mellan universitet, koppla samman forskare inom livs- och datavetenskap samt att skapa samarbeten med industri, sjukvården och andra nationella och internationella aktörer. Läs mer: https://www.scilifelab.se/data-driven

Arbetsuppgifter
Vi en söker en driven postdoc inom data-driven cancerforskning i Sven Nelanders team (nelanderlab.org) , inom ett nytt projekt vars mål är att etablera och använda en ny strategi för att karlägga mekanismerna bakom invasion hos hjärntumörer (nelanderlab.org). Metodiken bygger på en ny kombination av massivt parallell genredigering och tolkning med AI-modeller, och har potentialen att klargöra sjukdomsmekanismer och identifiera behandlingsmöjligheter.

Denna position är en del av ett samarbete mellan de två största forskningsprogrammen i Sverige, Wallenberg AI, Autonomous Systems and Software Program, (WASP) samt SciLifeLabs och Wallenbergs nationella program för datadriven livsvetenskap (Data-Driven Life Science, DDLS). Målet är att lösa banbrytande tvärdisciplinära forskningsfrågor.

Arbetsuppgifterna kommer att bestå i utveckling, optimering och användning av beräkningsmetodik för att designa och tolka storskaliga CRISPR-försök, single cell-mätningar och tidsupplösta bild-data. Även om tjänsten i första hand avser en postdoc inom beräkning, vi är även öppna för ansökningar från kandidater med framgångsrik, avancerad erfarenhet av CRISPR-metodik och/eller single cell-sekvensering, särskilt CRISPR-Seq. I sådana fall kan experiment ingå i projektet (kopplat till en innovativ in vivo-användning av CRISPR-Seq). Projektet är tänkt att genomföras som ett par-postdoc-projekt, tillsammans med en samtidigt rekryterad postdoc på GU/Chalmers, som kommer att fokusera på matematiska aspekter och AI-teori. Projektet kräver alltså samarbete både med experimentalforskare i miljön på UU och med metodforskare i miljön på  GU/Chalmers. Det är alltså en spännande möjlighet att bygga avancerad erfarenhet av att arbeta i ett tvärvetenskapligt team.

Eftersom DDLS och WASP är stora spjutspetssatsningar, kräver ett aktivt deltagande i nätverk kopplade till WASP-DDLS-communityn.

Kvalifikationskrav
Tjänsten förutsätter doktorsexamen inom relevant område, till exempel (i) beräkningsgenomik, (ii) bioinformatik, (iii) tillämpad AI / maskininlärning / högdimensionell statistik, eller (iv) avancerade CRISPR-tillämpningar. Jobbet kräver en dokumenterat utmärkt förmåga att arbeta i ett tvärvetenskapligt team där experimentalforskning samverkar med data-driven metodik. Jobbet kräver dokumenterat avancerade kunskaper inom en eller flera av (i) programmering/matematik, (ii) tillämpad analys/tolkning/visualisering av stora data, (iii) CRISPR-seq/angränsande områden; en sammanvägd bedömning görs av i,ii och iii, med särskild hänsyn till  förutsättningarna att genomföra ett framgångsrikt par-projekt inom DDLS-WASP-samverkan. Vi förutsätter grundläggande kunskaper i biologi av relevans för projektet. Jobbet kräver även utmärkta färdigheter i skriven och verbal kommunikation. Stor vikt läggs vid personlig lämplighet och långsiktiga akademiska förutsättningar. 

Observera att detta är en förkortad version av annonsen. För att se den fullständiga annonsen vänligen klicka på ”Ansök här” eller se Uppsala universitets hemsida: https://uu.se/jobb/.

Om anställningen 
Anställningen är tidsbegränsad  i 2 år med möjlighet till förlängning på ytterligare 1 år. Omfattningen är heltid. Tillträde enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala.

Upplysningar om anställningen lämnas av: Sven Nelander, sven.nelander@igp.uu.se, 018-471 4805.

Välkommen med din ansökan senast den 4 mars 2022, UFV-PA 2022/98.

Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp.


Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem.