Postdoktor i datavetenskap eller beräkningsbiologi

Handledaren för den utlysta positionen Dr Eran Elhaik är ansvarig för de genomiska analyserna i över ett dussin sekvenseringskonsortier, vars resultat publicerats i Science, Nature, PNAS och Genome Research.

Dr. Elhaiks lab är känt för sin befolkningsgenomik och biogeografiska forskning http://www.eranelhaiklab.org/ och Dr. Elhaik samarbetar med hundratals forskare från hela världen.

Postdoktor i Datavetenskap eller beräkningsbiologi: Utveckling av maskininlärningsverktyg för att undersöka Viking-DNA

Särskild ämnesbeskrivning

Tekniker för extraktion av forntida DNA (aDNA) har förändrat hur vi kan studera historia, och möjliggjort att direkt analysera forntida genetisk variation. Under de senaste åren har det skett en kraftig ökning av mängden insamlat forntida aDNA, och ett ökat antal publikationer inom fältet. Otillräcklig tidsbestämning och information om geografiskt ursprung har dock begränsat användbarheten av insamlad data och ibland resulterat i felaktiga slutsatser. Det föreslagna doktorandprojektet syftar till att utveckla verktyg för maskininlärning för förutsäga det geografiska ursprunget av aDNA-materialet. De utvecklade metoderna ska användas för att rekonstruera de inhemska skandinaviska vikingarnas ursprung. Kandidaten kommer att arbeta tillsammans med Dr. Eran Elhaik, Dr. Patrik Eden, och professor Eske Willerslev (vid Köpenhamns universitet) för att utveckla statistiska metoder för paleogenomik.

Arbetsuppgifter

Projektet syftar till att utveckla maskininlärningsmetoder för datering och ursprungsbestämning för forntida, och implementera dessa i en applikation för Viking-genom som kan svara på frågor om deras mystiska ursprung.

Detta är ett tvärvetenskapligt projekt som involverar programmering och modellering. Projektet innebär också samarbete med forskare inom andra discipliner, inklusive biomatematik, biostatistik, and molekylärbiologi. Kandidaten ska ha en stark grund i programmering inom R och i matematik / statistik.

I arbetsuppgifterna som postdoktor ingår främst att bedriva forskning. Undervisning kan ingå i arbetsuppgifterna, dock högst 16% av arbetstiden. Inom ramen för anställningen ska det ges möjlighet till tre veckors högskolepedagogisk utbildning.

- Den framgångsrika kandidaten kommer att arbeta heltid på ovan beskrivna forskningsprojekt Det förväntas att hen aktivt och kreativt kommer att utveckla och optimera de detaljerade metoderna för att fullfölja de övergripande projektmålen och, efter en träningsperiod, självständigt analysera genomdata med hjälp av maskininlärningsmetoder och andra statistiska metoder
- Allt arbete kommer att utföras inbäddat i ett samarbetsforskningsteam som kräver delning av expertis, öppen diskussion om resultat och underlättande av experiment av andra teammedlemmar
- Aktivt deltagande i internationella konferenser samt spridning av resultat i peer review-publikationer förväntas
- Kandidaten kan komma att utföra undervisningsuppgifter inom Lunds MSc-program i Bioinformatik
- Den framgångsrika kandidaten kommer att aktivt söka oberoende forskningsfinansiering under anställningsperioden, vilket ger möjlighet att gå över till en oberoende forskarposition.
- Slutligen inkluderar befattningen begränsade uppgifter inom administration relaterade till ovan nämnda arbetsuppgifter

Behörighet

Behörig att anställas som postdoktor är den som avlagt doktorsexamen, eller utländsk examen som bedöms motsvara doktorsexamen, inom anställningens ämnesområde och som avlagts högst tre år före ansökningstidens utgång. Om det finns särskilda skäl kan doktorsexamen ha avlagts tidigare.

Kandidaten måste ha utbildning i matematik, biostatistik eller statistisk genetik och erfarenhet av att analysera stora mängder data. Kandidater förväntas också ha grundläggande kunskaper i och erfarenhet av maskininlärningsmetoder. Kandidater förväntas ha ett intresse för biologi och mänsklig historia. Kandidaten ska ha en examen i matematik, biostatistik, statistisk genetik eller liknande relevant ämne och erfarenhet av att bedriva sådan forskning genom en tidigare forskarassistentpost eller genom att arbeta mot en doktorsexamen. Sökande ska ha förmågan att samarbeta väl och kommunicera vetenskapligt material till icke-forskare.

Övriga nödvändiga krav:

- Mycket goda kunskaper i engelska, i tal och skrift
- Utmärkta Programmeringskunskaper i Python / R eller liknande språk
- Stark statistikförmåga och erfarenhet av ML-metoder
- Kunskap om vanliga ML-ramar
- Erfarenhet av att analysera kvalitativa och kvantitativa data och NGS-data
- En meritlista av publicering av vetenskapligt granskade vetenskapliga artiklar
- Bevis på förmåga att arbeta effektivt både självständigt och som medlem i ett litet team
- Bevis på förmåga att organisera resurser, planera och utveckla arbetsaktiviteter och uppfylla tidsfrister effektivt och konsekvent
- Erfarenhet av att anpassa egna färdigheter till nya omständigheter

Bedömningsgrunder

Detta är en karriärutvecklingsposition som främst är inriktad på forskning. Anställningen är tänkt som ett inledande steg i en karriär och bedömningen av de sökande kommer i första hand att baseras på deras forskarkvalifikationer och potential som forskare. Hänsyn kommer att tas till kvalificerade kandidater med god samarbetsförmåga, drivkraft och självständighet.

Villkor

Anställningen är tidsbegränsad till max 2 år och avser heltid. Anställningen tidsbegränsas enligt avtal, “Avtal om tidsbegränsad anställning som postdoktor”, mellan arbetsmarknadens parter daterat 2008-09-04 (Arbetsgivarverket, OFR:s, Saco-S och SEKO).

Universitetet tillämpar individuell lönesättning. Ange gärna löneanspråk i din ansökan.

Instruktioner för ansökan

Ansökan ska skrivas på engelska och sammanställas till en PDF-fil som innehåller:

- Personligt brev (din bakgrund, varför är du intresserad av anställningen, och på vilket sätt forskningsprojektet matchar dina intressen och din utbildningsbakgrund, din mål, och startdatum)
- En generell beskrivning av tidigare forskningsarbete och framtida forskningsintressen (max tre sidor)
- Kontaktuppgifter till minst tre referenser
- Kopia av examensbevis för doktorsexamen samt ev. andra intyg/betyg som du önskar åberopa

Kandidater som uppfyller kraven kommer att utvärderas vidare om programmerings- och skrivförmåga och om de inbjuds till intervju.