Postdoktor i Deep Learning och Computer Vision

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Det yttersta målet är att bedriva utbildning och forskning av högsta kvalitet och relevans för att göra långsiktig skillnad i samhället. Vår viktigaste tillgång är alla de individer som med sin nyfikenhet och sitt engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser. Uppsala universitet har drygt 54 000 studenter, mer än 7 500 anställda och en omsättning på cirka 8 miljarder kronor.




Institutionen för immunologi, genetik och patologi vid Uppsala universitet har en bred forskningsprofil med starka forskargrupper inriktade på bl.

a cancer, autoimmuna och genetiska sjukdomar. En av grundtankarna vid institutionen är att stimulera translationell forskning och därmed en närmare samverkan mellan medicinsk forskning och sjukvården. Forskning bedrivs inom cancerprecisionsmedicin, cancerimmunterapi, genomik och neurobiologi, molekylära verktyg och funktionsgenomik, neuroonkologi och neurodegeneration samt vaskulärbiologi. Delar av verksamheten är även integrerad med avdelningarna för onkologi, klinisk genetik, klinisk immunologi, klinisk patologi och sjukhusfysik vid Akademiska sjukhuset. Institutionen har undervisningsuppdrag på ett antal programutbildningar, fristående kurser och internationella masterprogram inom den medicinska fakulteten och teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet. Institutionen omsätter omkring 500 miljoner kronor, varav drygt hälften är externa forskningsbidrag. Antalet anställda är ca 345, varav ca 100 är doktorander, och det finns totalt över 700 verksamma i arbetsstyrkan. Läs gärna mer om institutionens verksamhet här: http://www.igp.uu.se

https://uu.se/om-uu/jobba-hos-oss/.

Arbetsuppgifter
Vickovic-labbet vid Uppsala universitet söker en dynamisk, självmotiverad, teamorienterad postdoktor för att utöka beräkningsinsatser för att förstå sjukdomsmekanismer genom integration av mikroskopi och sekvenseringsdata. Vi är intresserade av att utveckla integrerande multimodala dataanalysverktyg som inkluderar enkelcellsdata och rumsligt upplösta omics data, bilddata, kliniska fenotyper, varianter och genotyper. Kandidaten kommer att ha den unika möjligheten att arbeta i skärningspunkten mellan matematisk modellering, datorseende, omics dataanalys, arbetsflödesoptimering och resursbyggande. Postdoktorn kan också föreslå och driva egna idéer som passar labbets allmänna forskningsprogram (se https://www.vickovictechinnovation.com/
Dr. Vickovic är också chef för teknologiinnovationslabbet vid New York Genome Center (NYGC). Personen som väljs ut för denna roll skulle också ha ett nära samarbete med NYGC-teamet, och det finns möjlighet att tillbringa en längre period i New York som gästforskare.

Ansvarsområden kan inkludera

- Utveckla nya beräkningsmetoder, deep learning metoder för att integrera och analysera storskaliga, rumsligt upplösta RNA-sekv, bild och genotypiska data med hjälp av den senaste tekniken.
- Arbeta nära med experimentella kollegor och kärnor för att förstå arten av genererad data.
- Samordna insatser mellan flera organisationer (Uppsala University, Columbia University och New York Genome Center).
- Aktivt delta i utarbetandet av manuskript för publicering och presentera vid vetenskapliga konferenser.
- Assistera i kamrat- och studentmentorskap.
- Dela expertis och ge utbildning och vägledning till gruppmedlemmarna vid behov.

Kvalifikationskrav
Doktorsexamen i i datavetenskap, datorseende, bioteknik, beräkningsneurovetenskap, tillämpad matematik eller en utländsk examen som bedöms motsvara. Examen ska vara uppfyllt senast vid tidpunkten då anställningsbeslutet fattas. Främst bör den komma ifråga som har avlagt examen för högst tre år sedan. Vid beräkning av ramtiden om tre år är utgångspunkten sista ansökningsdag. Om det finns särskilda skäl kan sådan examen ha avlagts tidigare. Med särskilda skäl avses ledighet på grund av sjukdom, föräldraledighet, förtroendeuppdrag inom fackliga organisationer, etc.

- Fördjupad konceptuell eller teknisk förståelse av moderna molekylära teknologier med hög genomströmning inom biovetenskap (RNA-seq, rumslig transkriptomik, immunhistokemi) krävs.
- Stark kommunikation både muntlig och skriftlig, datadokumentation och presentationsförmåga krävs.
- Erfarenhet av att skriva vetenskapliga artiklar för publicering krävs.
- Förmåga att hantera flera projekt samtidigt krävs.
- Utmärkt samarbetsförmåga, samt vilja att arbeta i en teammiljö med högt tempo.

Önskvärt/meriterande i övrigt

- Tekniska och professionella färdigheter: visa konsekventa färdigheter och kunskaper som är relevanta för nuvarande roll, strävar efter att utöka djupet och bredden av tekniska och professionella färdigheter, arbetar med en hög nivå av integritet, uppvisar fokus och disciplin, prioriterar på lämpligt sätt, hanterar förväntningar och levererar åtaganden.
- Samarbetande och kommunikativt: Modellerar samarbete och lagarbete, tar fram det bästa i andra, arbetar effektivt på alla nivåer, internt och externt, respekterar och omfattar mångfald av perspektiv, kommunicerar tydligt och lyssnar noga, använder ett gott omdöme om vad man ska kommunicera och när man ska göra det.
- Anpassningsbar och innovativ: Anpassningsbar och omfamnar förändring, utvecklar nya insikter och strävar efter förbättringar och effektivitet, främjar utbyte av nya idéer och är villig att utmana status quo, tar initiativ och är lösningsorienterad, arbetar med passion och nyfikenhet.

Om anställningen 
Anställningen är tidsbegränsad  i 2 år med möjlighet till ytterligare 1 års förlängning. Omfattningen är heltid. Tillträde enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala

Upplysningar om anställningen lämnas av: Sanja Vickovic, sanja.vickovic@igp.uu.se

Välkommen med din ansökan senast den 4 september 2023, UFV-PA 2023/2195.

Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp.


Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem.