Postdoktor i genomikteknologi

Postdoktor i genomikteknologi för analys av enskilda celler vid institutionen för cell- och molekylärbiologi.

Anställningen som postdoktor i genomikteknologi för analys av enskilda celler finns tillgänglig vid Uppsala Universitet hos forskarassistent Thijs Ettemas forskargrupp inom SciLifeLab (www.scilifelab.se), Sveriges center för storskalig forskning inom biovetenskaperna. Den sökande som tilldelas tjänsten kommer att vara baserad hos Prof Helene Andersson-Svahns forskargrupp inom Nanobioteknologi vid KTH på SciLifeLabs Stockholmsavdelning. Anställningen, som finansieras av ett ERC starting grant (Ettema) vilka tilldelas under mycket hård konkurrens, är begränsad till en tvåårsperiod med beräknad start omkring september 2013. Efter ömsesidig överenskommelse kan en annan tjänst komma att erbjudas efter denna tvåårsperiod.

Thijs Ettemas forskargrupp använder framväxande genomikteknologier för analys av enskilda celler för att analysera de mikroorganismer som inte låter sig odlas under laboratorieförhållanden. Dessa organismer tros utgöra 99 % av alla mikrober på vår planet. Genom att kombinera dessa odlings-oberoende tekniker med "nästa generations" gensekvenseringsbaserade analysmetoder (jämförande genomik, fylogenetik) ämnar Prof Ettemas forskargrupp att studera icke-odlingsbara mikroorganismer ("mikrobiell svart materia") på genomisk nivå. Sådana studier kommer att belysa den samlade diversiteten och livets uppkomst på vår planet. Dessutom kan dessa studier t o m ge ledtrådar till hur komplext liv kan ha uppkommit.

Droppmikrofluidik är en teknikplattform som erbjuder mycket hög genomströmning baserat på pikoliterstora vätskekammare genererade med utomordentlig storlekskontroll och stabilitet, vilka kan manipuleras för att tillsätta reagens, dela eller sortera vätskekammare tusentals per sekund. Denna teknologi, som redan gjort det möjligt att miniatyrisera ett stort antal biologiska försök, är unikt skaffad att behandla och analysera enskilda celler då vätskekammarna som används är biokompatibla och av samma storleksordning som enskilda celler.

Uppgifter: Forskningsprojektet är fokuserat på utvecklingen av "nästa generations" genomikteknologier vilka kommer att tillåta studiet av stora mängder enskilda mikrobiella celler på genomnivå med hjälp av mikrofluidikarbetsflöden i forskningens framkant. Istället för att använda fluorescensaktiverad cell sortering (FACS) baserade metoder, vilket är standardmetoden för genomiska studier av enskilda celler kommer detta projekt att syfta till att kapsla in tusentals till miljontals av enskilda celler i pikoliterstora droppar för analys en och en. Huvuduppgiften för den postdoktorielle forskare som söks kommer att vara att utveckla och optimisera höggenomströmmande pikoliterdropp-baserade arbetsflöden för genomisk analys av enskilda celler. Som sådant ligger projektet i gränsytan mellan genomik och teknikutveckling.

För mer information om tjänsten kontakta Thijs Ettema (thijs.ettema@icm.uu.se), eller Helene Andersson Svahn (helenea@biotech.kth.se).

Fullständig annons och information om behöriget för att söka tjänsten finns på www.uu.se.