Postdoktor i genreglering och 3D-kromatinorganisation i glioblastom, 2 år

Vi söker en motiverad postdoktor för att studera glioblastom med inriktning mot genreglering och 3D-kromatinorganisation.

Postdoktoranställningen finansieras av Cancerfonden. Forskargruppen är anknuten till Wallenberg centrum för molekylär medicin vid Umeå Universitet (WCMM). WCMM grundades som en del av en nationell satsning av Knut och Alice Wallenbergs Stiftelse (KAW) för att stärka life science-forskningen i Sverige. WCMM vid Umeå universitet bygger på ett nära samarbete med Västerbottens läns landsting, övriga WCMM centra i Sverige samt SciLifeLab.

Forskargruppen är baserad på Umeå Centrum för Molekylär Medicin (UCMM) vid Umeå universitet. Vid institutionen finns stark forskning inom neurovetenskap, cancer, genetik, metabolism och imaging. Centret har tillgång till god infrastruktur och är väl utrustat med nödvändig instrumentering. I laboratoriet finns en stark bakgrund i genreglering och 3D-kromatinorganisation, musgenetik och grundläggande cancerforskning. Vi söker en entusiastisk och motiverad postdoktor till Silvia Remeseiros forskningsgrupp för att studera hur mutationer i den icke-kodande delen av arvsmassan bidrar till glioblastom.

Projektbeskrivning
Glioblastom är den vanligaste formen av alla primära hjärntumörer och den är också den mest dödliga och aggressiva. De flesta genetiska varianter som predisponerar för cancer finns i icke-kodande regioner i regulatoriska element. Mutationer i dessa regulatoriska element har stor inverkan på genuttryck i cancer. Trots att mutationer i icke-kodande DNA-sekvenser har identifierats i glioblastom, finns mycket liten kunskap om de mekanismer som gör att dessa regulatoriska regioner kan påverka sjukdomsutveckling.

Vi är intresserade av hur omprogrammering av regulatoriska regioner och topologiska förändringar i 3D-kromatin påverkar genuttryck i glioblastom, och hur detta därefter bidrar till heterogenitet och invasivitet.

Inom ramen för projektet kommer vi att använda nästa generations sekvenseringsmetoder, bioinformatik och genomredigering i både musmodeller av glioblastom samt gliomcellinjer isolerade från patienter. Huvudfokus kommer att ligga på att studera hur den regulatoriska och topologiska arkitekturen av genomet påverkar malignitet och bidrar till att integrera signaler från neuroner i den omgivande tumörmikromiljön för att reglera genuttryck i glioblastom.

Beskrivning av arbetsuppgifter
Arbetet inkluderar olika hel-genomsekvensering metoder (HiChIP, HiC, 4C-seq, ChIP-seq, RNA-seq, ATAC-seq). En stor del av arbetet är bioinformatik analyser, inklusive analyser av RNA-seq, ATAC-seq, ChIP-seq och HiChIP data. Arbetet inkluderar också musmodeller och cellinjer i kultur och genetisk manipulering (CRISPR / Cas9). 

Kompetenskrav
Den sökande skall ha doktorsexamen, eller utländsk examen som bedöms motsvara doktorsexamen, inom molekylärmedicin eller relaterad disciplin vid tidpunkten för rekryteringen. En stark bakgrund inom genomik och bioinformatik är ett krav. 

Tidigare erfarenhet av genomik tekniker (HIChIP, HiC/4C-seq, ChIP-seq, RNA-seq, ATAC-seq) är ett krav. Tidigare erfarenhet av bioinformatik är ett krav, inklusive Python och R tools, arbetet i ”computing clusters” som UPPMAX och analyser av HiChIP, RNA-, ChIP- och ATAC-seq data. Dokumenterad erfarenhet av Galaxy Toolshed, Scaffold, Perseus och MaxQuant är meriterande. Erfarenhet av cell odling och CRISPR/Cas9-teknik är mycket önskvärd färdighet. Dokumenterad erfarenhet av försöksdjur är önskvärt. Tidigare bakgrund i neurovetenskap och/eller glioblastom är meriterande. Publikationer inom genreglering, 3D-kromatinorganisation och/eller onkologi är meriterande. Kandidaten ska ha mycket goda kunskaper i engelska, såväl i tal som i skrift samt god förmåga att samarbeta, organisera sitt arbete och kommunicera forskningsresultat.

Vi söker en begåvad och nyfiken forskare med självständigt och kritiskt tänkande som tidigare deltagit i intressant och produktiv forskning och som har förmåga att arbeta såväl självständigt som tillsammans med övriga i forskargruppen. Den sökande ska kunna: 1) självständigt planera experiment, 2) bedriva forskning inom ramen för gruppens forskningsprogram, 3) etablera metoder, 4) analysera forskningsresultat, 5) kommunicera resultat och presentera data vid nationella och internationella vetenskapliga möten.

Anställningen är fullt finansierat i 2 år men kandidaten kommer också uppmuntras till att söka egna anslag.

Övriga upplysningar 
Start: Enligt överenskommelse

Eftersom anställning som postdoktor utgör en meriteringsanställning för juniora forskare, riktar vi oss främst till den som har en doktorsexamen som inte är äldre än tre år räknat från sista ansökningsdag. Om det finns särskilda skäl kan den komma i fråga som avlagt doktorsexamen tidigare. Med särskilda skäl avses ledighet på grund av sjukdom, föräldraledighet, klinisk tjänstgöring, förtroendeuppdrag inom fackliga organisationer eller andra liknande omständigheter, samt för ämnesområdet relevant tjänstgöring/uppdrag. 

Ansökan
Ansökan ska innehålla:

-     En kort beskrivning av dina forskningsintressen och motivering till ansökan (max en sida).
-     Curriculum vitae (CV) inkluderande tidigare positioner, publikationslista samt laboratorieteknisk expertis.
-     Kopior av examensbevis.
-     Kontaktinformation till två referenspersoner.

Ansökan skall göras via vårt e-rekryteringssystem Varbi och vara inkommen senast den 2022-11-30

Ytterligare information
För ytterligare information, vänligen kontakta biträdande lektor Silvia Remeseiro, UCMM / WCMM, via silvia.remeseiro@umu.se

http://www.umu.se/umea-centrum-for-molekylar-medicin/

http://www.umu.se/en/wallenberg-centre-for-molecular-medicine/