Postdoktor i maskininlärning för encellsanalys av genomet efter interferens

KTH är ett av Europas ledande tekniska universitet och en viktig arena för kunskapsutveckling. Som Sveriges största universitet för teknisk forskning och utbildning samlar vi studenter, forskare och fakultet från hela världen. Vår forskning och utbildning omfattar såväl naturvetenskap som alla grenar inom teknik samt arkitektur, industriell ekonomi, samhällsplanering, historia och filosofi.




Arbetsuppgifter
Prof Tuuli Lappalainens och Dr Stefan Bauers forskargrupper söker en postdoktor för ett samarbetsprojekt för att utveckla nya beräkningsmetoder för att härleda kausala regulatoriska nätverk i mänskliga celler från storskaliga sekvenseringar av pertuberade genom.

Storskaliga cellulära experiment in vitro efter genomeditering, exempelvis med CRISPR/Cas9, öppnar upp för nya möjligheter att kunna härleda orsaksmekanismer i cellers regulatoriska nätverk. Dessa experiment tillsammans med den allt större mängd data som finns lagrad om det mänskliga genomet har viktiga tillämpningar för att förstå de processer som ligger till grund för olika sjukdomar och identifikation av specifika läkemedelsmål.

Det finns en stor efterfrågan på nya maskininlärningsmetoder som bygger på aktiv och förstärkande inlärning, för att extrahera biologiskt meningsfulla insikter från komplexa multidimensionella data. Idealt sett bildar dessa metoder och data en återkopplingsslinga, där den statistiska slutsatsen möjliggör en ny, instruktiv prioritering av mål vid nästa uppsättning experiment.

Forsknings-och projektfokuset drivs alltså av verkliga utmaningar inom biomedicin med potential för hög vetenskaplig samhällelig påverkan. Arbetet täcker ett brett spektrum mellan teori och tillämpning, med stor flexibilitet för att anpassa projekt till din bakgrund och preferenser.

Du kommer ges möjligheten att arbeta med två laboratorium som sysslar med tillämpad spjutspetsforskning inom områdena maskininlärning och det mänskliga genomet:

Prof Tuuli Lappalainens forskargrupp studerar funktionell genetisk variation i mänskliga populationer. Forskargruppen är särskilt intresserade av att karakterisera hur genetiska varianter påverkar transkriptomet, samt hur cellförändringar bidrar till genetisk risk vid  vanliga och sällsynta sjukdomar och vid mänskliga egenskaper. Labbet är baserat på New York Genome Center i New York, USA, och vid KTH och SciLifeLab i Stockholm, Sverige.

Stefan Bauer är biträdande lektor vid KTH i Stockholm, knuten till Wallenberg AI (WASP) och en CIFAR Azrieli Global Scholar. Genom att använda och utveckla verktyg för kausalitet och djupinlärning fokuserar hans forskning på det långvariga målet med artificiell intelligens för att designa maskiner som kan extrapolera erfarenheter över miljöer och uppgifter.

Vi erbjuder
- En anställning på ett ledande tekniskt universitet som skapar kunskap och kompetens för en hållbar framtid
- Engagerade och ambitiösa kollegor samt en kreativ, internationell och dynamisk miljö
- Mentorskap inom både genomik och maskininlärning från ledande experter inom båda områdena 
- Kreativ roll som kombinerar hög grad av självständighet med mentorskap och nära interaktioner med andra teammedlemmar
- Möjlighet att utveckla banbrytande statistiska modelleringsmetoder för att lösa viktiga biologiska problem, med potential för stor samhällelig betydelse
- Möjlighet att bedriva samarbetsprojekt lokalt och internationellt och utveckla ett internationellt nätverk och profil som forskare

https://www.kth.se/om/work-at-kth/kth-your-future-workplace-1.49050

Kvalifikationer
Krav

- Avlagd doktorsexamen eller utländsk examen som bedöms motsvara en doktorsexamen i statistik, beräkningsbiologi eller liknande. Detta behörighetskrav ska vara uppfyllt senast vid tidpunkten då anställningsbeslutet fattas.
- Forskningserfarenhet av att använda eller utveckla statistiska metoder, med en gedigen programmeringsförmåga.
- Vi söker en person med vetenskaplig skicklighet och publikationslista, samt hög motivation att arbeta och briljera i ett tvärvetenskapligt team.

Meriterande

- Vid sista ansökningsdag högst tre år sedan doktorsexamen eller en utländsk examen som bedöms motsvara doktorsexamen avlades
- Det anses starkt meriterande med bakgrund inom biologi (där erfarenhet av beräkningsbiologi är väsentlig) och statistik (speciellt djupinlärning)
- Vi uppskattar en meritlista som visar samarbetsförmåga, självständighet och pedagogisk förmåga
- Medvetenhet om mångfalds- och jämställdhetsfrågor, med särskilt fokus på jämställdhet

Vi kommer att lägga stor vikt vid personliga egenskaper.

Fackliga representanter
Du hittar kontaktuppgifter till fackliga representanter på https://www.kth.se/om/work-at-kth/fackrepresentanter-1.500898.

Ansökan
Du ansöker via KTH:s rekryteringssystem. Du som sökande har huvudansvaret för att din ansökan är komplett när den skickas in.
Ansökan ska innehålla:  

- CV inklusive relevant yrkeserfarenhet och kunskap.
- Kopia av examensbevis och betyg från dina tidigare universitetsstudier. Översättningar till engelska eller svenska om de ursprungliga dokumenten inte utfärdas på något av dessa språk.
- Kortfattad redogörelse varför du vill bedriva forskning, dina akademiska intressen och hur de relaterar till dina tidigare studier och framtida mål (max 2 sidor).

Ansökan ska vara KTH tillhanda senast sista ansökningsdagen vid midnatt, CET/CEST (Central European Time/Central European Summer Time).

Om anställningen
Anställningen gäller tillsvidare, dock längst två år

En anställning som postdoktor är en tidsbegränsad meriteringsanställning med huvudinriktning mot forskning avsedd som ett första karriärsteg efter disputation.

Övrigt
Strävan efter jämställdhet, mångfald och lika villkor är både en kvalitetsfråga och en självklar del av KTH:s värdegrund.

För information om behandling av personuppgifter i samband med rekrytering läs mer här.


Vi undanber oss direktkontakt med bemannings- och rekryteringsföretag samt försäljare av platsannonser.