Postdoktor i maskininlärning inom strukturell bioinformatik

Linköpings universitet ledigförklarar en anställning som postdoktor i maskininlärning inom strukturell bioinformatik.

Arbetsuppgifter
Denna tjänst är en del av ett samarbete mellan de två största forskningsprogrammen i Sverige, Wallenberg AI, Autonomous Systems and Software Program (WASP) och SciLifeLabs och Wallenbergs nationella program för datadriven livsvetenskap (Data-Driven Life Science, DDLS). Målet är att lösa banbrytande tvärdisciplinära forskningsfrågor.

Tjänsten är en del av forskningsprojektet ” Data-driven application to protein-protein interactions”, som är ett gemensamt tvärvetenskapligt forskningsprojekt mellan professor Björn Wallner vid Linköpings universitet (Björn Wallner - LiU) och universitetslektor Alexey Amunts vid SciLifeLab (Alexey Amunts - SU) med syfte att använda och utveckla AI-metoder för att förstå protein-protein-interaktioner och tillämpa dem på biologiskt relevanta problem för vilka vi har cryo-EM-data. Projektet går ut på att använda befintliga metoder, som AlphaFold, och att utveckla nya AI-metoder som är specifikt anpassade till problemet och tillgängliga data. Tjänsten är baserad vid AI för strukturbiolog vid LiU, men innefattar samarbete med cryo-EM vid SciLifeLab.

Vi söker en motiverad, oberoende postdoktor inom AI och maskininlärning och/eller strukturbiologi som är intresserad av att lära sig nya metoder. Centralt i projektet är utvecklingen av metoder som införlivar experimentella data eller annan information i AI-metoderna för att förbättra förutsägelser och modelleringsmöjligheter.

AI för strukturbiologi vid LiU är den ledande gruppen för strukturell bioinformatik i Sverige och har bidragit med flera idéer och metoder som används av AlphaFold (användandet av rawMSA och DockQ score). Gruppen är placerad tillsammans med experimentella grupper i strukturbiologi vid institutionen för att säkerställa att de utvecklade metoderna är relevanta och lätta att tillämpa. Det aktuella forskningsfokuset ligger på hur man kan införliva proteindynamik och flexibilitet i modellerna för att möjliggöra en djupare förståelse för proteinfunktion. Gruppen har tillgång till det nyinstallerade Berzelius GPU-klustret. Berzelius är en NVIDIA® SuperPOD som består av 60 NVIDIA® DGX-A100 beräkningsnoder från Atos. Varje DGX-A100-nod är utrustad med 8 NVIDIA® A100 Tensor Core GPU:er, med 40GB HBM2 VRAM var, 2 AMD Epyc™ 7742 processorer, 1 TB RAM och 15 TB lokal NVMe SSD lagring.

Cryo-EM vid SU består av tre doktorander och tre postdoktorer. Gruppen har tillgång till en toppmodern cryo-EM-anläggningen utrustad med Titan Krios-mikroskop med K3 direktelektrondetektorer. Forskningsfokus ligger på stora multiproteinkomplex involverade i bioenergetik.

Den postdoktorala tjänsten erbjuder en möjlighet att vidareutveckla din forskningsprofil då större delen av arbetstiden ägnas åt forskning. Som postdoktor förväntas du arbeta självständigt och kunna handleda magisterstudenter och doktorander. Även undervisning av studenter på grundnivå kan komma att ingå i arbetsuppgifterna, dock till högst en femtedel av arbetstiden.

Dina kvalifikationer
För att vara behörig till anställning som postdoktor har du avlagt doktorsexamen eller har en utländsk examen som bedöms motsvara doktorsexamen. Din examen ska vara avlagd senast vid tidpunkten då anställningsbeslutet fattas.

Det är meriterande om din examen är avlagd högst tre år före sista ansökningsdag för denna anställning. Om det finns särskilda skäl kan den komma i fråga som avlagt doktorsexamen tidigare, exempelvis vid olika typer av lagstadgade ledigheter.

Vi söker dig som har en doktorsexamen inom ett relevant område, som bioinformatik, datavetenskap eller strukturbiologi. Tidigare erfarenhet av maskininlärning, artificiell intelligens och/eller strukturbiologi är ett krav. Den sökande bör även ha erfarenhet av programmering, gärna Python eller motsvarande språk. God kommunikativ förmåga och flytande engelska i tal och skrift är ett krav. Vana att arbeta med stora datamängder i HPC-miljö är också meriterande.

Om anställningen
Anställningen är en tidsbegränsad anställning på två år med möjlighet till förlängning med en sammanlagd anställningstid på högst tre år. Anställningen som postdoktor är på heltid.

Fackliga kontaktpersoner
Information om fackliga kontaktpersoner, se Hjälp för sökande

För mer information om anställningen:
https://liu.se/jobba-pa-liu/lediga-jobb?rmpage=job&rmjob=18939&rmlang=SE


Vi välkomnar sökande med olika bakgrund, erfarenheter och perspektiv, det berikar och utvecklar vår verksamhet. För oss är det självklart att värna om allas lika värde, rättigheter och möjligheter. Läs om vårt arbete med Lika villkor.

Välkommen med din ansökan!


Linköpings universitet har upphandlade avtal och undanber oss direktkontakt från bemannings- och rekryteringsföretag samt försäljare av platsannonser.