Postdoktor i spatial single-cell multi-omics

vid Institutionen för biokemi och biofysik. Sista ansökningsdag: 2021-09-05, förlängd ansökningstid: 2021-09-13

Mats Nilssons forskargrupp vid Institutionen för biokemi och biofysik (DBB) är belägen vid SciLifeLab i Solna och söker nu en postdoktor för att utföra och optimera spatial single-cell multi-omics-teknik.

Projektbeskrivning
Spatial omics är ett snabbt växande område som ger nya insikter i vävnaders och organs rumsliga organisation på molekylär nivå. Enheterna för Targeted Spatial Omics (TSO) inom SciLifeLab Spatial and Single Cell Biology-plattformen har lanserats i år med uppgift att tillhandahålla in situ-sekvensering (ISS, PI: Mats Nilsson/Chika Yokota), single-moleule fluorescence in situ hybridization (smFISH, PI: Magda Bienko/Xiaoze Li Wang) och multiplexed immunofluorescence (CODEX, PI: Emma Lundberg/Charlotte Stadler) till forskare över hela landet. Plattformen har också till uppgift att utveckla nya analytiska förmågor och det kommer bli den sökta postdoktorns huvuduppgift. Anställningen är nära kopplad till plattformens enheter och till forskningsgrupperna vid SciLifeLab som är pionjärer inom dessa rumsliga omik-metoder.

Med stöd av ett särskilt anslag från Vetenskapsrådet finns det en ledig plats för en postdoktor vid Mats Nilssons grupp inom spatial single-cell multi-omics. Syftet med projektet är att upprätta integrerade protokoll för TSO-teknik för att göra det möjligt för ett brett forskarsamhälle, särskilt inom bioteknik/läkemedel och sjukhus, att effektivt använda denna toppmoderna teknik. Projektet kommer att inriktas på att utveckla användbara analysmetoder för klinisk onkologisk forskning. För närvarande finns det inget protokoll för att integrera ISS/FISH/CODEX på samma prov. Det är dock önskvärt med multimodal datainsamling från samma vävnadsavsnitt, särskilt när det gäller värdefulla prover, t.ex. små biopsier. Särskilt fokus kommer därför att ligga på att identifiera optimala förhållanden som gör det möjligt att utföra olika typer av sekventiella analyser på samma prov.

Arbetsuppgifter
Postdoktorn ska delta i forskningsprojekt samt aktivt delta och bidra till allmänna gruppaktiviteter och ansvarsområden. Till arbetsuppgiften hör att vara ansvarig för att upprätta protokoll för sekventiella analyser, t.ex. (i) DNA/RNA FISH följt av CODEX; (ii) ISS följt av CODEX; (iii) mutationsdetektion genom ISS följt av CODEX. Den framgångsrika kandidaten kommer därför att ha ett nära samarbete med TSO:s forskargrupper och plattformen för att gemensamt utveckla laboratorieforskningsprotokoll, bland annat hantering av vävnader, TSO-teknik, hantering av känsliga instrument t.ex. fluorescensmikroskop och vätskehanteringsrobotar, samt lagring, delning och spårning av prover och data. I rollen ingår också att inrätta arbetsflöden för integrerad analys av data, främst i samarbete med bioinformatiker från bioinformatikplattformen vid SciLifeLab.

Behörighetskrav
Med postdoktor avses en arbetstagare som anställs i huvudsak för forskning och som har avlagt doktorsexamen eller har en utländsk examen som bedöms motsvara doktorsexamen.

Bedömningsgrunder
Se den fullständiga annonsen.

Anställningsvillkor
Anställningen avser heltid och gäller tills vidare, dock längst två år, med möjlighet till förlängning om det finns särskilda skäl. Tillträde snarast möjligt eller enligt överenskommelse.

Stockholms universitet strävar efter att vara en arbetsplats som är fri från diskriminering och ger lika möjligheter för alla.

Kontakt
Upplysningar om anställningen lämnas av professor Mats Nilsson, tfn 073-053 78 76, mats.nilsson@scilifelab.se.

Fackliga företrädare
Se den fullständiga annonsen.

Ansökan
Du söker anställningen via Stockholms universitets rekryteringssystem. Du som sökande ansvarar för att ansökan är komplett i enlighet med annonsen och att den är universitetet tillhanda senast sista ansökningsdag.

OBS! Den fullständiga annonsen hittar du på Stockholms universitets webbplats www.su.se/jobb under Lediga jobb.

Anvisningar för sökande finns på webbsidan: att söka en anställning.

Välkommen med din ansökan!


Stockholms universitet bidrar till det hållbara demokratiska samhällets utveckling genom kunskap, upplysning och sanningssökande.