Postdoktor inom AI-drivna Automated Microscopy Imaging Systems

Arbetsuppgifter
Science for Life Laboratory (SciLifeLab) är ett nationellt centrum för molekylär biovetenskap med fokus på hälso- och miljöforskning.

Kombinationen av den mycket tvärvetenskapliga kompetensen och forskningsprojekten vid institutionen är unik i Sverige och även på internationell nivå. Denna expertis sträcker sig över cellbiologi, biokemi, biofysik och teori. Nyligen startade SciLifeLab och Wallenberg National Program https://www.scilifelab.se/data-driven/ för att påskynda biovetenskaplig forskning genom innovationer inom AI och datavetenskap.

AICell Lab (https://aicell.io/) vid avdelningen för tillämpad fysik vid KTH och SciLifeLab är en ny forskargrupp finansierad av DDLS Fellows-programmet. Gruppen, ledd av Wei Ouyang, fokuserar på att bygga AI-system för datadriven cell- och molekylärbiologi. För att utöka teamet söker vi nu en postdoktor för att utveckla AI-drivna automatiserade mikroskopiavbildningssystem.

Målet med projektet är att bygga en smart mikroskopibildande farm för massiv produktion av bilddata. Den består av flera mikroskop och fluidsystem, robotarmar, vätskehanteringsrobotar och automatiska inkubatorer. Farm kommer att användas för att utföra automatiserad widefield-/fluorescensavbildning, långtidsavbildning av levande celler, spårning, spatial-omics och multiplexerande avbildning. Med den AI-drivna kontrollmjukvaran analyseras data i realtid, utökade vyer läggs till. Genom att generera återkopplingskontrollsignaler för att styra mikroskopet kommer programvaran automatiskt att ändra synfält, belysningsstyrka och andra experimentella förhållanden för att optimera fototoxiciteten och fånga sällsynta händelser i levande celler.

Kandidaten förväntas utveckla ett integrerat system med mikroskop, fluidstyrning, robotarmar samt kontrollmjukvaran. Projektet är ett samarbete med vår samarbetspartner i https://wasp-sweden.org/ och byggt på vårt tidigare arbete (t.ex. https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.12.28.424613v1, https://www.nature.com/articles/s41592-019-0627-0) från oss eller våra samarbetspartners vid Stanford University.

Vi erbjuder
- En anställning på ett ledande tekniskt universitet som skapar kunskap och kompetens för en hållbar framtid
- Engagerade och ambitiösa kollegor samt en kreativ, internationell och dynamisk miljö
- Samarbetsmöjligheter med ledande forskningsinstitutioner och universitet i Europa och USA
- Lärande och utveckling i en ung och ambitiös forskargrupp

https://www.kth.se/om/work-at-kth/kth-your-future-workplace-1.49050

Kvalifikationer
Krav

- Avlagd doktorsexamen eller utländsk examen som bedöms motsvara en doktorsexamen. Detta behörighetskrav ska vara uppfyllt senast vid tidpunkten då anställningsbeslutet fattas.
- Förmågan att uttrycka dig på engelska då det krävs i det dagliga arbetet

Meriterande

- Vid sista ansökningsdag högst tre år sedan doktorsexamen eller en utländsk examen som bedöms motsvara doktorsexamen avlades.
- Du är driven, kunnig och nyfiken på att utveckla automatiserade system
- Stark bakgrund inom elektronik, optik och maskinteknik
- Behärskar programmeringsspråk som Python och C/C++, Javascript, Bash
- Tidigare erfarenhet av att bygga mikroskop, fluidik och robotsystem
- Tidigare erfarenhet av att bygga AI-modeller, MLops och verktyg
- Kunskaper i cellbiologi
- Kunskaper inom digital bildanalys och datorseende
- Kunskaper om webbteknologier (t.ex. nätverkskommunikation, webbläsarstandarder, containerisering och kubernetes)
- Kunskaper inom mjukvarudesign, webbtjänster och distribuerade datorsystem
- Samarbetsförmåga och vetenskaplig kommunikation
- Självständighet
- Pedagogisk förmåga
- Medvetenhet om mångfalds- och jämställdhetsfrågor, med särskilt fokus på jämställdhet

Vi kommer att lägga stor vikt vid personliga egenskaper.

Fackliga representanter
Du hittar kontaktuppgifter till fackliga representanter på https://www.kth.se/om/work-at-kth/fackrepresentanter-1.500898.

Ansökan
Du ansöker via KTH:s rekryteringssystem. Du som sökande har huvudansvaret för att din ansökan är komplett när den skickas in.

Ansökan ska innehålla: 

- CV inklusive relevant yrkeserfarenhet, kunskap och representativa publikationer. Vänligen tillhandahåll även ditt Github/Gitlab/Bitbucket etc. om möjligt.
- Kopia av examensbevis och betyg från dina tidigare universitetsstudier. Översättningar till engelska eller svenska om de ursprungliga dokumenten inte utfärdas på något av dessa språk.
- Kortfattad redogörelse för varför du vill bedriva forskning, dina akademiska intressen och hur de förhåller sig till dina tidigare studier och framtida mål. max 2 sidor lång.

Ansökan ska vara KTH tillhanda senast sista ansökningsdagen vid midnatt, CET/CEST (Central European Time/Central European Summer Time).

Om anställningen
Anställningen gäller tillsvidare, dock längst två år

En anställning som postdoktor är en tidsbegränsad meriteringsanställning med huvudinriktning mot forskning avsedd som ett första karriärsteg efter disputation.

Övrigt
Strävan efter jämställdhet, mångfald och lika villkor är både en kvalitetsfråga och en självklar del av KTH:s värdegrund.

För information om behandling av personuppgifter i samband med rekrytering läs mer här.


Vi undanber oss direktkontakt med bemannings- och rekryteringsföretag samt försäljare av platsannonser.



 

Om KTH

KTH är ett av Europas ledande tekniska universitet och en viktig arena för kunskapsutveckling. Som Sveriges största universitet för teknisk forskning och utbildning samlar vi studenter, forskare och fakultet från hela världen. Vår forskning och utbildning omfattar såväl naturvetenskap som alla grenar inom teknik samt arkitektur, industriell ekonomi, samhällsplanering, historia och filosofi. https://www.kth.se/om/om-kth-1.885102