Postdoktor inom beräkningsbiokemi

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Det yttersta målet är att bedriva utbildning och forskning av högsta kvalitet och relevans för att göra långsiktig skillnad i samhället. Vår viktigaste tillgång är alla de individer som med sin nyfikenhet och sitt engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser. Uppsala universitet har drygt 54 000 studenter, mer än 7 500 anställda och en omsättning på cirka 8 miljarder kronor.




https://uu.

se/om-uu/jobba-hos-oss/

Institutionen för kemi – BMC bedriver forskning och utbildning inom analytisk kemi, biokemi och organisk kemi. Drygt 100 personer arbetar på institutionen. Nya medarbetare och studenter rekryteras från hela världen och engelska är det huvudsakliga arbetsspråket. Institutionen är belägen vid Biomedicinskt Centrum i Uppsala där det finns goda möjligheter till samarbeten med forskargrupper inom biologi, farmaci, medicin och SciLifeLab samt tillgång till avancerad infrastruktur för experimentella och teoretiska studier. Läs mer om forskningen vid Inst. för kemi – BMC på vår hemsida: https://www.kemi.uu.se/bmc/forskning. 

Projektbeskrivning
Tillsammans med det internationella och multidisciplinära teamet av forskare, syftar iSenseDNA till att utveckla DNA-nanotransduktorer, genom att utnyttja aktiviteten hos konstruerade topoisomeraser. De skräddarsydda DNA-nanotransduktorerna kommer att användas för både detektion och konformationsanalys av molekylär dynamik i en funktionell enhet. iSenseDNA kommer att använda bioinformatiska tillvägagångssätt för att förutsäga 3D-strukturen av konformationstillstånd som modellerar realtidsutvecklingen av interagerande DNA-NT och proteiner, och maskininlärningsmodeller (ML) för att direkt länka den atomistiska strukturen, konformationstillståndet och dynamiken, tillsammans med den optiska bedömning av protein-DNA-NT-interaktion med hjälp av linjära och "On-chip" icke-linjära spektroskopier för att detektera vibrationssignaturerna hos organiska molekylära system, och känna igen de strukturella förändringarna i den optiska signalen i realtid. Vår grupp, med expertis inom enzymevolution och struktur-funktion-dynamiska relationer i biomolekylära system, kommer att fokusera på beräkningsmodellering av topoisomeraser för att utveckla en "nästa generations klass av enzymer" för att producera skräddarsytt DNA-NT och studera dynamiken hos interaktionsproteiner-DNA-NT, med användning av ett brett utbud av beräkningstekniker, inklusive simuleringar av molekyldynamik, beräkningar av fri energi och olika förbättrade provtagningsmetoder.

Om du vill läsa mer om projektet och gruppen följ dessa länkar: https://www.isensedna.eu
och https://kamerlinlab.com

Arbetsuppgifter
Ur ett vetenskapligt perspektiv kommer denna position att involvera beräkningsintegrering av simulerings- och experimentdata med användning av en rad molekylära simuleringsverktyg, inklusive både konventionella och förbättrade molekylära dynamiksimuleringar, empiriska valensbindningar och QM / MM-simuleringar, fria energiberäkningar för att föreslå en eller flera punktmutationer, samt bioinformatiska verktyg för strukturell förutsägelse. Det kommer också att innehålla resor till konferenser och projektmöten med samarbetspartners samt deltagande i uppsökande projektaktiviteter. Du kommer att förväntas ta ansvar för genomförandet av ditt projekt och att bidra kreativt till vårt teams forskningsprogram.

Kvalifikationskrav
Doktorsexamen eller en utländsk examen som bedöms motsvara doktorsexamen i beräkningskemi, beräkningsbiologi, biologisk fysik, eller annat relevant ämne. Examen ska vara uppfyllt senast vid tidpunkten då anställningsbeslutet fattas. Främst bör den komma ifråga som har avlagt examen för högst tre år sedan. Vid beräkning av ramtiden om tre år är utgångspunkten sista ansökningsdag. Om det finns särskilda skäl kan sådan examen ha avlagts tidigare. Med särskilda skäl avses ledighet på grund av sjukdom, föräldraledighet, förtroendeuppdrag inom fackliga organisationer, etc. Ytterligare arbetserfarenhet inom området proteinteknik och 3D-strukturförutsägelse anses vara avgörande för rollen.

Vi lägger även stor vikt vid personliga egenskaper som kreativitet, entusiasm och flexibilitet samt positiv inställning till att arbeta i team. Den sökande kommer att ansvara för en del av ett stort och utmanande projekt och det krävs förmåga att arbeta självständigt och ta ansvar.

Kandidater måste kunna uttrycka sig mycket väl i tal och skrift på engelska.

Önskvärt/meriterande i övrigt
Antigen (1) erfarenhet av modellering av enzymreaktionsmekanismer och/eller enzymfunktion-dynamiska relationer, i samband med att förstå enzymutveckling eller för biokatalytiska tillämpningar, och modellering av enzym-DNA-interaktion eller (2) erfarenhet av att använda förbättrade provtagningsmetoder (såsom replikutbyte eller metadynamics) för att studera biomolekylära system, med särskild preferens för studier av konformationsdynamikens roll i enzymteknik eller evolution anses vara ett plus.

Observera att uppmärksamhet kommer att ägnas inte bara övergripande vetenskapliga prestationer, utan vetenskapliga prestationer i förhållande till karriärstadiet och år av forskningserfarenhet.

Alla kvalifikationskrav kommer att bedömas genom intervju samt personliga referenser.

Om anställningen
Anställningen är tidsbegränsad på 2 år enligt centralt kollektivavtal. Omfattning är 100 %. Tillträde enligt överenskommelse. Placeringsort: Institutionen för Kemi – BMC, Uppsala Universitet

Upplysningar om anställningen lämnas av: Antonietta Parracino and Mikeal Widersten
E-post: antonietta.parracino@kemi.uu.se, Telefon: +4670-01679430, +4618-471 5697.
E-post: Mikael.Widersten@kemi.uu.se, Telefon: +460736951863 +46018471 4992

Välkommen med din ansökan senast den 30 januari 2023, UFV-PA 2022/5014

Observera att detta är en förkortad version av annonsen. För att se den fullständiga annonsen vänligen klicka på ”Ansök här” eller se Uppsala universitets hemsida: https://www.uu.se/jobb

Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp.


Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem.