Postdoktor inom bioinformatik & rumslig modellering med metabarcoding data

Vid institutionen för organismbiologi bedriver vi undervisning och forskning om evolution, utveckling och funktion på organismnivå.

För mer information se https://www.iob.uu.se/

På Biodiversity Data Lab (https://www.biodiversity.se/)arbetar vi i skärningspunkten mellan beräkningsbiologi och biodiversitetsforskning, och utvecklar nya beräkningsmetoder och arbetsflöden för fältarbete/laboratoriearbete för att kvantifiera biodiversitetens komplexitet, med huvudsakligt fokus på terrestra system. Vi är en ung och dynamisk forskargrupp med uppdraget att bidra till att lindra den pågående biodiversitetskrisen genom vår forskning. Vi värderar innovativa idéer, en kollegial och icke-hierarkisk atmosfär samt forskning av hög kvalitet och stort genomslag. Och framför allt njuter vi av det vi gör!

Arbetsuppgifter/Projektbeskrivning
Metabarcoding av miljö-DNA-prover ger oöverträffade möjligheter för biodiversitetsforskning, eftersom det erbjuder omfattande biodiversitetsinventeringar av en given plats över hela livets träd. Trots vissa befintliga metodologiska begränsningar som leder till bias i artidentifiering, representerar dessa data en sann revolution inom biodiversitetsbedömningar, eftersom vi för första gången kan detektera den stora dolda mångfalden av obeskrivna och taxonomiskt oansenliga arter, som utgör mer än 80% av alla arter på denna planet. I detta projekt kommer vi att utnyttja potentialen i dessa data och använda dem i traditionella statistiska modeller för modellering av arters utbredning och modellering av arters rikedom. Vi kommer också att utforska potentialen i nya djupinlärningsmetoder, som bygger på anpassade modeller utvecklade i vår tidigare och pågående forskning på Biodiversity Data Lab.

Mer specifikt kommer projektet att bestå av följande större steg:

- Datautvinning och organisering av metabarcoding data från offentliga databaser och dataset tillhandahållna av samarbetspartners
- Bearbetning av metabarcoding dataset med hjälp av intern bioinformatisk pipeline (denna pipeline är redan fullt funktionsduglig, men kan kräva specifika anpassningar för vissa dataset)
- Utdragning av geografisk information från enskilda arters/ASV-sekvenser från metabarcoding dataset, inklusive närvaro och frånvaro
- Sammanställning av miljöprediktorer, inklusive fjärranalysdata (med vår befintliga pipeline får du tillgång till >60 miljöprediktorer för en given plats)
- Modellering av arters utbredning med konventionella metoder såväl som skräddarsydda neuronnätverksmetoder (om detta passar kandidatens bakgrund och/eller intresse)

Vi har redan utforskat genomförbarheten av detta projekt med en liten pilotstudie där vi sammanställde mer än 2000 metabarcodingsprover, som visade lovande resultat. Din roll kommer att vara att leda projektet inklusive de ovan listade stegen, och leda publiceringen av resultaten som försteförfattare. Under hela projektets varaktighet kommer du att ha tillgång till domänkunskap om metabarcoding data från andra medlemmar i Biodiversity Data Lab, till metodologisk expertis genom vår AI-konsult, och till bioinformatiskt stöd från NBIS supportcenter, vid behov. Vi ser fram emot att ha dig i vårt team!

Kandidaten kommer huvudsakligen att ägna tiden åt sin egen forskning. Andra institutionsarbete, såsom undervisning eller administration kan vara en del av positionen, baserat på intresse och tillgänglighet (maximalt 20% av heltid, förlänger tjänstens varaktighet i enlighet därmed). Sökanden måste vara berättigad till en postdoktoranställning vid Uppsala universitet. 

Kvalifikationskrav
Doktorsexamen i biologi eller en utländsk examen som motsvarar en doktorsexamen i biologi. Examen ska vara uppfyllt senast vid tidpunkten då anställningsbeslutet fattas. De som har erhållit en doktorsexamen mindre än tre år före ansökningstidens utgång betraktas främst för anställningen. Startpunkten för den treåriga perioden är ansökningstidens utgång. Den treåriga perioden kan förlängas på grund av omständigheter såsom sjukledighet, föräldraledighet, uppdrag i fackföreningar osv.

Vi söker en mycket motiverad kandidat som gillar utmaningar och kan utforska nya idéer självständigt. Den ideala sökanden har bakgrund inom arbete med genomiska data, helst inom kontexten av eDNA, och bör vara bekväm med bioinformatik och grundläggande statistik. Kandidaten bör ha utmärkta kommunikationsförmågor (talad och skriven engelska).

Ytterligare kvalifikationer
Vid tillsättningen av denna position syftar universitetet till att rekrytera den person som, i en kombinerad bedömning av kompetens, färdigheter och dokumenterade kvalifikationer, bedöms vara mest lämpad att utföra och utveckla det aktuella arbetet och bidra till en positiv utveckling av institutionen. Ytterligare värdefulla kvalifikationer inkluderar kodningserfarenhet i Python, R, eller liknande, samt erfarenhet av arbete på beräkningskluster. Erfarenhet av modellering av arters utbredning och/eller andra rumsliga analyser är ytterligare meriter som är relevanta för positionen.

Observera att detta är en förkortad version av annonsen. För att se den fullständiga annonsen vänligen klicka på ”Ansök här” eller se Uppsala universitets hemsida: https://uu.se/jobb/

Om anställningen
Anställningen är tidsbegränsad i minst 2 och högst tre år år enligt centralt kollektivavtal. Omfattningen av anställningen är 100 %. Startdatum 2024-04-01 eller enligt överenskommelse. Placering: Uppsala

För ytterligare information om anställningen, vänligen kontakta: Tobias Andermann, tobias.andermann@ebc.uu.se.

Välkommen med din ansökan senast den 29 februari 2024, UFV-PA 2024/380. 

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Det yttersta målet är att bedriva utbildning och forskning av högsta kvalitet och relevans för att göra skillnad i samhället. Vår viktigaste tillgång är alla 7 500 anställda och 54 000 studenter som med nyfikenhet och engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser.


Läs mer om våra förmåner och hur det är att jobba inom Uppsala universitet
https://uu.se/om-uu/jobba-hos-oss/


Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp.


Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem.