Postdoktor: Maskininlärning i genetiska associationsstudier

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Uppgiften är att bedriva forskning och utbildning av högsta kvalitet och att på olika sätt samverka med samhället. Vår viktigaste tillgång är alla de individer som med sin nyfikenhet och sitt engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser. Uppsala universitet har 46.000 studenter, 7.300 anställda och en omsättning på 7,3 miljarder kronor.




Institutionen för immunologi, genetik och patologi vid Uppsala universitet (http://www.

igp.uu.se) har en bred forskningsprofil med starka forskargrupper inriktade på bl.a. cancer, autoimmuna och genetiska sjukdomar. En av grundtankarna vid institutionen är att stimulera translationell forskning och därmed en närmare samverkan mellan medicinsk forskning och sjukvården. Forskning bedrivs inom medicinsk och klinisk genetik, klinisk immunologi, patologi, neuroonkologi, vaskulärbiologi, strålningsvetenskap samt molekylära verktyg. Delar av verksamheten är även integrerad med avdelningarna för onkologi, klinisk genetik, klinisk immunologi, klinisk patologi och sjukhusfysik vid Akademiska sjukhuset. Institutionen har undervisningsuppdrag på ett antal programutbildningar och masterprogram inom den medicinska fakulteten samt ett antal utbildningar inom teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet. Institutionen omsätter omkring 420 miljoner kronor, varav drygt hälften är externa forskningsbidrag. Antalet anställda är ca 345, varav ca 100 är doktorander, och det finns totalt över 700 verksamma i arbetsstyrkan. 

Arbetsuppgifter/Projektbeskrivning: Postdoktorn kommer att vara anställd i Dr. Åsa Johanssons forskargrupp (https://www.uu.se/en/research/ai4research/ och https://igp.uu.se/research/genetics_genomics/asa-johansson/). Projektet kommer att fokusera på maskininlärning (ML)/ artificiell intelligens (AI)-verktyg för analys av helgenomsekvensdata i relation till olika humana fenotyper. Den primära uppgiften är att bygga modeller för proteinnivåer och kvantitativa sjukdomsrelaterade fenotyper, med speciellt fokus på att utvärdera hur olika metoder presterar i relation till lågfrekventa sekvensvarianter. Det primära syftet är att utveckla nya verktyg för associeringsstudier som är baserade på ML/AI snarare än standard GWAS-metoder. Det sekundära målet är att konstruera modeller för att identifiera högriskindivider som är mer lämpade för klinisk intervention. I arbetsuppgifterna ingår planering, genomförande av dataanalys, sammanställning av resultat, samt skrivande och publicerande av vetenskapliga arbeten. I arbetet ingår även att bidra till skrivandet av forskningsansökningar och viss handledning (max 20%) av doktorander och studenter.

Kvalifikationskrav: För anställning som postdoktor ska du ha doktorsexamen, eller en utländsk examen som bedöms motsvara doktorsexamen, i x. Examen ska ha avlagts högst tre år före ansökningstidens utgång. Om det finns särskilda skäl kan examen vara äldre än tre år. Med särskilda skäl avses ledighet på grund av sjukdom, föräldraledighet, förtroendeuppdrag inom fackliga organisationer etc.

Specifika kvalifikationer för tjänsten är: Tidigare forskningserfarenhet av maskininlärningsmetoder såsom neurala nätverk. Erfarenhet av bioinformatiska eller statistiska analyser av storskalig, epidemiologisk, genetisk eller transkriptionsdata.
God förmåga att uttrycka sig såväl muntligt som skriftligt på engelska. God samarbets- och kommunikationsförmåga. Dokumenterad erfarenhet av att sammanställa och publicera vetenskapliga artiklar inom närliggande område.

Önskvärt och/eller meriterande i övrigt: Dokumenterad erfarenhet av att använda maskininlärningsmetoder för analys av genetiska data. Uppsala universitet värdesätter de kvaliteter som jämn könsfördelning och mångfald tillför verksamheten. Vi ser därför gärna sökande av alla kön och med olika födelsebakgrund, funktionalitet och livserfarenhet.

Lön: Individuell lönesättning.

Tillträde: 2021-01-01 eller enligt överenskommelse.

Anställningsform: Tidsbegränsad anställning på 2 år.

Anställningens omfattning: 100%.

Upplysningar om anställningen lämnas av: Åsa Johansson, asa.johansson@igp.uu.se.

Välkommen med din ansökan senast den 7 januari 2021, UFV-PA 2020/4109.

Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp.


Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem.