Postdoktortjänst i akvatiska svampsamhällen i arktisk miljö

Institutionen för vatten och miljö
Institutionen för vatten och miljö (www.slu.se/vatten-miljo) är ett kompetenscentrum för tillämpad miljöforskning med ett nationellt ansvar för övervakning av miljötillståndet i svenska sjöar och vattendrag med avseende på vattenkemi, miljöförorening och akvatisk biota. Forskningen vid institutionen fokuserar på geokemiska och hydrologiska processer, akvatisk ekologi och biodiversitet, samt akvatisk ekotoxikologi och miljökemi. Institutionen har drygt 130 anställda varav ca hälften utgörs av forskare/doktorander och den andra hälften av teknisk och administrativ personal. Vi ingår i SLU:s Mark-Vatten-Miljöcentrum på Campus Ultuna i Uppsala. Den breda kompetensen bland de 300 personerna i klustret i kombination med en välutrustad infrastruktur skapar en unik plattform för forskning av hög kvalitet samt miljöövervakning och utvärdering.
Läs mer om våra förmåner och hur det är att jobba inom SLU på www.slu.se/om-slu/jobba-pa-slu/

Arbetsuppgifter:
Du kommer att arbeta i en dynamisk forskargrupp inom akvatisk mikrobiell ekologi och biogeokemi. Vi studerar mikroorganismer och deras processer i sjöar och andra akvatiska ekosystem med hjälp av en kombination av molekylära, cellulära och isotopmetoder. Verktyg som storskalig metagenomsekvensering och encellsanalyser används flitigt och forskningen omfattar både fältarbete och laboratorieexperiment. Postdoktorn kommer att engagera och leda ett forskningsprojekt för att studera den ekologiska rollen för akvatiska svampsamhällen i Arktis. Den tinande permafrosten förändrar det arktiska landskapet, vilket leder till uppkomsten av smältvattendammar som tar emot en stor mängd organiskt material från tinande torv som gör dem till hotspots inom kolets kretslopp. Det är fortfarande en öppen fråga vad som är bidraget från vattenlevande svampsamhällen i nedbrytningen av det lösta organiska materialet i dessa dammar, och vi letar efter en mycket motiverad kandidat för att studera deras funktionella roll.

Arbetet kommer att bestå av att analysera en stor uppsättning metagenomiska data med hjälp av en mängd olika bioinformatiska verktyg för att utvärdera kolnedbrytningspotentialen hos svampsamhällen längs en upptiningsgradient. I arbetet ingår även att genomföra en provtagningskampanj i Abisko under sommaren för att provta framväxande smältvattendammar. Vi kommer att använda encellsgenomik, metagenomsekvensering och kolassimileringsanalyser för att lära oss mer om de akvatiska svamparnas förmåga att bryta ned det lösta organiska materialet. Som postdoktor kommer du att engagera dig i oberoende forskning, men göra det som en del av ett lokalt och internationellt team av forskare. Detta arbete är en del av ett internationellt samarbetsprojekt och kommer att ske i Sverige och Tyskland, i samarbete med Münchens tekniska universitet. Du kommer att kunna påverka studiedesignen och kommer att få redovisa arbetet i vetenskapliga publikationer. Det kommer även att finnas möjligheter att träna och lära sig nya tekniker och att handleda studentprojekt.

Kvalifikationer:
Vi söker dig som kan genomföra ett 3-årigt projekt, där en del av forskningen ska bedrivas i Tyskland från juli 2023 till augusti 2025. Sökanden måste ha en gedigen utbildning och doktorsexamen i biologi, bioteknik eller relaterade ämnen, med starka meriter inom miljömikrobiologi/genomik. Meriterande är tidigare erfarenhet och publikationer om akvatiska svampsamhällen och arktiska sötvattensekosystem som påverkas av upptining. Kandidaten ska vidare ha en dokumenterad erfarenhet och kunskap som är tillräcklig för att använda moderna DNA/RNA-baserade metoder för att analysera komplexa mikrobiella samhällen, samt bioinformatiska färdigheter för att analysera svampsekvenser från metagenom. Meriterande är även erfarenhet av bioinformatisk bearbetning och statistiska analyser av svampsekvenser, ribosomala RNA-sekvenser och metagenom hämtade från akvatiska livsmiljöer. De bioinformatiska analyserna kommer att involvera kvalitetskontroll, montering och funktionell annotering av metagenom med hjälp av verktyg som Trimmomatic, Megahit, Spades, IDBA-UD, BBMap, Kaiju, EukRep, MetaEuk, eggNOG och HTSeq. Statistiska analyser och visualisering av resultaten förväntas göras med R. Vi förväntar oss att innehavaren av tjänsten självständigt hanterar dessa uppgifter utan vidare utbildning. Mycket goda kunskaper i engelska (både i skrift och tal) krävs, liksom visad förmåga att effektivt och tydligt kommunicera forskningsresultat i vetenskapliga publikationer. Meriterande för tjänsten är även dokumenterad förmåga att kunna söka forskningsmedel genom att ha ett längre (> 2 år) forskningsbidrag som sökande PI. Eftersom postdoktorala anställningar är karriärutvecklande tjänster för yngre forskare söker vi i första hand kandidater med en doktorsexamen som är högst tre år gammal.

Placering:
Uppsala, Sverige och München, Tyskland

Anställningsform:
Tidsbegränsad anställning 36 månader.

Omfattning:
100%

Tillträde:
2023-01-01

Ansökan:
Välkommen med din ansökan via ansökningsknappen nedan senast den 2022-06-30.

Fackliga kontaktpersoner:
https://internt.slu.se/min-anstallning/facket/kontaktpersoner/



Sveriges lantbruksuniversitet (SLU) är ett universitet i internationell toppklass med forskning, utbildning och miljöanalys inom vetenskaper för hållbart liv. Huvudorter är Alnarp, Umeå och Uppsala, men verksamhet bedrivs också på forskningsstationer, försöksparker och utbildningsorter i hela landet. Hos oss samlas människor med olika perspektiv men med det gemensamma målet att skapa de bästa förutsättningarna för en hållbar, levande och bättre värld.

SLU har drygt 3000 medarbetare, 5000 studenter och forskarstuderande och en omsättning på över tre miljarder kronor. Universitetet satsar på attraktiva miljöer på sina campusområden.

www.slu.se