Postdoktortjänst i mikrobiella eukaryoters eko-evolutionära dynamik

Institutionen för vatten och miljö
Institutionen för vatten och miljö (www.slu.se/vatten-miljo) är ett kompetenscentrum för tillämpad miljöforskning med ett nationellt ansvar för övervakning av miljötillståndet i svenska sjöar och vattendrag med avseende på vattenkemi, miljöförorening och akvatisk biota. Forskningen vid institutionen fokuserar på geokemiska och hydrologiska processer, akvatisk ekologi och biodiversitet, samt akvatisk ekotoxikologi och miljökemi. Institutionen har drygt 130 anställda varav ca hälften utgörs av forskare/doktorander och den andra hälften av teknisk och administrativ personal. Vi ingår i SLU:s Mark-Vatten-Miljöcentrum på Campus Ultuna i Uppsala.
Läs mer om våra förmåner och hur det är att jobba inom SLU på https://www.slu.se/om-slu/jobba-pa-slu/

Arbetsuppgifter:
Du kommer att arbeta i en dynamisk forskargrupp inom akvatisk mikrobiell ekologi och biogeokemi. Vi studerar mikroorganismer och deras processer i sjöar och andra akvatiska ekosystem med hjälp av en kombination av molekylära, cellulära och isotopmetoder. Verktyg som storskalig metagenomsekvensering och encellsanalyser används flitigt och forskningen omfattar både fältarbete och laboratorieexperiment och bioinformatiska studier. Den postdoktorala forskaren kommer att leda ett projekt som syftar till att studera de ekologiska och evolutionära processer som styr mikroskopiska eukaryoters/protisters mångfald och biogeografi. Till skillnad från det relativt goda kunskapsläget för växter, djur och svampar i detta avseende så är vår kunskap om protister bristfällig även om denna grupp uppvisar en oerhörd mångfald. Vi söker en motiverad sökande som kommer att använda stora mängder sekvensdata för att studera mikroeukaryoters anpassningar och ekologiska nischer samt jämförande genomik med kiselalger som modell för att koppla miljöförhållanden till genetiska anpassningar.  Arbetet kommer att innefatta global analys av stora mängder miljösekvensdata med olika bioinformatiska verktyg för att på detta sätt undersöka processer som kan bidra till evolutionära anpassningar och exploatering av nya nischer hos olika grupper av protister, och vidare även studera i vilken utsträckning närbesläktade grupper av protister har liknande egenskaper och ekologi.

Arbetet kommer att innefatta global analys av stora mängder miljösekvensdata med olika bioinformatiska verktyg för att på detta sätt undersöka processer som kan bidra till evolutionära anpassningar och exploatering av nya nischer hos olika grupper av protister, och vidare även studera i vilken utsträckning närbesläktade grupper av protister har liknande egenskaper och ekologi. Arbetet kommer även innefatta laborativt arbete med att generera helgenomsekvenser för olika kiselalger som lever i sötvatten och jämföra deras arvsmassa med marina släkten för att öka vår förståelse för hur mikroskopiska eukaryoter utvecklas evolutionärt under olika miljöförhållanden. Som postdoktor kommer du att utföra oberoende forskning, men göra det som en del av ett lokalt och internationellt team av forskare. Detta arbete är en del av ett internationellt samarbetsprojekt och kommer att ske i Sverige, Norge och Frankrike, i samarbete med Oslo Universitet och École Normale Supérieure. Du kommer att kunna påverka experimentdesign och projektets utformning och redovisa arbetet i vetenskapliga publikationer. Det kommer även att finnas möjligheter att träna och lära sig nya tekniker och att handleda studentprojekt.

Kvalifikationer:
Vi söker dig som kan genomföra ett 3-årigt projekt, där forskningen under 2023-2024 främst ska bedrivas i Norge och Frankrike. Sökanden måste ha en gedigen utbildning och doktorsexamen i biologi, bioteknik eller ett relaterat ämnen, med starka meriter inom sekvensering av markörsekvenser från miljöprov och fylogenetisk analys. Vi kommer att prioritera sökande som har betydande dokumenterad erfarenhet av att analysera evolutionära markörgener med ”long-read” sekvenseringsmetoder, såsom PacBio för jämförande fylogenetiska studier. Sökanden ska även ha erforderlig erfarenhet och kunskap för att självständigt kunna använda moderna DNA/RNA-baserade metoder för att analysera mikroeukaryota samhällen med utgångspunkt från markörgener. Med utgångspunkt från projektets mål ska sökanden även självständigt kunna utföra bioinformatisk och statistisk analys av ribosomala RNA sekvenser och metagenom från en rad olika akvatiska och terrestra miljöer. Vi förutsätter även att du har bioinformatiska färdigheter och erfarenhet av att använda verktyg såsom RAxML-NG, EPA-NG, Genesis, BayesTraits, RPANDA, eggNOG och Maker. Statistisk analys och visualisering av resultaten förväntas göras med R. Vi förväntar oss att innehavaren av tjänsten självständigt hanterar dessa uppgifter utan vidare utbildning. Mycket goda kunskaper i engelska (både i skrift och tal) krävs, liksom visad förmåga att effektivt och tydligt kommunicera forskningsresultat i vetenskapliga publikationer. Meriterande för tjänsten är även dokumenterad förmåga att kunna söka forskningsmedel genom att ha ett längre (> 2 år) forskningsbidrag som sökande PI.

Eftersom postdoktorala anställningar är karriärutvecklande tjänster för yngre forskare söker vi i första hand kandidater med en doktorsexamen som är högst tre år gammal.

Placering:
Uppsala i Sverige, Oslo i Norge och Paris i Frankrike

Anställningsform:
Tidsbegränsad anställning 36 månader.

Omfattning:
100%

Tillträde:
2022-09-15 eller enligt överenskommelse.

Ansökan:
Välkommen med din ansökan via ansökningsknappen nedan senast den 2022-07-15.

Fackliga kontaktpersoner:
https://internt.slu.se/min-anstallning/facket/kontaktpersoner/



Sveriges lantbruksuniversitet (SLU) är ett universitet i internationell toppklass med forskning, utbildning och miljöanalys inom vetenskaper för hållbart liv. Huvudorter är Alnarp, Umeå och Uppsala, men verksamhet bedrivs också på forskningsstationer, försöksparker och utbildningsorter i hela landet. Hos oss samlas människor med olika perspektiv men med det gemensamma målet att skapa de bästa förutsättningarna för en hållbar, levande och bättre värld.

SLU har drygt 3000 medarbetare, 5000 studenter och forskarstuderande och en omsättning på över tre miljarder kronor. Universitetet satsar på attraktiva miljöer på sina campusområden.

www.slu.se