Projektassistent i biologi

Lunds universitet grundades 1666 och rankas återkommande som ett av världens 100 främsta lärosäten. Här finns 40 000 studenter och fler än 8 000 medarbetare i Lund, Helsingborg och Malmö. Vi förenas i vår strävan att förstå, förklara och förbättra vår värld och människors villkor.


Vid Naturvetenskapliga fakulteten bedrivs forskning och utbildning inom biologi, astronomi, fysik, geovetenskap, kemi, matematik och miljövetenskap. Verksamheten bedrivs vid nio institutioner samlade inom norra universitetsområdet. Fakulteten har ca 1 500 studenter, 330 forskarstuderande och 700 anställda.



Projektassistent vid biologiska institutionen, funktionell zoologi

Arbetsuppgifter
Nätverket av nervkretsar som ligger bakom navigering är ett aktuellt fokus inom neurobiologisk forskning.

Att upptäcka och kartlägga dessa kretsar hos olika insekter är en av de viktigaste frågorna för vår forskargrupp.

Vi strävar efter att lösa den grundläggande neurala mekanism som visar hur insekter tar beslut att svänga åt höger eller vänster vid ett givet tillfälle, och hur dessa elementära navigeringsbeslut kedjas ihop för att bygga upp olika navigationsstrategier, till exempel vägintegration eller långväga navigering.
 
Hur de grundläggande kretsarna har utvecklats för att matcha ett brett spektrum av livsstilar hos olika insekter kräver ett jämförande tillvägagångssätt för vår forskning. Med hjälp av block-face elektronmikroskopi, har vi därför samlat in flera unika dataset från diverse olika steklar. Syftet är att identifiera hur deras olika navigeringsförmåga återspeglas i kretsarna i det centrala beslutscentret i insekthjärnan, det centrala komplexet.

Efter att ha erhållit och validerat datan, är vår utmaning nu att analysera denna stora mängd information. För detta jämförande “connectomics-projekt” (del av ett bredare NanoLund-samarbete med Anders Mikkelsen) har vi därför inlett ett samarbete med HHMI Janelia, USA, som syftar till att utveckla automatiska bildsegmenterings-procedurer för vår tredimensionella EM-data.
 
Till detta behöver vi hjälp av en erfaren projektassistent för att skapa “grund-sanningsdata” (groundtruth), för att testa neurala nätverksalgoritmer, validera resultat och för att skapa ett fungerande arbetsflöde. I detalj kommer assistenten att ansvara för att implementera den nuvarande segmenteringsalgoritmen (från HHMI, Janelia) på en ny hårdvara och anpassa den till specifikationerna för våra dataset. Detta kommer att uppnås genom att generera manuellt segmenterade grundsannings-data, omskola neuronnätverken med dessa data, identifiera vanliga fel och iterativt anpassa parametrarna för att minimera dessa fel. Det slutliga resultatet efter sex månader bör vara ett användbart arbetsflöde som möjliggör fullständig automatisk segmentering av våra högupplösta EM-data. Om arbete på plats inte är möjligt på grund av den pågående pandemin, kan stora delar av arbetet utföras på distans med tanke på att en snabb internetuppkoppling är tillgänglig.

Kvalifikationer

Krav

Utbildning

- masterexamen i biologi eller motsvarande akademisk erfarenhet

Erfarenhet

- Minst 6 månaders erfarenhet av att arbeta med insekts connectomics data, särskilt Block-face elektronmikroskopiska data

Kunskap och kompetenser

- Detaljerad kunskap om CATMAID-baserad EM-data annotering
- Detaljerad kunskap om insekters central komplex

Kunskap om ultrastrukturella egenskaper hos insektsneuropiler och synaptiska kopplingar

Övriga meriterande kvalifikationer

Utbildning

- Examensarbete inom ett neuroanatomiskt / connectomics ämne är mycket önskvärt

Erfarenhet och kunskap

- Erfarenhet av R i samband med connectomics databasfrågor och datavisualisering
- Detaljerad kunskap om de neurala kretsarna som ligger till grund för vägintegration och nuvarande beräkningsmodeller
- Python-programmeringskunskaper är avgörande, liksom erfarenhet med Amira
- Kandidaten måste vara mycket motiverad och angelägen att engagera sig i utmanande problem

Vi kommer att lägga stor vikt vid personlig lämplighet. Hänsyn kommer att tas till mycket bra samarbetsförmåga, personligt driv och självständighet, samt hur sökandens erfarenhet och kompetens bedöms komplettera och stärka forskargruppens arbete samt bidra till dess framtida utveckling.

Villkor

Tidsbegränsad anställning (6 månader) från 2021-02-01 till 2021-07-31.

Anställningen omfattar heltid (100%). 

Kontaktperson: Stanley Heinze, forskare: stanley.heinze@biol.lu.se, +46 72 323 24 11.

Universitetet tillämpar individuell lönesättning. Ange gärna löneanspråk i din ansökan.

Instruktioner för ansökan

Ansökan bör innehålla personligt brev med motivering till varför du är intresserad av anställningen och på vilket sätt anställningen matchar dina meriter. Ansökan bör även innehålla CV, examensbevis eller motsvarande samt övrigt som du önskar åberopa (kopior av betyg, uppgifter till referenser, rekommendationsbrev etc.).

Lunds universitet välkomnar sökande med olika bakgrund och erfarenheter. Vi ser jämställdhet och mångfald som en styrka och tillgång. Välkommen med din ansökan! Vi undanber oss alla kontakter från annonsförsäljare, rekryterings- och bemanningsföretag på grund av statliga upphandlingsregler.