Systemutvecklare (Nextflow)

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Det yttersta målet är att bedriva utbildning och forskning av högsta kvalitet och relevans för att göra långsiktig skillnad i samhället. Vår viktigaste tillgång är alla de individer som med sin nyfikenhet och sitt engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser. Uppsala universitet har drygt 54 000 studenter, mer än 7 500 anställda och en omsättning på cirka 8 miljarder kronor.




Institutionen för immunologi, genetik och patologi vid Uppsala universitet har en bred forskningsprofil med starka forskargrupper inriktade på bl.

a cancer, autoimmuna och genetiska sjukdomar. En av grundtankarna vid institutionen är att stimulera translationell forskning och därmed en närmare samverkan mellan medicinsk forskning och sjukvården. Forskning bedrivs inom medicinsk och klinisk genetik, klinisk immunologi, patologi, neurobiologi, neuroonkologi, vaskulärbiologi, strålningsvetenskap samt molekylära verktyg. Delar av verksamheten är även integrerad med avdelningarna för onkologi, klinisk genetik, klinisk immunologi, klinisk patologi och sjukhusfysik vid Akademiska sjukhuset. Institutionen har undervisningsuppdrag på ett antal programutbildningar, fristående kurser och internationella masterprogram inom den medicinska fakulteten och teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet. Institutionen omsätter omkring 500 miljoner kronor, varav drygt hälften är externa forskningsbidrag. Antalet anställda är ca 345, varav ca 100 är doktorander, och det finns totalt över 700 verksamma i arbetsstyrkan. Läs gärna mer om institutionens verksamhet här: http://www.igp.uu.se

https://uu.se/om-uu/jobba-hos-oss/

SciLifeLab (http://www.scilifelab.se) är ett nav inom biovetenskaplig forskning i Sverige och ett forskningssamarbete mellan KTH, Karolinska Institutet, Stockholms universitet och Uppsala universitet, med ytterligare verksamhet på många stora lärosäten i landet. Samtliga verksamma inom SciLifeLab är anställda vid något av de samverkande lärosätena. SciLifeLab har från 2013 ett uppdrag från regeringen att verka som nationell infrastruktur för att tillgängliggöra spjutspetsteknologier och -expertis inom molekylära livsvetenskaper till forskare i Sverige samt utgöra ett internationellt ledande centrum för forskning inom områden som hälsa och miljö. SciLifeLab är också värd för det nationella forskningsprogrammet mot Covid-19 och den nya miljardsatsningen Data-Driven Life Science med elva partnerorganisationer.

Arbetsuppgifter
SciLifeLab Data Centre söker en systemutvecklare för nf-core-projektet (https://nf-co.re) och samarbete med SciLifeLabs genomikplattform. Nf-core är ett internationellt initiativ för att utveckla och dela väl kurerade Nextflow-pipelines för beräkningsflöden inom life science. SciLifeLab har en mycket aktiv roll i projektets koordinering, men även vad gäller utveckling och kurering av pipelines. Du kommer att ha en central roll i detta, och stödja nf-core med systemutveckling och integration mot beräknings- och lagringsresurser i Sverige. Av särskild vikt är samarbetet med SciLifeLabs dataproducerande plattformar och forskningsprogrammet för data-driven livsvetenskap, DDLS. 

SciLifeLab Data Centre bygger upp tjänster för serviceenheter och forskargrupper inom life science vid den nya nationella dataplattformen för SciLifeLab och DDLS-programmet. Arbetet kommer även att inbegripa både nyutveckling, existerande mjukvarukomponenter och kommersiella system. I uppgifterna ingår utformning och testning av system tillsammans med användare och dataingenjörer. Du kommer att arbeta i ett team med forskare, ingenjörer, data stewards och systemutvecklare, mitt i SciLifeLabs nationella forskningsinfrastruktur, och nära knuten till nf-core:s projektledning. Arbetet inkluderar samarbeten mellan SciLifeLab och nationella centra för e-infrastruktur, t.ex. Berzelius vid Nationellt Superdatorcentrum.

Kvalifikationskrav
Ansökande ska ha universitetsexamen i ämne med anknytning till tjänsten. Utöver detta krävs:
- Dokumenterad erfarenhet av virtualisering och/eller container-baserade system
- Dokumenterad erfarenhet av vetenskaplig programmering
- Dokumenterad erfarenhet av webbutveckling och PHP
- Dokumenterad erfarenhet av utveckling av system med bred användarbas
- Dokumenterad erfarenhet av system för versionshantering, t.ex. Git
- Dokumenterad erfarenhet av Linuxbaserade system
- Dokumenterad erfarenhet av nf-core
- Erfarenhet av relevanta programmeringsspråk, t ex Python
- Flytande engelska
Stor vikt kommer att läggas på personlig lämplighet.

Önskvärt/meriterande i övrigt
- Erfarenhet av GPU-baserade beräkningsmiljöer
- Kunskap om hårdvaruarkitektur
- Erfarenhet av Kubernetes eller andra orkestreringsysstem
- Kunskap eller intresse av biomedicinsk forskning och infrastruktur.
- Förmåga att arbeta både individuellt och i samarbete med kollegor i olika fält
- Driftighet, initiativförmåga och ett intresse av att stödja svensk forskning inom datadriven livsvetenskap.

Om anställningen 
Anställningen är tillsvidare, provanställning kan tillämpas. Omfattningen är heltid. Tillträde enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala, Stockholm eller Göteborg.

Upplysningar om anställningen lämnas av: Johan Rung, johan.rung@scilifelab.uu.se.

Välkommen med din ansökan senast den 5 juli 2022, UFV-PA 2022/2005.

Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp.


Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem.