Systemutvecklare till NGI-Uppsala SNP&SEQ-teknologiplattformen

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Det yttersta målet är att bedriva utbildning och forskning av högsta kvalitet och relevans för att göra långsiktig skillnad i samhället. Vår viktigaste tillgång är alla de individer som med sin nyfikenhet och sitt engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser. Uppsala universitet har drygt 45 000 studenter, mer än 7 000 anställda och en omsättning på cirka 7 miljarder kronor.




Är du nyfiken på det snabbt växande området bioteknik? Vill du arbete tillsammans med forskare och bioinformatiker i en dynamiskt och kreativ miljö vid en av Europas största verksamheter för DNA-analyser? Som systemutvecklare vid SNP&SEQ-teknologiplattformen kommer du vara delaktig i att utveckla lösningar för att optimera flödet av storskalig genotypnings- och sekvenseringsdata från våra instrument till forskare.

SNP&SEQ-teknologiplattformen är en del av den Nationella Infrastrukturen för Genomik (NGI) vid SciLifeLab i Uppsala. SNP&SEQ erbjuder service med moderna storskaliga metoder och applikationer inom sekvensering (NGS), SNP-genotyping och proteomik till uppdragsgivare inom svensk akademi och industri, och även till internationella uppdragsgivare. Verksamheten består av en multidisciplinär grupp av forskare, projektkoordinatorer, forskningsingenjörer, bioinformatiker, systemutvecklare och systemadministratörer. Årligen genererar plattformen >300 terabaser av sekvensdata från >20 000 prover och levererar >25 miljarder genotyper från 50 000 prover till uppdragsgivarna. Mer om SNP&SEQ:s verksamhet finns att läsa på: https://snpseq.medsci.uu.se/

SNP&SEQ tillhör Institutionen för medicinska vetenskaper som är en stor klinisk institution med ca 250 anställda och över 300 personer som är anknutna via Akademiska Sjukhuset. Mer om institutionens verksamhet finns att läsa på: http://www.medsci.uu.se

Vi söker nu en systemutvecklare till vår systemgrupp. Systemgruppen jobbar med att underhålla, utveckla och driftsätta de olika system som används i de laborativa och bioinformatiska processerna i verksamheten. Systemen inkluderar automatisering av datahantering, spårning av prover, steg och reagens i laboratorieflöden, dokumenthantering, och visualisering av nyckelindikatorer (KPI). SNP&SEQ arbetar enligt den europeiska kvalitetsstandarden ISO/IEC 17025 och är ackrediterade av SWEDAC som ett testlaboratorium för genotypning och sekvensering. Arbete vid SNP&SEQ utförs med fokus på att tillhandahålla service av högsta möjliga kvalitet.

Arbetsbeskrivning: Dina huvudsakliga ansvarsområden kommer att vara utveckling, driftsättning och underhåll av IT-systemen som används i hanteringen av storskalig genotypnings- och sekvenseringsdata inom verksamheten. Stor vikt läggs på automatisering och informationssäkerhet. Dina arbetsuppgifter kommer att omfatta följande:

- Designa och utveckla open-sourcesystem för processning och analys av data i petabyte-skala.
- Skapa integrationer till vårt LIMS (Laboratory Information Management System).
- Underhålla/stödja interna system vid SNP&SEQ.
- Vidareutveckla existerande DevOps-lösningar baserade på tex Ansible och GitLab.
- Upprätta, underhålla och validera systemdokumentation.
- Planera och köpa in hård- och mjukvara.
- Samarbeta med Uppsala universitets IT-avdelning, UPPMAX och SciLifeLab-verksamheter.

Systemutvecklingen inom plattformen sker huvudsakligen i Python. Eftersom verksamheten vid SNP&SEQ är ackrediterad av SWEDAC, läggs det stor vikt vid dokumentation och versionskontroll.

Kvalifikationskrav:

- Universitets eller högskoleexamen i datavetenskap, IT eller liknande område.
- Minst fem år dokumenterad arbetslivserfarenhet från systemutveckling.
- Utmärkta kunskaper i Python eller liknande programmeringsspråk.
- Förmåga att snabbt lära sig nya färdigheter.
- Erfarenhet i användning av Git.
- Djup förståelse för informationssäkerhet.
- Hög kompetens i Unix/Linux-miljö.
- Mycket goda kunskaper i engelska i tal och skrift.

Vi söker en person som är utåtriktad, ansvarskännande, har öga för detaljer och är bekväm med att arbeta både självständigt och i grupp. Stor vikt kommer att läggas vid personliga egenskaper såsom positiv attityd till serviceverksamhet och god samarbetsförmåga.

Önskvärt och meriterande: Utöver de kvalifikationskrav som listas ovan ser vi gärna tidigare erfarenhet från eller flera av följande områden:

- Agila metoder/scrum.
- Dokumentations- och projekthanteringsverktyg såsom Confluence och JIRA.
- Metoder för driftsättning av programvara (tex Ansible) och kontinuerlig integration.
- Datorkluster och distribuerade system.
- Virtuella miljöer, tex Docker.
- ELK stack eller liknande loghanteringssystem.
- Kännedom om metoder och tillämpningar inom molekylärbiologi och genetik.
- Goda kunskaper i svenska i tal och skrift.

Tillträde: Snarast, eller enligt överenskommelse.

Anställningsform: Tillsvidareanställning, 6 månaders provanställning kan komma att tillämpas.

Anställningens omfattning: 100%

Upplysningar om anställningen lämnas av: Ulrika Liljedahl, enhetschef SNP&SEQ, ulrika.liljedahl@medsci.uu.se.

Välkommen med din ansökan senast den 19 oktober, 2021, UFV-PA 2021/3490.

Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp.


Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem.