Teknisk Systemadministratör - Faciliteten för Klinisk sekvensering

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Uppgiften är att bedriva forskning och utbildning av högsta kvalitet och att på olika sätt samverka med samhället. Vår viktigaste tillgång är alla de individer som med sin nyfikenhet och sitt engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser. Uppsala universitet har 40 000 studenter, 7 000 anställda och en omsättning på 6,5 miljarder kronor.



Institutionen för immunologi, genetik och patologi vid Uppsala universitet (http://www.

igp.uu.se) har en bred forskningsprofil med starka forskargrupper inriktade på bl.a cancer, diabetes och molekylär diagnostik. En av grundtankarna vid institutionen är att stimulera translationell forskning och därmed en närmare samverkan mellan medicinsk forskning och sjukvården. Forskning bedrivs inom medicinsk och klinisk genetik, klinisk immunologi, bioinformatik, patologi, tumörbiologi, vaskulärbiologi samt strålningsvetenskap. Delar av verksamheten är även integrerad med avdelningarna för onkologi, klinisk genetik, klinisk immunologi, klinisk patologi och sjukhusfysik vid Akademiska sjukhuset. Institutionen har undervisningsuppdrag på ett antal programutbildningar inom den medicinska fakulteten samt ett antal utbildningar inom teknisk-naturvetenskaplig fakultet. Institutionen omsätter omkring 350 mkr varav drygt hälften är externa forskningsbidrag och har ca 340 anställda, varav ca 120 är doktorander, och totalt över 600 verksamma i sin arbetsstyrka.

Klinisk sekvensering startades 2013 som en SciLifeLab-facilitet, organiserad av Uppsala universitet, Akademiska Sjukhuset och Science for Life Laboratory. Uppdraget är att utveckla och tillhandhålla genetiska analyser för olika former av cancer och ärftliga sjukdomar, främst med hjälp av de senaste teknikerna för DNA-sekvensering, s.k. next-generation sequencing (NGS). Tillsammans med bioinformatiker, genetiker och läkare levererar faciliteten kliniska bedömningar av upptäckta genetiska varianter.

Arbetsuppgifter
Faciliteten söker en teknisk systemadministratör på heltid för att arbeta med utveckling och administration av de system faciliteten använder för att processa NGS data. I detta ingår ett nära samarbete med främst bioinformatiker för att driva utvecklingen av analyser och databaser inom vår facilitet. Inom ramen för tjänsten kommer den sökande också att medverka till att utvärdera, anpassa och installera mjukvaror för klinisk drift, utveckla användargränssnitt, analysprotokoll och automatisera dataflödet inom faciliteten och mot sjukvården. Arbetet kommer till stor del bestå i att utveckla robusta system för hantering av klinisk data på facilitetens eget linuxkluster. En särskilt viktig aspekt är därför datasäkerhet och hantering av klinisk data. Den anställde kommer att jobba tillsammans med bioinformatiker, sjukhusgenetiker, läkare och molekylärbiologer inom vår facilitet och även ha möjlighet att bidra till nationella och internationella samarbeten. Hanteringen av NGS data inom sjukvården är i uppbyggnadsfas och den sökande kommer att ha stora möjligheter att påverka den utvecklingen.

Kvalifikationskrav
Akademisk examen inom datavetenskap, bioteknik, liknande utbildning eller motsvarande kompetens som arbetsgivaren bedömer likvärdig. Vi är särskilt intresserade av sökanden med erfarenhet av uppsättning och drift av linuxkluster och med intresse för utveckling och tillämpning av bioinformatiska verktyg. Erfarenhet av automatisering av analysprocesser är meriterande. Dokumenterad förmåga inom relevanta programmeringsspråk är ett krav, liksom erfarenhet av att arbeta i linuxmiljö. Erfarenhet av IT-arbete med höga säkerhetskrav är också meriterande. Arbetet ställer stora krav på noggrannhet, initiativkraft, samarbetsförmåga och självständighet. Tjänsten förutsätter en god förmåga att uttrycka sig på engelska i tal och skrift. Stor vikt kommer att läggas vid personlig lämplighet.

Önskvärt / meriterande
Eftersom dokumentation mot Akademiska sjukhuset sker på svenska är god förmåga att uttrycka sig på svenska i tal och skrift meriterande. Erfarenhet av att arbeta med Ansible och Docker är meriterande liksom arbete med modulsystem, versionshantering och kösystem.

Uppsala universitet värdesätter de kvaliteter som jämn könsfördelning och mångfald tillför verksamheten. Vi ser därför gärna sökande av alla kön och med olika födelsebakgrund, funktionalitet och livserfarenhet

Lön: Individuell lönesättning tillämpas.

Tillträde: Snarast

Anställningsform: Tillsvidareanställning med 6 månaders provanställning.

Anställningens omfattning: 100 %

Upplysningar om anställningen lämnas av 
Malin Melin, malin.melin@scilifelab.uu.se, 018-471 4588 .

Välkommen med din ansökan senast den 10 mars 2017, UFV-PA 2017/53.

Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp. Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem.